Base de datos de clasificación de transportadores

Classification of membrane proteins including ion channels

La base de datos de clasificación de transportadores (o TCDB ) es un sistema de clasificación aprobado por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) para las proteínas de transporte de membrana , incluidos los canales iónicos . ^{[1] [2] [3]}

Clasificación

El nivel superior de clasificación y algunos ejemplos de proteínas con estructura 3D conocida:

1.Canalesy poros

1.A canales de tipo α

• 1.A.1 Superfamilia de canales iónicos dependientes del voltaje
• 1.A.2 Familia de canales K + rectificadores internos
• 1.A.3 Familia de canales de Ca 2+ del receptor de rianodina-inositol-1,4,5-trifosfato
• 1.A.4 Familia de canales de Ca 2+ con potencial receptor transitorio
• 1.A.5 Familia de canales catiónicos de policistina
• 1.A.6 Familia de canales epiteliales de Na ⁺
• 1.A.7 Familia de canales catiónicos del receptor P2X regulado por ATP
• 1.A.8 Principales superfamilias de proteínas intrínsecas
• 1.A.9 Receptor de neurotransmisores, bucle Cys, familia de canales iónicos controlados por ligando
• 1.A.10 Familia de receptores de neurotransmisores con canales iónicos regulados por glutamato
• 1.A.11 Familia de transportadores de canales de amonio
• 1.A.12 Familia de canales de cloruro intracelulares
• 1.A.13 Familia de canales de cloruro epiteliales
• 1.A.14 Familia de transferencia de genes mejorada en testículos
• 1.A.15 Familia de canales catiónicos no selectivos 2
• 1.A.16 Familia de transportadores de formato-nitrito
• 1.A.17 Familia de canales de cloruro dependientes del calcio
• 1.A.18 Familia Tic110 formadora de canales aniónicos de la envoltura del cloroplasto
• 1.A.19 Familia de canales de la matriz 2 del virus de la influenza tipo A
• 1.A.20 Familia de proteínas 3 que interactúan con BCL2/Adenovirus E1B
• 1.A.21 Familia Bcl-2
• 1.A.22 Canal iónico mecanosensible de gran conductancia
• 1.A.23 Canal iónico mecanosensible de pequeña conductancia
• 1.A.24 Familia de conexinas formadoras de uniones estrechas
• 1.A.25 Familia de inexinas formadoras de uniones en hendidura
• 1.A.26 Familia de transportadores E de Mg ²⁺
• 1.A.27 Familia de los fosfolemanes
• 1.A.28 Familia de transportadores de urea
• 1.A.29 Familia de canales de urea/amida
• 1.A.30 Superfamilia de energizadores de transporte de membrana externa bacterianos MotAB que translocan H+ o Na+
• 1.A.31 Familia de anexinas
• 1.A.32 Familia de canales NB del virus de la influenza tipo B
• 1.A.33 Familia de proteínas de choque térmico formadoras de canales catiónicos 70
• 1.A.34 Familia de complejos formadores de canales similares a uniones gap de Bacillus
• 1.A.35 Familia de transportadores de iones metálicos CorA
• 1.A.36 Familia de canales de cloruro intracelulares
• 1.A.37 Familia de canales de Ca2+ CD20
• 1.A.38 Familia de reguladores de pH del aparato de Golgi
• 1.A.39 Familia de canales CM2 del virus de la influenza tipo C
• 1.A.40 Familia de canales Vpu del virus de inmunodeficiencia humana tipo I
• 1.A.41 Reovirus aviar p10 Familia de vorporinas
• 1.A.42 Familia de proteínas virales R del VIH
• 1.A.43 Resistencia al alcanfor o familia exportadora de fluoruro
• 1.A.44 Proteína de la punta de la cola formadora de poros pb2 de la familia del fago T5
• 1.A.45 Familia de inyectosomas del fago P22
• 1.A.46 Familia de bestrofinas formadoras de canales aniónicos
• 1.A.47 Canal selectivo de aniones sensible a nucleótidos, familia ICln
• 1.A.48 Canal de aniones Familia Tweety
• 1.A.49 Coronavirus humano ns12.9 familia de viroporinas
• 1.A.50 Familia de fosfolamban (canal de Ca ²⁺ y regulador de la ATPasa de Ca ²⁺ )
• 1.A.51 La familia de canales de protones dependientes del voltaje (VPC)
• 1.A.52 La familia de canales de Ca ²⁺ activados por liberación de Ca ²⁺ (CRAC) (CRAC-C)
• 1.A.53 La familia del canal selectivo de cationes de viroporina P7 del virus de la hepatitis C (HCV-P7)
• 1.A.54 La familia de canales de fuga de Ca ²⁺ del retículo endoplasmático de presenilina (presenilina)
• ^{1.A.55 El canal de Ca 2+} asociado a vesículas sinápticas , familia Flower (Flor)
• 1.A.56 La familia de transportadores de cobre (Ctr)
• 1.A.57 La viroporina del coronavirus humano del SARS (SARS-VP)
• 1.A.58 La familia de proteínas de matriz 2 del virus de la influenza tipo B (BM2-C)
• 1.A.59 La familia de péptidos formadores de poros del virus de la bursitis, Pep46 (Pep46)
• 1.A.60 La familia de péptidos preformadores de reovirus de mamíferos, Mu-1 (Mu-1)
• 1.A.61 La familia de la cadena formadora de canales F (péptido gamma) de los nodavirus de insectos
• 1.A.62 La familia de canales catiónicos homotriméricos (TRIC)
• 1.A.63 La porina α-helicoidal de la membrana externa de Ignicoccus (familia I-OMP)
• 1.A.64 La familia de las plasmolipinas (Plasmolipin)
• 1.A.65 La familia de proteínas viroporina E del coronavirus (Viroporina E)
• 1.A.66 La familia Pardaxin (Pardaxin)
• 1.A.67 La familia de transportadores de membrana Mg ²⁺ (MMgT)
• 1.A.68 La familia de viroporinas hidrofóbicas pequeñas virales (V-SH)
• 1.A.69 La familia de canales receptores de olores heteroméricos (HORC)
• 1.A.70 La molécula contra los microbios A (MamA)
• 1.A.71 La familia de canales de proteína soluble en ácido cerebral (canal BASP1)
• 1.A.72 La superfamilia Mer
• 1.A.73 La familia de proteínas de lisis de colicina (CLP)
• 1.A.74 La familia Mitsugumin 23 (MG23)
• 1.A.75 El nociceptor mecánico, la familia piezoeléctrica (Piezo)
• 1.A.76 La familia del transportador de magnesio 1 (MagT1)
• 1.A.77 La familia de uniportadores Mg ²⁺ /Ca ²⁺ (MCU)
• 1.A.78 La familia de canales selectivos de K ⁺ en endosomas y lisosomas (KEL)
• 1.A.79 La proteína de captación de colesterol (ChUP) o familia de captación de ARN bicatenario
• 1.A.80 La familia de viroporinas NS4a (NS4a)
• 1.A.81 La familia de canales Ca ²⁺ de baja afinidad (LACC)
• 1.A.82 La familia de canales de mecanotransducción de células ciliadas (HCMC)
• 1.A.83 La familia de viroporinas VP2 del virus SV40 (SV40 VP2)
• 1.A.84 La familia de canales Ca ²⁺ moduladores de la homeostasis del calcio (CALHM-C)
• 1.A.85 La familia de viroporinas del poliovirus 2B (Viroporina 2B)
• 1.A.86 Familia de viroporinas L2 del virus del papiloma humano tipo 16 (HPV16)
• 1.A.87 La familia de canales de calcio mecanosensibles (MCA)
• 1.A.88 La familia de canales de potasio fúngicos (F-Kch)
• 1.A.89 La familia de viroporinas del coronavirus humano 229E (229E Viroporin)
• 1.A.90 Familia de viroporinas del metaneumovirus humano (HMPV) (HMPV-Viroporin)
• 1.A.91 La familia de proteínas asexuales ligadas a la citoadherencia 3.2 de Plasmodium falciparum (Clag3)
• 1.A.92 La familia de viroporinas VP10 (RVP10) del reovirus
• 1.A.93 La familia de la proteína no estructural 3 viroporina (NS3) del virus de la lengua azul
• 1.A.94 Familia de viroporinas de glucoproteína 4 no estructural (NSP4) del rotavirus
• 1.A.95 La familia de viroporinas del efemeróvirus (EVVP)
• 1.A.96 La familia de viroporinas del virus del polioma humano (PVVP)
• 1.A.97 Familia de viroporinas E5 del virus del papiloma humano tipo 16 (HPV-E5)
• 1.A.98 Familia de proteínas P13 del virus linfotrópico de células T humanas 1 (HTLV1-P13)
• 1.A.99 La familia de proteínas de membrana pequeña de la envoltura del virus de la bronquitis infecciosa (IBV-E)
• 1.A.100 La familia de las supuestas viroporinas Rhabdoviridae, U5 (RV-U5)
• 1.A.101 La familia de formadores de poros peroxisomales Pex11 (Pex11)
• 1.A.102 Familia de viroporinas PB1-F2 (PB1-F2) de la influenza A
• 1.A.103 Familia SH (SV5-SH) del virus simio 5 (virus parainfluenza 5)
• 1.A.104 La propuesta de biosíntesis flagelar del canal Na ⁺ , la familia FlaH (FlaH)
• 1.A.105 La familia de dominios similares a quinasas de linaje mixto (MLKL)
• 1.A.106 La familia de canales de calcio activados por carga de calcio (CLAC)
• 1.A.107 La familia de las globinas formadoras de poros (globinas)

1.B.Porinas de barril βy otras proteínas de la membrana externa

• 1.B.1 Familia general de porinas bacterianas
• 1.B.2 Familia de porinas clamidiales (CP)
• 1.B.3 Familia de porinas de azúcar (SP)
• 1.B.4 Familia de porinas de Brucella-Rhizobium (BRP)
• 1.B.5 Familia de porinas OprP (POP) de Pseudomonas
• 1.B.6 Familia de porinas OmpA-OmpF (OOP)
• 1.B.7 Familia de porinas de Rhodobacter PorCa (RPP)
• 1.B.8 Familia de porinas mitocondriales y plástidas (MPP)
• 1.B.9 Familia de proteínas de membrana externa (FadL) FadL
• 1.B.10 Familia de porinas de membrana externa formadoras de canales específicos de nucleósidos (Tsx)
• 1.B.11 Familia de porinas usher fimbriales de membrana externa (FUP)
• 1.B.12 Familia de autotransportadores-1 (AT-1)
• 1.B.13 Familia de porinas exportadoras de alginato (AEP)
• 1.B.14 Familia de receptores de membrana externa (OMR)
• 1.B.15 Familia de porinas de rafinosa (RafY)
• 1.B.16 Familia de porinas amida y urea de cadena corta (SAP)
• 1.B.17 Familia del factor de membrana externa (OMF)
• 1.B.18 Familia de proteínas auxiliares de la membrana externa (OMA)
• 1.B.19 Familia de porinas OprB selectivas de glucosa (OprB)
• 1.B.20 Familia de secreción de dos socios (TPS)
• 1.B.21 Familia de porinas OmpG (OmpG)
• 1.B.22 Familia de las secretinas de la membrana bacteriana externa (secretinas)
• 1.B.23 Familia de porinas cianobacterianas (CBP)
• 1.B.24 Porina micobacteriana
• 1.B.25 Familia de porinas de membrana externa (Opr)
• 1.B.26 Familia de porinas de ciclodextrina (CDP)
• 1.B.31 Familia de porinas de membrana externa mayor (MomP) de Campylobacter jejuni
• 1.B.32 Familia de porinas de membrana externa fusobacterianas (FomP)
• 1.B.33 Familia de porinas de inserción de proteínas de membrana externa (complejo Bam) (OmpIP)
• 1.B.34 ​​Porinas corinebacterianas
• 1.B.35 Familia de porinas específicas de oligogalacturonato (KdgM)
• 1.B.39 Porina bacteriana, familia OmpW (OmpW)
• 1.B.42 Familia de porinas exportadoras de lipopolisacáridos de membrana externa (LPS-EP)
• 1.B.43 Familia de porinas P1 de Coxiella (CPP1)
• 1.B.44 Probable translocación de proteínas de la familia de porinas de Porphyromonas gingivalis (PorT)
• 1.B.49 Familia de porinas de Anaplasma P44 (A-P44)
• 1.B.48 Transportadores tipo Curli
• 1.B.54 Familia de intimina /invasina (Int/Inv) o autotransportador-3
• 1.B.55 Familia de porinas de poliacetil-D-glucosamina (PgaA)
• 1.B.57 Familia de proteínas principales de membrana externa de Legionella (LM-OMP)
• 1.B.60 Familia de porinos Omp50 (Omp50 Porin)
• 1.B.61 Familia de porinas proteobacterianas delta (Delta-porinas)
• 1.B.62 Familia putativa de porinas bacterianas (PBP)
• 1.B.66 Familia putativa de porinas-2 de barril beta (BBP2)
• 1.B.67 Familia putativa de porinas-4 de barril beta (BBP4)
• 1.B.68 Supuesta superfamilia de porinas-5 de barril beta (BBP5)
• 1.B.70 Familia de canales de membrana externa (OMC)
• 1.B.71 Familia de porinas proteobacterianas/verrucomicrobianas (PVP)
• 1.B.72 Familia de porinas de la membrana externa de la protoclamidios (PomS/T)
• 1.B.73 Familia de biogénesis/ensamblaje de cápsulas (CBA)
• 1.B.78 DUF3374 Familia de porinas asociadas al transporte de electrones (ETPorin)

1.CToxinas formadoras de poros(proteínas y péptidos)

• 1.C.3 Familia α- hemolisina (αHL)
• 1.C.4 Familia de las aerolisinas
• 1.C.5 Familia de ε-toxinas
• 1.C.11 Superfamilia de toxinas RTX
• 1.C.12 Complejo de ataque de membrana/superfamilia de perforinas
• 1.C.13 Familia de leucocidinas
• 1.C.14 Familia de citohemolisinas (CHL)
• 1.C.39 Familia de citolisinas dependientes del colesterol activadas por tiol
• 1.C.43 Familia de las liseninas
• 1.C.56 Familia de canales catiónicos HrpZ de Pseudomonas syringae
• 1.C.57 Familia de citotoxinas clostridiales
• 1.C.58 La familia de microcinas E492/C24 (Microcin E492)
• 1.C.74 Familia de citotoxinas de serpiente (SCT)
• 1.C.97 Familia de pleurotolisinas formadoras de poros

1.D Canales no sintetizados ribosómicamente

• 1.D.1 La familia de canales de gramicidina A
• 1.D.2 La familia de siringomicinas formadoras de canales
• 1.D.3 La familia de siringopeptinas formadoras de canales
• 1.D.4 La familia formadora de canales Tolaasin
• 1.D.5 La familia de antibióticos formadores de canales de alameticina o peptaibol
• 1.D.6 La familia de canales Ca ²⁺ de poli 3-hidroxibutirato complejados (cPHB-CC)
• 1.D.7 La familia de las beticolinas
• 1.D.8 La familia de las saponinas
• 1.D.9 La familia de canales iónicos de poliglutamina (PG-IC)
• 1.D.10 La familia de canales formadores de ceramidas
• 1.D.11 La familia de las surfactinas
• 1.D.12 La familia Beauvericin (Beauvericin)
• 1.D.13 Antibióticos peptídicos anfipáticos de administración de ADN (DAPA)
• 1.D.14 La familia de péptidos formadores de canales anfipáticos sintéticos Leu/Ser (l/S-SCP)
• 1.D.15 La familia de la daptomicina (Daptomycin)
• 1.D.16 La familia de heptapéptidos formadores de poros anfipáticos sintéticos (SAPH)
• 1.D.17 Familia de péptidos de lámina β formadores de poros y diseñados combinatoriamente
• 1.D.18 La familia de conjugados de guanosina y ácido biliar formadores de poros
• 1.D.19 Fármaco formador de canales de Ca ²⁺ , familia de las digitoxinas
• 1.D.20 La familia de agentes antibióticos/fúngicos macrólidos poliénicos formadores de poros (PMAA)
• 1.D.21 La familia de nanoporos lipídicos (LipNP)
• 1.D.22 El pigmento carotenoide translocador de protones, familia de la zeaxantina
• 1.D.23 Familia de antimicrobianos formadores de poros de feniletilenglicol (PEPA)
• 1.D.24 La familia de las esponjas marinas politeonamida B (pTB)
• 1.D.25 La familia de los foldámeros de arilamina (AAF)
• 1.D.26 La familia del alcohol dihidrodeshidrodiconiferílico 9'-O-β-D-glucósido (DDDC9G)
• 1.D.27 La familia de isósteros de tiourea
• 1.D.28 La familia de lipopeptidil-butadieno
• 1.D.29 La familia de oligocolatos macrocíclicos
• 1.D.30 La familia de canales artificiales de pilar[5]areno con hidrazida adjunta (HAPA-C)
• 1.D.31 La familia de la anfotericina B
• 1.D.32 La familia de novicidinas formadoras de poros
• 1.D.33 La familia de politeonamidas B formadoras de canales
• 1.D.34 Los oligoésteres formadores de canales Bolaamphiphiles
• 1.D.35 La familia de lipodepsipéptidos cíclicos formadores de poros
• 1.D.36 La familia de canales iónicos de oligoborneno
• 1.D.37 La familia Hibicuslide C
• 1.D.38 La familia de nanotubos de péptidos cíclicos (cPepNT)
• 1.D.39 La familia de canales iónicos moleculares anfifílicos basados ​​en azobenceno controlados por luz (AAM-IC)
• 1.D.40 La familia de poros toroidales lipídicos inducidos por proteínas
• 1.D.41 La familia de los ionóforos de tipo esprotetonato (espirohexanólidos)
• 1.D.42 La familia de canales de areno-pilar tripéptido Phe-Arg[5] (TPPA-C)
• 1.D.43 La familia de canales de dinucleósido de guanosina adaptados a triazol (TT-GDN-C)
• 1.D.44 La familia de canales iónicos sintéticos con ferroceno redox-activo (ICRF)
• 1.D.45 La familia de poros de membrana de sonoporación y electroporación (SEMP)
• 1.D.46 La familia de nanoporos de ADN (DnaNP)
• 1.D.47 La familia de péptidos cíclicos sintéticos formadores de poros (PSCP)
• 1.D.48 La familia de siringomicina E formadora de poros
• 1.D.49 La familia de canales transmembrana de radicales carotenoides (CRC)
• 1.D.50 La familia de transportadores de aniones bis-catecol anfifílicos (AC-AT)
• 1.D.51 La familia de nanoporos de proteínas (ProNP)
• 1.D.52 La familia de nanoporos de macrociclos de oligoamidas aromáticas (OmnNP)
• 1.D.53 La familia de nanotubos peptídicos alfa y gamma (a,gPepNT)
• 1.D.54 La familia de canales iónicos hexil-benzoureido-15-corona-5-éter (HBEC) selectivos de potasio
• 1.D.55 La familia de nanoporos basados ​​en porfirina (PorNP)
• 1.D.56 La familia de nanoporos oligoméricos de alfa-aminoisobutirato (Aib) (AibNP)
• 1.D.57 La familia de electroporos lipídicos (LEP)
• 1.D.58 La familia de prodigiosenos transportadores de aniones (Prodigiosene)
• 1.D.59 La familia de las perenosinas transportadoras de aniones (perenosinas)
• 1.D.60 La familia de péptidos alfa, gamma-cíclicos (AGCP)
• 1.D.61 La familia de 2,6-bis(bencimidazol-2-il)piridinas anionofóricas (ABBP)
• 1.D.62 La familia de canales formadores de derivados de bis-triazolil diguanosina (TDG)
• 1.D.63 La familia de nanoporos basados ​​en péptidos (PepNP)
• 1.D.64 La familia de nanotubos de carbono (CarNT)
• 1.D.65 La familia de los anfidinol formadores de poros (Amphidinol)
• 1.D.66 La familia de nanoporos de macromoléculas helicoidales (HmmNP)
• 1.D.67 La familia de canales iónicos peptídicos helicoidales modificados con éter de corona (CEHP)
• 1.D.68 La familia de polímeros en bloque pleurónicos formadores de poros (PPBP)
• 1.D.69 La familia de nanoporos cónicos (ConNP)
• 1.D.70 La familia de nanoporos metálicos (Au/Ag/Pt/grafeno) (MetNP)
• 1.D.71 La familia de péptidos sintéticos TP359 (TP359)
• 1.D.72 La familia de receptores trípodes basados ​​en triazina transportadores de cloruro (CCTTR)
• 1.D.73 La familia de nanoporos de sílice mesoporosos (SilNP)
• 1.D.74 La familia de poros rígidos sintéticos de p-octifenilo sensibles al estímulo (SSROP)

1.EHolins

1.FFusión de vesículasporos

• 1.F.1 La familia de poros de fusión de vesículas sinaptosómicas (poros SVF)
• 1.F.2 La familia de exocistos octaméricos (exocistos)

1.GFusión viralporos

• 1.G.1 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 1 (VMFP1)
• 1.G.2 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 2 (VMFP2)
• 1.G.3 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 3 (VMFP3)
• 1.G.4 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 4 (VMFP4)
• 1.G.5 La familia de proteínas de fusión de membrana formadoras de poros virales 5 (VMFP5)
• 1.G.6 La familia de proteínas de fusión hepadnavirales S (proteína HBV-S)
• 1.G.7 La familia de proteínas de fusión FAST del reovirus (R-FAST)
• 1.G.8 La familia de proteínas de fusión de arenavirus (AV-FP)
• 1.G.9 La familia de las sincitinas (Syncytin)
• 1.G.10 La familia del complejo de fusión de membrana del virus del herpes simple (HSV-MFC)
• 1.G.11 Familia del complejo de proteínas de entrada celular del virus de la viruela (PEP-C)
• 1.G.12 La familia de proteínas de fusión gp95 del virus de la leucosis aviar (ALV-gp95)
• 1.G.13 La familia de virus transmembrana pequeños asociados a la fusión (FAST) de orthoreovirus
• 1.G.14 La familia de proteínas formadoras de poros de fusión/hemaglutinina del virus de la influenza (Influenza-H/FPP)
• 1.G.15 Familia de la glicoproteína principal de envoltura GP64 (GP64) del virus de la polihedrosis nuclear de Autographa californica
• 1.G.16 La familia de péptidos de fusión (VIH-FP) del virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1)
• 1.G.17 La familia de glicoproteínas de la envoltura del virus de la leucemia bovina (BLV-Env)
• 1.G.18 El péptido de fusión SARS-CoV en la familia de precursores de la glicoproteína de la espícula (SARS-FP)
• 1.G.19 Familia de complejos de fusión de membrana formadores de poros de rotavirus (CMC de rotavirus)
• 1.G.20 La familia de glicoproteínas de fusión de la envoltura Gc del hantavirus (Gc-EFG)
• 1.G.21 Familia Gp42 (Gp42) del virus de Epstein Barr (virus del herpes humano 4)
• 1.G.22 La familia de la glicoproteína gO (gO) del citomegalovirus (virus del herpes humano 5)

1.H Canales paracelulares

• 1.H.1 La familia Claudin Tight Junction (Claudin1)
• 1.H.2 La familia de invertebrados PMP22-Claudin (Claudin2)

1.I Canales unidos a membrana

• 1.I.1 Familia de complejos de poros nucleares , incluidas las carioferinas
• 1.I.2 Familia de los plasmodesmos vegetales

2. Transportadores impulsados ​​por potencial electroquímico

2.A Porteadores (Uniportadores,simportadores,antiportadores)

• 2.A.1 Superfamilia de facilitadores mayores (MFS), véase también permeasa de lactosa , permeasa de fosfato y transportador de glucosa
• 2.A.2 La familia de simportadores de cationes glicósido-pentósido-hexurónido (GPH)
• 2.A.3 La familia de organocationes de aminoácidos y poliaminas (APC)
• 2.A.4 Familia de facilitadores de difusión de cationes (CDF)
• 2.A.5 Familia de permeasas de zinc (Zn ²⁺ )-hierro (Fe ²⁺ )
• 2.A.6 Superfamilia de resistencia-nodulación-división celular , véase también proteína de membrana exportadora de proteína SecDF
• 2.A.7 La superfamilia de transportadores de fármacos y metabolitos (DMT)
• 2.A.8 La familia de simportadores gluconato:H ⁺ (GntP)
• 2.A.9 La familia de las insertasas de proteínas de membrana (YidC/Alb3/Oxa1)
• 2.A.10 La familia del transportador de 2-ceto-3-desoxigluconato (KdgT)
• 2.A.11 La familia de simportadores citrato-Mg ²⁺ :H ⁺ (CitM) citrato-Ca ²⁺ :H ⁺ (CitH) (CitMHS)
• 2.A.12 Familia de antiportadores ATP:ADP
• 2.A.13 La familia de captación de dicarboxilato C4 (Dcu)
• 2.A.14 Familia de la permeasa de lactato
• 2.A.15 La familia de transportadores de betaína/carnitina/colina (BCCT)
• 2.A.16 Familia de transportadores de dicarboxilato y resistencia al telurito
• 2.A.17 Familia de transportadores de oligopéptidos dependientes de protones
• 2.A.18 La familia de permeasas de aminoácidos/auxinas (AAAP)
• 2.A.19 La familia de antiportadores de cationes Ca ²⁺ (CaCA)
• 2.A.20 La familia de transportadores de fosfato inorgánico (PiT)
• 2.A.21 Familia de simportadores de soluto y sodio
• 2.A.22 La familia de simportadores de sodio y neurotransmisores
• 2.A.23 La familia de simportadores de dicarboxilato/aminoácido:catión (Na ⁺ o H ⁺ ) (DAACS)
• 2.A.24 La familia del transportador de 2-hidroxicarboxilato (2-HCT)
• 2.A.25 Familia de simportadores de cationes de alanina o glicina (AGCS)
• 2.A.26 La familia de simportadores de aminoácidos de cadena ramificada: cationes (LIVCS)
• 2.A.27 La familia de simportadores glutamato:Na ⁺ (ESS)
• 2.A.28 Ácidos biliares: Na ⁺ Familia Symporter
• 2.A.29 Familia portadora mitocondrial
• 2.A.30 Familia de cotransportadores de cationes y cloruros (CCC)
• 2.A.31 Familia de intercambiadores de aniones
• 2.A.32 La familia de transportadores de silicio (Sit)
• 2.A.33 Familia NhaA Na ⁺ :H ⁺ Antiportador (NhaA)
• 2.A.34 La familia de antiportadores Na ⁺ :H ⁺ (NhaB) de NhaB
• 2.A.35 La familia de antiportadores Na ⁺ :H ⁺ (NhaC) de NhaC
• 2.A.36 Familia de antiportadores de protones monovalentes de cationes-1 (CPA1)
• 2.A.37 Familia de antiportadores de protones monovalentes de cationes-2 (CPA2)
• 2.A.38 Familia de transportadores K ⁺ (Trk)
• 2.A.39 Familia de simportadores de nucleobases y cationes 1 (NCS1)
• 2.A.40 Familia de simportadores de nucleobases y cationes-2 (NCS2)
• 2.A.41 La familia de transportadores de nucleósidos concentrativos (CNT)
• 2.A.42 La familia de permeasas de aminoácidos aromáticos e hidroxi (HAAAP)
• 2.A.43 La familia del transportador de cistina lisosomal (LCT)
• 2.A.45 Familia de eflujos de arsenito-antimonita
• 2.A.46 La familia de simportadores benzoato:H ⁺ (BenE)
• 2.A.47 Familia de simportadores de aniones divalentes: Na ⁺ (DASS)
• 2.A.48 La familia de transportadores de folato reducido (RFC)
• 2.A.49 Familia de portadores/canales de cloruro (ClC)
• 2.A.50 La familia de captadores de glicerol (GUP)
• 2.A.51 La familia de transportadores de iones de cromato (CHR)
• 2.A.52 La familia de transportadores Ni ²⁺ -Co ²⁺ (NiCoT)
• 2.A.53 Familia de la permeasa de sulfato (SulP)
• 2.A.54 La familia de transportadores tricarboxilato mitocondriales (MTC)
• 2.A.55 La familia de transportadores de iones metálicos (Mn ²⁺ -hierro) (Nramp)
• 2.A.56 La familia de transportadores periplásmicos independientes de ATP tripartitos (TRAP-T)
• 2.A.57 La familia de transportadores de nucleósidos equilibrantes (ENT)
• 2.A.58 La familia de simportadores de fosfato:Na ⁺ (PNaS)
• 2.A.59 La familia de resistencia arsenical-3 (ACR3)
• 2.A.60 Familia de transportadores de aniones orgánicos (OAT)
• 2.A.61 La familia de captación de dicarboxilato C4 (DcuC)
• 2.A.62 La familia de antiportadores Na ⁺ :H ⁺ (NhaD) de NhaD
• 2.A.63 El catión monovalente (K ⁺ o Na ⁺ ): Familia del antiportador de protones-3 (CPA3)
• 2.A.64 Familia de diana de arginina gemela (Tat)
• 2.A.65 La familia de transportadores de bilirrubina (BRT)
• 2.A.66 La superfamilia de flipasas de oligosacaridil-lípidos/polisacáridos (MOP)
• 2.A.67 La familia de transportadores de oligopéptidos (OPT)
• 2.A.68 La familia del transportador de p-aminobenzoil-glutamato (AbgT)
• 2.A.69 La familia de portadores de eflujo de auxina (AEC)
• 2.A.70 La familia de simportadores malonato:Na ⁺ (MSS)
• 2.A.71 La familia de transportadores de folato-biopterina (FBT)
• 2.A.72 La familia de permeasas de captación de K ⁺ (KUP)
• 2.A.73 La familia de captación de ácidos grasos de cadena corta (AtoE)
• 2.A.74 La familia de transportadores endosómicos de múltiples fármacos (MET) 4 TMS
• 2.A.75 La familia de exportadores de L-lisina (LysE)
• 2.A.76 La resistencia a la familia Homoserina/Treonina (RhtB)
• 2.A.77 La familia de resistencia al cadmio (CadD)
• 2.A.78 La familia de exportadores de aminoácidos de cadena ramificada (LIV-E)
• 2.A.79 La familia de exportadores de treonina/serina (ThrE)
• 2.A.80 La familia de transportadores de tricarboxilato (TTT)
• 2.A.81 La familia de intercambiadores de aspartato:alanina (AAEx)
• 2.A.82 La familia de transportadores de solutos orgánicos (OST)
• 2.A.83 La familia de transportadores de bicarbonato dependientes de Na ⁺ (SBT)
• 2.A.84 La familia de exportadores de maltosa de cloroplastos (MEX)
• 2.A.85 La familia de exportadores de ácidos aromáticos (ArAE)
• 2.A.86 La familia del exportador autoinductor-2 (AI-2E) (anteriormente la familia PerM, TC n.° 9.B.22)
• 2.A.87 La familia del transportador de riboflavina procariota (P-RFT)
• 2.A.88 Familia de transportadores de captación de vitaminas (VUT o ECF)
• 2.A.89 La familia de transportadores de hierro vacuolar (VIT)
• 2.A.90 Familia de receptores/transportadores de vitamina A (STRA6)
• 2.A.91 Complejo de importación de ARNt mitocondrial (M-RIC) (anteriormente 9.C.8)
• 2.A.92 La familia de transportadores de colina (CTL)
• 2.A.94 La familia de las permeasas de fosfato (Pho1)
• 2.A.95 La familia de transportadores de aminoácidos neutros (NAAT) 6TMS
• 2.A.96 La familia de transportadores de captación de acetato (AceTr)
• 2.A.97 La familia de intercambiadores de K ⁺ /H ⁺ y Ca2 ⁺ /H ⁺ de la membrana interna mitocondrial (LetM1)
• 2.A.98 La familia de exportadores putativos de sulfato (PSE)
• 2.A.99 La familia de transportadores de captación de Ni ²⁺ 6TMS (HupE-UreJ)
• 2.A.100 La familia de las ferroportinas (Fpn)
• 2.A.101 La familia de captación de malonato (MatC) (anteriormente UIT1)
• 2.A.102 La familia de permeasas de captación de 4-toluenosulfonato (TSUP)
• 2.A.103 La familia de exportadores de precursores de mureína (MPE) bacterianos
• 2.A.104 La familia de exportadores de L-alanina (AlaE)
• 2.A.105 La familia de transportadores de piruvato mitocondrial (MPC)
• 2.A.106 La familia de antiportadores Ca ²⁺ :H ⁺ 2 (CaCA2)
• 2.A.107 La familia de exportadores de MntP Mn ²⁺ (MntP)
• 2.A.108 La familia de transportadores de hierro/plomo (ILT)
• 2.A.109 La familia de resistencias de iones de telurio (TerC)
• 2.A.110 El transportador de hemo, familia de proteínas génicas sensibles al hemo (HRG)
• 2.A.111 La familia de antiportadores Na ⁺ /H ^{+-E (NhaE)}
• 2.A.112 La familia de antígenos del grupo sanguíneo KX (KXA)
• 2.A.113 La familia de transportadores de níquel/cobalto (NicO)
• 2.A.114 La familia de transportadores de péptidos putativos de inanición de carbono CstA (CstA)
• 2.A.115 La familia de exportadores de novobiocina (NbcE)
• 2.A.116 La familia de proteínas de direccionamiento de peptidoglicolípidos (GAP)
• 2.A.117 La familia de exportadores de clorhexidina (CHX)
• 2.A.118 La familia de antiportadores de aminoácidos básicos (ArcD)
• 2.A.119 La familia de exportadores organoarsénicos (ArsP)
• 2.A.120 La supuesta familia de permeasas de aminoácidos (PAAP)
• 2.A.121 La familia de transportadores de sulfato (CysZ)
• 2.A.122 La familia de proteínas auxiliares similares a holina LrgB/CidB (LrgB/CidB)
• 2.A.123 La familia Sweet; PQ-loop; Saliva; MtN3 (Sweet)
• 2.A.124 La familia de los exportadores de lisina (LysO)
• 2.A.125 La familia del transportador de riboflavina eucariota (E-RFT)
• 2.A.126 La familia de exportadores de ácidos grasos (FAX)
• 2.A.127 Familia de transportadores de cardiolipina (CLT) enterobacterianos

2.B Portadores no sintetizados ribosómicamente

• 2.B.1 La familia de portadores de valinomicina
• 2.B.2 La familia de las monensinas
• 2.B.3 La familia de las nigericinas
• 2.B.4 La familia de antibióticos macrotetrólidos (MA)
• 2.B.5 La familia de poliéteres macrocíclicos (MP)
• 2.B.6 La familia de las ionomicinas
• 2.B.7 La familia de translocación de péptidos y fosfolípidos de hélice α transmembrana (TMP-PLT)
• 2.B.8 La familia de la bafilomicina A1 (Bafilomicina)
• 2.B.9 La familia funcional de péptidos penetrantes celulares (CPP)
• 2.B.10 La CPP sintética, familia transportana
• 2.B.11 La familia de ionóforos de tipo portador de calcimicina o A23187
• 2.B.12 La familia de las salinomicinas
• 2.B.13 La familia de antiportadores de aniones macrocíclicos tetrapirrólicos (TPMC-AA)
• 2.B.14 La familia de ionóforos (Lasalocid) Lasalocid A o X-537A
• 2.B.15 La familia de portadores de cloruro basados ​​en trípodes de tris-tiourea (TTT-CC)
• 2.B.16 La familia de portadores de aniones compuestos que contienen enlaces halógenos (HCAC)
• 2.B.17 La familia de cotransportadores (IDC) del derivado de ^{isoftalamina H +} :Cl−
• 2.B.18 La familia de cotransportadores H+:Cl ⁻ del derivado de piridina-2,6-dicarboxamina (PDCA)
• 2.B.19 La familia de derivados de pirrol Calix(4) (C4P)
• 2.B.20 La familia de intercambiadores de cloruro/bicarbonato de prodigiosina (Prodigiosin)
• 2.B.21 La familia de transportadores de aniones derivados de orto-fenilendiamina-bis-urea (oPDA-U)
• 2.B.22 La familia de transportadores de aniones funcionalizados con imidazolio (IAT)
• 2.B.23 Antiportador sintético homotetramérico transmembrana Zn ²⁺ /Co ²⁺ :protón, familia Rocker (Rocker)
• 2.B.24 La familia de transportadores de aniones 2,6-bis(bencimidazol-2-il)piridina (BBP-AC)
• 2.B.25 La familia de flip-flops lipídicos mediada por péptidos (PLFF)
• 2.B.26 La familia de conjugados bis(coloxi) funcionalizados con bis(imidazolil) (BIBCC)
• 2.B.27 La familia de transportadores de aniones Tris-Urea
• 2.B.29 La familia de los alcaloides marinos anionofóricos tambjamina

2.C Energizadores impulsados ​​por gradiente de iones

• 2.C.1 La familia TonB-ExbB-ExbD/TolA-TolQ-TolR (TonB) de proteínas auxiliares para la energización del transporte activo mediado por el receptor de membrana externa (OMR)

3.Transportadores activos primarios

3.A. Transportadores impulsados ​​por hidrólisis de enlaces PP

• 3.A.1 Transportadores ABC que incluyen BtuCD, transportador de captación de molibdato, regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística y otros
• 3.A.2 La superfamilia de ATPasas de tipo F , ATPasas de tipo V y ATPasas de tipo A que translocan H ⁺ o Na ⁺
• 3.A.3 La superfamilia de ATPasas de tipo P
• 3.A.4 La familia de eflujos de arsenito-antimonita
• 3.A.5 Vía secretora general (Sec) translocón (translocasa de preproteína SecY)
• 3.A.6 La familia de la vía secretora de tipo III (relacionada con la virulencia) (IIISP)
• 3.A.7 La familia de la vía secretora de tipo IV (transferencia de proteína-ADN conyugal o VirB) (IVSP)
• 3.A.8 La familia de translocasas de proteínas mitocondriales (MPT)
• 3.A.9 La familia de translocasas de la proteína de la envoltura del cloroplasto (CEPT o Tic-Toc)
• 3.A.10 Familia de pirofosfatasas translocadoras de H ⁺ , Na ⁺
• 3.A.11 La familia de transportadores de transformación del ADN relacionados con la competencia bacteriana (ADN-T)
• 3.A.12 La familia de translocadores de ADN septal (S-DNA-T)
• 3.A.13 La familia de exportadores de fagos filamentosos (FPhE)
• 3.A.14 La familia de exportadores de proteínas/fimbrilina (FPE)
• 3.A.15 Familia de la rama terminal principal secretora de proteínas de membrana externa (MTB)
• 3.A.16 La familia de retrotranslocones reticulares endoplasmáticos (ER-RT)
• 3.A.17 La familia del inyectoma del fago T7 (inyectoma T7)
• 3.A.18 La familia de exportadores nucleares de ARNm (ARNm-E)
• 3.A.19 La familia de complejos de reconocimiento/inserción (TRC) de TMS
• 3.A.20 La familia de importadores de proteínas peroxisomales (PPI)
• 3.A.21 La familia de complejos de inserción/biogénesis de proteínas de membrana ancladas en la cola C-terminal (TAMP-B)
• 3.A.22 La familia del complejo exportador nuclear de ARNm TREX/TAP acoplado a la transcripción (TREX)
• 3.A.23 La familia de vías secretoras de simbiosis/virulencia tipo VI (VISP)
• 3.A.24 Familia del sistema de secreción de proteínas tipo VII o ESX (T7SS)
• 3.A.25 La familia de maquinarias similares a ERAD específicas de simbiontes (SELMA)
• 3.A.26 La familia de translocones de proteínas exportadas (PTEX) de Plasmodium

3.B Transportadores impulsados ​​por descarboxilación

• 3.B.1 La familia de descarboxilasas de ácidos carboxílicos transportadoras de Na ⁺ (NaT-DC)

3.C Transportadores impulsados ​​por transferencia de metilo

• 3.C.1 La familia de la metiltetrahidrometanopterina transportadora de Na ⁺ :coenzima M metiltransferasa (NaT-MMM)

3.D. Transportadores impulsados ​​por oxidorreducción

Incluyen una serie de proteínas transmembrana similares al citocromo b, entre ellas la coenzima Q-citocromo c reductasa (citocromo bc1); complejo citocromo b6f ; formiato deshidrogenasa, nitrato reductasa respiratoria ; succinato-coenzima Q reductasa (fumarato reductasa); y succinato deshidrogenasa . Véase cadena de transporte de electrones .

• 3.D.1 La familia de la NADH deshidrogenasa (complejo I) translocante de H + o Na +
• 3.D.2 La familia de las transhidrogenasas translocadoras de protones (PTH)
• 3.D.3 La superfamilia de la quinol-citocromo c reductasa translocante de protones
• 3.D.4 Superfamilia de la citocromo oxidasa translocante de protones (COX)
• 3.D.5 La familia de la NADH:quinona deshidrogenasa (Na-NDH o NQR) translocante de Na ⁺
• 3.D.6 La familia de la NADH:ferredoxina oxidorreductasa (NFO o RNF) que transloca iones putativos (H ⁺ o Na ^{+ )}
• 3.D.7 La familia de la H ₂ :heterodisulfuro oxidorreductasa (HHO)
• 3.D.8 La familia de la formil metanofurano deshidrogenasa (FMF-DH) que bombea Na ⁺ o H ⁺
• 3.D.9 La familia de la deshidrogenasa F420H2 translocante de H ⁺ (F420H2DH)
• 3.D.10 La familia de la succinato deshidrogenasa procariota (SDH)

3.E. Transportadores impulsados ​​por absorción de luz

• Proteínas similares a la bacteriorrodopsina, incluida la rodopsina (véase también opsina )
• Centros de reacción fotosintética bacteriana y fotosistemas I y II
• Complejos de captación de luz de bacterias y cloroplastos

4. Translocadores de grupo

4.A Translocadores de grupos impulsados ​​por fosfotransferencia

• 4.A.1 La familia de glucosa-glucósidos (Glc) de PTS
• 4.A.2 La familia de fructosa-manitol (Fru) de PTS
• 4.A.3 La familia de lactosa-N,N'-diacetilquitobiosa-β-glucósido (Lac) de PTS
• 4.A.4 La familia PTS Glucitol (intestino)
• 4.A.5 La familia de galactitoles (Gat) de PTS
• 4.A.6 La familia PTS manosa-fructosa-sorbosa (Man)
• 4.A.7 La familia de L-ascorbato (L-Asc) de PTS

4.B Transportadores de captación de ribonucleósidos de nicotinamida

• 4.B.1 La familia de permeasas de captación de ribonucleósidos (NR) de nicotinamida (PnuC)

Transportadores acoplados a la ligasa de acil CoA 4.C

• 4.C.1 La familia propuesta de transportadores de ácidos grasos (FAT)
• 4.C.2 La familia de la carnitina O-acil transferasa (CrAT)
• 4.C.3 La familia de las acil-CoA tioesterasas (AcoT)

4.D Sintetasa de polisacáridos/exportadores

• 4.D.1 La supuesta familia de polimerización vectorial de glicosilo (VGP)
• 4.D.2 La familia de las glicosiltransferasas 2 (GT2)
• 4.D.3 La familia de las glicano glucosil transferasas (OpgH)

4.E. Translocadores de grupos catalizados por polimerasa de polifosfato vacuolar

• 4.E.1 La familia de polifosfato polimerasa vacuolar (acidocalcisoma) (V-PPP)

5. Transportadores de electrones

5.A Portadores de transferencia de 2 electrones transmembrana

• 5.A.1 La familia de la oxidorreductasa D (DsbD) que enlaza disulfuro
• 5.A.2 La familia de la oxidorreductasa B con enlaces disulfuro (DsbB)
• 5.A.3 La familia de oxidorreductasas que contienen molibdopterina (PMO) procariotas

5.B Portadores de transferencia de 1 electrón transmembrana

• 5.B.1 La familia de oxidasas de NADPH del fagocito ( gp91phox )
• 5.B.2 La familia eucariota del citocromo b561 (Cytb561)
• 5.B.3 La familia de transferencia de electrones de nanocables de Geobacter (G-NET)
• 5.B.4 La familia del supercomplejo del fotosistema I de las plantas (PSI)
• 5.B.5 La familia de las oxido-reductasas de metales extracelulares (EMOR)
• 5.B.6 La familia de la proteína 3 reductasa férrica del antígeno epitelial transmembrana (STEAP)
• 5.B.7 La familia YedZ (YedZ)
• 5.B.8 La familia de complejos de porina/citocromo de transferencia de electrones de membrana externa trans (ET-PCC)
• 5.B.9 La familia de porinas-citocromo c (Cyc2)

8. Factores accesorios que intervienen en el transporte

8.A Proteínas de transporte auxiliar

8.B Toxinas proteicas/peptídicas sintetizadas ribosómicamente que se dirigen a canales y transportadores

8.C Toxinas sintetizadas no ribosómicamente que se dirigen a canales y transportadores

9. Sistemas de transporte caracterizados de forma incompleta

9.A Transportadores reconocidos de mecanismo bioquímico desconocido

9.B Proteínas transportadoras putativas

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas

Referencias

1. Saier, Milton H.; Reddy, Vamsee S.; Tamang, Dorjee G.; Västermark, Åke (enero de 2014). "La base de datos de clasificación de transportadores". Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D251–D258. doi :10.1093/nar/gkt1097. PMC  3964967 . PMID  24225317.
2. Saier, MH; Yen, MR; Noto, K.; Tamang, DG; Elkan, C. (1 de enero de 2009). "La base de datos de clasificación de transportadores: avances recientes". Nucleic Acids Research . 37 (Base de datos): D274–D278. doi :10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586 . PMID  19022853. 
3. Saier, MH; Tran, CV; Barabote, RD (1 de enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana". Nucleic Acids Research . 34 (90001): D181–D186. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385 . PMID  16381841. 

Enlaces externos

• Base de datos de clasificación de transportadores
• Listado en qmul.ac.uk
• Saier MH, Tran CV, Barabote RD (enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana". Nucleic Acids Res . 34 (número de la base de datos): D181–6. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC  1334385 . PMID  16381841.
• Busch W, Saier MH (2002). "El sistema de clasificación de transportadores (TC), 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol . 37 (5): 287–337. doi :10.1080/10409230290771528. PMID  12449427. S2CID  10558982.
• Clasificación de los transportadores humanos en farmacología