Los sistemas de clasificación química intentan clasificar elementos o compuestos según determinadas propiedades funcionales o estructurales químicas . Mientras que las propiedades estructurales son en gran medida intrínsecas , las propiedades funcionales y las clasificaciones derivadas dependen en cierta medida del tipo de interacción química sobre la que se ejerce la función. A veces, para construir taxonomías químicas también se utilizan otros criterios, como los puramente físicos (por ejemplo, el peso molecular ) o, por otro lado, las propiedades funcionales por encima del nivel químico .
Algunos sistemas mezclan los distintos niveles, lo que da lugar a jerarquías en las que los dominios se confunden ligeramente, por ejemplo, cuando los aspectos estructurales y funcionales acaban en el mismo nivel. Mientras que la función química depende estrechamente de la estructura química, la situación se complica más cuando, por ejemplo, se integra la función farmacológica , porque el QSAR normalmente no se puede calcular directamente a partir de las cualidades estructurales.
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