La Liga de Campeones de la AFC de 2006 fue la 25.ª edición del torneo de fútbol de clubes asiático de primer nivel y la cuarta edición del actual título de la Liga de Campeones de la AFC. Al-Ittihad se clasificó automáticamente para los cuartos de final como campeón.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó su primer título de la Liga de Campeones de la AFC tras vencer al Al-Karamah por un global de 3-2 en la final. Jeonbuk también se convirtió en el primer equipo en la historia de Asia en ganar la Liga de Campeones antes del título de la liga nacional (ganaron su primer campeonato de la Liga K tres años después, en 2009 ).
Un total de 28 clubes fueron divididos en siete grupos de cuatro, [a] según la región. Cada club jugó a doble vuelta (en casa y fuera) contra otros tres miembros del grupo para un total de seis partidos. Los clubes recibieron tres puntos por victoria, uno por empate y ningún punto por derrota. Los clubes se clasificaron según puntos. Si dos o más equipos estuvieran empatados a puntos, se aplicarían los siguientes criterios de desempate:
Los siete ganadores de grupo, junto con el campeón defensor, avanzaron a los cuartos de final.
Los 8 clubes fueron emparejados al azar; sin embargo, la única restricción era que los clubes del mismo país no podían enfrentarse en cuartos de final. Los partidos se jugaron a dos partidos, de ida y de vuelta, y el marcador global decidió el ganador. Si el marcador global estaba empatado, se utilizaba la regla de los goles fuera de casa . Si el empate persistía, los clubes jugaban la prórroga , donde todavía se aplicaba la regla de los goles fuera de casa. Si seguía empatado, el partido se iba a penales .
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 4-3 en el global.
Al Qadisiya ganó 5-2 en el global.
Ulsan Hyundai Horang-i ganó 7-0 en el global.
Al-Karamah ganó 4-2 en el global.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 6-4 en total.
Al-Karamah ganó 1-0 en el global.
Jeonbuk Hyundai Motors ganó 3-2 en el global.