stringtranslate.com

Complejo proteico

La kinesina es una proteína que funciona como una máquina biológica molecular . Utiliza la dinámica de dominios proteicos a escala nanométrica.

Un complejo proteico o complejo multiproteico es un grupo de dos o más cadenas polipeptídicas asociadas . Los complejos proteicos se diferencian de las enzimas multidominio, en las que se encuentran múltiples dominios catalíticos en una sola cadena polipeptídica. [1]

Los complejos proteicos son una forma de estructura cuaternaria. Las proteínas de un complejo proteico están unidas por interacciones proteína-proteína no covalentes . Estos complejos son la piedra angular de muchos procesos biológicos (si no de la mayoría). Se considera que la célula está compuesta por complejos supramoleculares modulares, cada uno de los cuales realiza una función biológica independiente y discreta. [2]

Gracias a la proximidad, se puede mejorar enormemente la velocidad y la selectividad de las interacciones de unión entre el complejo enzimático y los sustratos, lo que conduce a una mayor eficiencia celular. Muchas de las técnicas utilizadas para ingresar a las células y aislar proteínas son inherentemente disruptivas para complejos tan grandes, lo que complica la tarea de determinar los componentes de un complejo.

Entre los ejemplos de complejos proteicos se incluyen el proteasoma para la degradación molecular y la mayoría de las ARN polimerasas . En los complejos estables, las grandes interfaces hidrofóbicas entre proteínas suelen enterrarse en áreas superficiales mayores a 2500 Ås cuadrados . [3]

Función

La ribonucleasa barnasa de Bacillus amyloliquefaciens (coloreada) y su inhibidor (azul) en un complejo

La formación de complejos proteicos puede activar o inhibir uno o más de los miembros del complejo y, de esta manera, la formación de complejos proteicos puede ser similar a la fosforilación . Las proteínas individuales pueden participar en una variedad de complejos proteicos. Diferentes complejos realizan diferentes funciones y el mismo complejo puede realizar múltiples funciones dependiendo de varios factores. Los factores incluyen:

Muchos complejos proteicos son bien conocidos, en particular en el organismo modelo Saccharomyces cerevisiae (levadura). En el caso de este organismo relativamente simple, el estudio de los complejos proteicos abarca ahora todo el genoma y la elucidación de la mayoría de sus complejos proteicos está en curso. [ cita requerida ] En 2021, los investigadores utilizaron el software de aprendizaje profundo RoseTTAFold junto con AlphaFold para resolver las estructuras de 712 complejos eucariotas . Compararon 6000 proteínas de levadura con las de otros 2026 hongos y 4325 eucariotas. [4]

Tipos de complejos proteicos

Complejo proteico obligado vs. no obligado

Si una proteína puede formar una estructura estable y bien plegada por sí sola (sin ninguna otra proteína asociada) in vivo , entonces los complejos formados por dichas proteínas se denominan "complejos proteicos no obligados". Sin embargo, no se puede encontrar que algunas proteínas creen una estructura estable y bien plegada por sí solas, sino que pueden encontrarse como parte de un complejo proteico que estabiliza las proteínas constituyentes. Dichos complejos proteicos se denominan "complejos proteicos obligados". [5]

Complejo proteico transitorio vs. complejo proteico permanente/estable

Los complejos proteicos transitorios se forman y se descomponen transitoriamente in vivo , mientras que los complejos permanentes tienen una vida media relativamente larga. Normalmente, las interacciones obligadas (interacciones proteína-proteína en un complejo obligado) son permanentes, mientras que se ha descubierto que las interacciones no obligadas son permanentes o transitorias. [5] Nótese que no hay una distinción clara entre interacción obligada y no obligada, sino que existe un continuo entre ellas que depende de varias condiciones, por ejemplo, pH, concentración de proteína, etc. [6] Sin embargo, hay distinciones importantes entre las propiedades de las interacciones transitorias y permanentes/estables: las interacciones estables están altamente conservadas, pero las interacciones transitorias están mucho menos conservadas, las proteínas interactuantes en los dos lados de una interacción estable tienen más tendencia a ser coexpresadas que las de una interacción transitoria (de hecho, la probabilidad de coexpresión entre dos proteínas que interactúan transitoriamente no es mayor que la de dos proteínas aleatorias), y las interacciones transitorias están mucho menos co-localizadas que las interacciones estables. [7] Aunque transitorias por naturaleza, las interacciones transitorias son muy importantes para la biología celular: el interactoma humano está enriquecido en tales interacciones, estas interacciones son los actores dominantes de la regulación genética y la transducción de señales, y se ha descubierto que las proteínas con regiones intrínsecamente desordenadas (IDR: regiones en la proteína que muestran estructuras de interconversión dinámicas en el estado nativo) están enriquecidas en interacciones transitorias de regulación y señalización. [5]

Complejo difuso

Los complejos proteicos difusos tienen más de una forma estructural o desorden estructural dinámico en el estado ligado. [8] Esto significa que las proteínas pueden no plegarse completamente en complejos transitorios o permanentes. En consecuencia, complejos específicos pueden tener interacciones ambiguas, que varían según las señales ambientales. Por lo tanto, diferentes conjuntos de estructuras dan como resultado funciones biológicas diferentes (incluso opuestas). [9] Las modificaciones postraduccionales, las interacciones proteicas o el empalme alternativo modulan los conjuntos conformacionales de los complejos difusos, para ajustar la afinidad o especificidad de las interacciones. Estos mecanismos se utilizan a menudo para la regulación dentro de la maquinaria de transcripción eucariota . [10]

Proteínas esenciales en complejos proteicos

Las proteínas esenciales en los complejos de levadura se producen de forma mucho menos aleatoria de lo que se espera por casualidad. Modificado de Ryan et al. 2013 [11]

Aunque algunos estudios tempranos [12] sugirieron una fuerte correlación entre la esencialidad y el grado de interacción de proteínas (la regla de "centralidad-letalidad"), análisis posteriores han demostrado que esta correlación es débil para interacciones binarias o transitorias (por ejemplo, dos híbridos de levadura ). [13] [14] Sin embargo, la correlación es robusta para redes de interacciones estables de co-complejos. De hecho, un número desproporcionado de genes esenciales pertenecen a complejos proteicos. [15] Esto llevó a la conclusión de que la esencialidad es una propiedad de las máquinas moleculares (es decir, complejos) en lugar de componentes individuales. [15] Wang et al. (2009) notaron que los complejos proteicos más grandes tienen más probabilidades de ser esenciales, lo que explica por qué los genes esenciales tienen más probabilidades de tener un alto grado de interacción de co-complejos. [16] Ryan et al. (2013) se refirieron a la observación de que complejos enteros parecen esenciales como " esencialidad modular ". [11] Estos autores también demostraron que los complejos tienden a estar compuestos de proteínas esenciales o no esenciales en lugar de mostrar una distribución aleatoria (ver Figura). Sin embargo, este no es un fenómeno de todo o nada: solo alrededor del 26% (105/401) de los complejos de levadura consisten únicamente en subunidades esenciales o únicamente no esenciales. [11]

En los seres humanos, los genes cuyos productos proteicos pertenecen al mismo complejo tienen más probabilidades de dar lugar al mismo fenotipo de enfermedad. [17] [18] [19]

Proteínas homomultiméricas y heteromultiméricas

Las subunidades de una proteína multimérica pueden ser idénticas como en una proteína homomultimérica (homooligomérica) o diferentes como en una proteína heteromultimérica. Muchas proteínas solubles y de membrana forman complejos homomultiméricos en una célula; la mayoría de las proteínas del Protein Data Bank son homomultiméricas. [20] Los homooligómeros son responsables de la diversidad y especificidad de muchas vías, pueden mediar y regular la expresión génica, la actividad de las enzimas, los canales iónicos, los receptores y los procesos de adhesión celular.

Los canales de potasio dependientes del voltaje en la membrana plasmática de una neurona son proteínas heteromultiméricas compuestas por cuatro de las cuarenta subunidades alfa conocidas. Las subunidades deben ser de la misma subfamilia para formar el canal proteico multimérico. La estructura terciaria del canal permite que los iones fluyan a través de la membrana plasmática hidrofóbica. Los conexones son un ejemplo de una proteína homomultimérica compuesta por seis conexinas idénticas . Un grupo de conexones forma la unión en hendidura en dos neuronas que transmiten señales a través de una sinapsis eléctrica .

Complementación intragénica

Cuando varias copias de un polipéptido codificado por un gen forman un complejo, esta estructura proteica se denomina multímero. Cuando un multímero se forma a partir de polipéptidos producidos por dos alelos mutantes diferentes de un gen particular, el multímero mixto puede exhibir una mayor actividad funcional que los multímeros no mezclados formados por cada uno de los mutantes solos. En tal caso, el fenómeno se denomina complementación intragénica (también llamada complementación interalélica). La complementación intragénica se ha demostrado en muchos genes diferentes en una variedad de organismos, incluidos los hongos Neurospora crassa , Saccharomyces cerevisiae y Schizosaccharomyces pombe ; la bacteria Salmonella typhimurium ; el virus bacteriófago T4 , [21] un virus de ARN [22] y humanos. [23] En tales estudios, numerosas mutaciones defectuosas en el mismo gen a menudo se aislaron y mapearon en un orden lineal sobre la base de frecuencias de recombinación para formar un mapa genético del gen. Por otra parte, se analizaron los mutantes en combinaciones de pares para medir la complementación. Un análisis de los resultados de dichos estudios condujo a la conclusión de que la complementación intragénica, en general, surge de la interacción de monómeros polipeptídicos defectuosos de diferente tipo para formar un multímero. [24] Los genes que codifican polipéptidos formadores de multímeros parecen ser comunes. Una interpretación de los datos es que los monómeros polipeptídicos a menudo se alinean en el multímero de tal manera que los polipéptidos mutantes defectuosos en sitios cercanos en el mapa genético tienden a formar un multímero mixto que funciona mal, mientras que los polipéptidos mutantes defectuosos en sitios distantes tienden a formar un multímero mixto que funciona de manera más eficaz. Jehle analizó las fuerzas intermoleculares probablemente responsables del autorreconocimiento y la formación de multímeros. [25]

Determinación de la estructura

La estructura molecular de los complejos proteicos se puede determinar mediante técnicas experimentales como la cristalografía de rayos X , el análisis de partículas individuales o la resonancia magnética nuclear . Cada vez más , también está disponible la opción teórica del acoplamiento proteína-proteína . Un método que se utiliza comúnmente para identificar los complejos proteicos [ aclaración necesaria ] es la inmunoprecipitación . Recientemente, Raicu y sus colaboradores desarrollaron un método para determinar la estructura cuaternaria de los complejos proteicos en células vivas. Este método se basa en la determinación de la eficiencia de transferencia de energía por resonancia de Förster (FRET) a nivel de píxel junto con un microscopio de dos fotones con resolución espectral . La distribución de las eficiencias de FRET se simula frente a diferentes modelos para obtener la geometría y la estequiometría de los complejos. [26]

Asamblea

El ensamblaje adecuado de los complejos multiproteicos es importante, ya que un ensamblaje incorrecto puede tener consecuencias desastrosas. [27] Para estudiar el ensamblaje de la vía, los investigadores observan los pasos intermedios de la misma. Una de esas técnicas que permite hacerlo es la espectrometría de masas por electrospray , que puede identificar diferentes estados intermedios simultáneamente. Esto ha llevado al descubrimiento de que la mayoría de los complejos siguen una vía de ensamblaje ordenada. [28] En los casos en los que es posible el ensamblaje desordenado, el cambio de un estado ordenado a uno desordenado conduce a una transición de la función a la disfunción del complejo, ya que el ensamblaje desordenado conduce a la agregación. [29]

La estructura de las proteínas influye en el modo en que se ensambla el complejo multiproteico. Las interfases entre proteínas se pueden utilizar para predecir las vías de ensamblaje. [28] La flexibilidad intrínseca de las proteínas también influye: las proteínas más flexibles permiten disponer de una mayor superficie para la interacción. [30]

Si bien el ensamblaje es un proceso diferente del desensamblaje, ambos son reversibles tanto en los complejos homoméricos como en los heteroméricos. Por lo tanto, el proceso general puede denominarse (des)ensamblaje.

Importancia evolutiva del ensamblaje de complejos multiproteicos

En los complejos homomultiméricos, las proteínas homoméricas se ensamblan de una manera que imita la evolución. Es decir, hay un intermediario en el proceso de ensamblaje en la historia evolutiva del complejo. [31] El fenómeno opuesto se observa en los complejos heteromultiméricos, donde la fusión de genes ocurre de una manera que preserva la vía de ensamblaje original. [28]

Véase también

Referencias

  1. ^ Price NC, Stevens L (1999). Fundamentos de enzimología: la biología celular y molecular de las proteínas catalíticas (3.ª ed.). Oxford: Oxford University Press. ISBN 0-19-850229-X.
  2. ^ Hartwell LH, Hopfield JJ, Leibler S, Murray AW (diciembre de 1999). "De la biología celular molecular a la modular". Nature . 402 (6761 Suppl): C47–52. doi : 10.1038/35011540 . PMID  10591225.
  3. ^ Pereira-Leal JB, Levy ED, Teichmann SA (marzo de 2006). "Los orígenes y la evolución de los módulos funcionales: lecciones de los complejos proteínicos". Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci . 361 (1467): 507–17. doi :10.1098/rstb.2005.1807. PMC 1609335. PMID  16524839 . 
  4. ^ "La IA descifra el código de los complejos proteicos y proporciona una hoja de ruta para nuevos objetivos farmacológicos". www.science.org . Consultado el 14 de noviembre de 2021 .
  5. ^ abc Amoutzias G, Van de Peer Y (2010). "Duplicaciones de un solo gen y de todo el genoma y la evolución de las redes de interacción proteína-proteína. Genómica evolutiva y biología de sistemas". En Caetano-Anolles G (ed.). Genómica evolutiva . págs. 413–429. doi :10.1002/9780470570418.ch19.
  6. ^ Nooren IM, Thornton JM (julio de 2003). "Diversidad de interacciones proteicas". EMBO J . 22 (14): 3486–92. doi :10.1093/emboj/cdg359. PMC 165629 . PMID  12853464. 
  7. ^ Brown KR, Jurisica I (2007). "Conservación evolutiva desigual de interacciones proteínicas humanas en redes interólogas". Genome Biol . 8 (5): R95. doi : 10.1186/gb-2007-8-5-r95 . PMC 1929159 . PMID  17535438. 
  8. ^ Tompa P, Fuxreiter M (enero de 2008). "Complejos difusos: polimorfismo y desorden estructural en interacciones proteína-proteína". Trends Biochem. Sci . 33 (1): 2–8. doi :10.1016/j.tibs.2007.10.003. PMID  18054235.
  9. ^ Fuxreiter M (enero de 2012). "Fuzziness: vinculando la regulación a la dinámica de proteínas". Mol Biosyst . 8 (1): 168–77. doi :10.1039/c1mb05234a. PMID  21927770.
  10. ^ Fuxreiter M, Simon I, Bondos S (agosto de 2011). "Reconocimiento dinámico proteína-ADN: más allá de lo que se puede ver". Trends Biochem. Sci . 36 (8): 415–23. doi :10.1016/j.tibs.2011.04.006. PMID  21620710.
  11. ^ abc Ryan, CJ; Krogan, NJ; Cunningham, P; Cagney, G (2013). "Todo o nada: los complejos proteicos cambian la esencialidad entre eucariotas distantemente relacionados". Genome Biology and Evolution . 5 (6): 1049–59. doi :10.1093/gbe/evt074. PMC 3698920 . PMID  23661563. 
  12. ^ Jeong, H; Mason, SP; Barabási, AL; Oltvai, ZN (2001). "Letalidad y centralidad en redes proteínicas". Nature . 411 (6833): 41–2. arXiv : cond-mat/0105306 . Bibcode :2001Natur.411...41J. doi :10.1038/35075138. PMID  11333967. S2CID  258942.
  13. ^ Yu, H; Braun, P; Yildirim, MA; Lemmens, I; Venkatesan, K; Sahalie, J; Hirozane-Kishikawa, T; Gebreab, F; Li, N; Simonis, N; Hao, T; Rual, JF; Dricot, A; Vazquez, A; Murray, RR; Simon, C; Tardivo, L; Tam, S; Svrzikapa, N; Fan, C; De Smet, AS; Motyl, A; Hudson, ME; Park, J; Xin, X; Cusick, ME; Moore, T; Boone, C; Snyder, M; Roth, FP (2008). "Mapa binario de interacción de proteínas de alta calidad de la red de interactomas de levadura". Science . 322 (5898): 104–10. Código Bibliográfico :2008Sci...322..104Y. doi :  10.1126 / science.1158684.PMC 2746753.PMID 18719252 . 
  14. ^ Zotenko, E; Mestre, J; O'Leary, DP ; Przytycka, TM (2008). "Por qué los centros en la red de interacción de proteínas de levadura tienden a ser esenciales: reexaminando la conexión entre la topología de la red y la esencialidad". PLOS Computational Biology . 4 (8): e1000140. Bibcode :2008PLSCB...4E0140Z. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000140 . PMC 2467474 . PMID  18670624. 
  15. ^ ab Hart, GT; Lee, I; Marcotte, ER (2007). "Un mapa de consenso de alta precisión de complejos proteicos de levadura revela la naturaleza modular de la esencialidad de los genes". BMC Bioinformatics . 8 : 236. doi : 10.1186/1471-2105-8-236 . PMC 1940025 . PMID  17605818. 
  16. ^ Wang, H; Kakaradov, B; Collins, SR; Karotki, L; Fiedler, D; Shales, M; Shokat, KM; Walther, TC; Krogan, NJ; Koller, D (2009). "Una reconstrucción basada en complejos del interactoma de Saccharomyces cerevisiae". Proteómica molecular y celular . 8 (6): 1361–81. doi : 10.1074/mcp.M800490-MCP200 . PMC 2690481 . PMID  19176519. 
  17. ^ Fraser, HB; Plotkin, JB (2007). "Uso de complejos proteicos para predecir los efectos fenotípicos de la mutación genética". Genome Biology . 8 (11): R252. doi : 10.1186/gb-2007-8-11-r252 . PMC 2258176 . PMID  18042286. 
  18. ^ Lage, K; Karlberg, EO; Størling, ZM; Olason, PI; Pedersen, AG; Rigina, O; Hinsby, AM; Tumer, Z; Pociot, F; Tommerup, N; Moreau, Y; Brunak, S (2007). "Una red de complejos proteicos fenoma-interactoma humano implicados en trastornos genéticos". Biotecnología de la Naturaleza . 25 (3): 309–16. doi :10.1038/nbt1295. PMID  17344885. S2CID  5691546.
  19. ^ Oti, M; Brunner, HG (2007). "La naturaleza modular de las enfermedades genéticas". Clinical Genetics . 71 (1): 1–11. doi : 10.1111/j.1399-0004.2006.00708.x . PMID  17204041. S2CID  24615025.
  20. ^ Hashimoto K, Nishi H, Bryant S, Panchenko AR (junio de 2011). "Atrapados en la autointeracción: mecanismos evolutivos y funcionales de la homooligomerización de proteínas". Phys Biol . 8 (3): 035007. Bibcode :2011PhBio...8c5007H. doi :10.1088/1478-3975/8/3/035007. PMC 3148176 . PMID  21572178. 
  21. ^ Bernstein, H; Edgar, RS; Denhardt, GH (junio de 1965). "Complementación intragénica entre mutantes sensibles a la temperatura del bacteriófago T4D". Genética . 51 (6): 987–1002. doi :10.1093/genetics/51.6.987. PMC 1210828 . PMID  14337770. 
  22. ^ Smallwood S, Cevik B, Moyer SA. Complementación intragénica y oligomerización de la subunidad L de la ARN polimerasa del virus Sendai. Virology. 2002;304(2):235-245. doi :10.1006/viro.2002.1720
  23. ^ Rodríguez-Pombo P, Pérez-Cerdá C, Pérez B, Desviat LR, Sánchez-Pulido L, Ugarte M. Hacia un modelo para explicar la complementación intragénica en la proteína heteromultimérica propionil-CoA carboxilasa. Biochim Biophys Acta. 2005;1740(3):489-498. doi :10.1016/j.bbadis.2004.10.009
  24. ^ Crick FH, Orgel LE. La teoría de la complementación interalélica. J Mol Biol. 1964 enero;8:161-5. doi :10.1016/s0022-2836(64)80156-x. PMID 14149958
  25. ^ Jehle H. Fuerzas intermoleculares y especificidad biológica. Proc Natl Acad Sci US A. 1963;50(3):516-524. doi :10.1073/pnas.50.3.516
  26. ^ Raicu V, Stoneman MR, Fung R, Melnichuk M, Jansma DB, Pisterzi LF, Rath S, Fox, M, Wells, JW, Saldin DK (2008). "Determinación de la estructura supramolecular y la distribución espacial de complejos proteicos en células vivas". Nature Photonics . 3 (2): 107–113. doi :10.1038/nphoton.2008.291.{{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  27. ^ Dobson, Christopher M (diciembre de 2003). "Plegamiento y mal plegamiento de proteínas". Nature . 426 (6968): 884–90. Bibcode :2003Natur.426..884D. doi :10.1038/nature02261. PMID  14685248. S2CID  1036192.
  28. ^ abc Marsh JA, Hernández H, Hall Z, Ahnert SE, Perica T, Robinson CV, Teichmann SA (abril de 2013). "Los complejos proteicos están bajo selección evolutiva para ensamblarse a través de vías ordenadas". Cell . 153 (2): 461–470. doi :10.1016/j.cell.2013.02.044. PMC 4009401 . PMID  23582331. 
  29. ^ Sudha, Govindarajan; Nussinov, Ruth; Srinivasan, Narayanaswamy (2014). "Una descripción general de los avances recientes en bioinformática estructural de las interacciones proteína-proteína y una guía de sus principios". Progreso en biofísica y biología molecular . 116 (2–3): 141–50. doi :10.1016/j.pbiomolbio.2014.07.004. PMID  25077409.
  30. ^ Marsh, Joseph; Teichmann, Sarah A (mayo de 2014). "La flexibilidad de las proteínas facilita el ensamblaje y la evolución de la estructura cuaternaria". PLOS Biology . 12 (5): e1001870. doi : 10.1371/journal.pbio.1001870 . PMC 4035275 . PMID  24866000. 
  31. ^ Levy, Emmanuel D; Boeri Erba, Elisabetta; Robinson, Carol V; Teichmann, Sarah A (julio de 2008). "El ensamblaje refleja la evolución de los complejos proteicos". Nature . 453 (7199): 1262–5. Bibcode :2008Natur.453.1262L. doi :10.1038/nature06942. PMC 2658002 . PMID  18563089. 

Enlaces externos