La Copa de Croacia de fútbol 2008-09 fue la decimoctava temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Croacia . El Dinamo de Zagreb era el campeón defensor desde que ganó la copa del año pasado al derrotar al Hajduk Split por 3-0 en el global.
La ronda preliminar se celebró el 27 de agosto de 2008.
Los partidos se jugaron los días 23 y 24 de septiembre de 2008.
1 Debido a dificultades financieras, Kamen Ingrad dejó de competir a nivel profesional superior y, por lo tanto, se retiró de la competición.
Los partidos se jugaron el 29 de octubre de 2008.
El sorteo se celebró el 30 de octubre. Los partidos de ida se celebraron el 12 de noviembre y los de vuelta el 26 de noviembre de 2008.
El Dinamo de Zagreb ganó 6-1 en el global
El Hajduk Split ganó 4-1 en el global
3-3 en el global. El Dinamo de Zagreb ganó 4-3 en la tanda de penaltis .