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Código de plastidios de bacterias, arqueas y plantas.

El código de plastidios bacterianos, arqueales y vegetales (tabla de traducción 11 ) es el código de ADN utilizado por bacterias , arqueas , virus procarióticos y proteínas de cloroplasto . Es esencialmente el mismo que el código estándar , sin embargo, existen algunas variaciones en los codones de inicio alternativos .

El código

A Posibles codones de inicio en la tabla 1 del NCBI. AUG es el más común. [2] Los otros dos codones de inicio enumerados en la tabla 1 (GUG y UUG) son raros en eucariotas. [3] Los procariotas tienen requisitos de codones de inicio menos estrictos; se describen en la tabla 11 del NCBI.
B ^ ^ ^ La base histórica para designar los codones de terminación como ámbar, ocre y ópalo se describe en una autobiografía de Sydney Brenner [4] y en un artículo histórico de Bob Edgar. [5]

Como en el código estándar, la iniciación es más eficaz en AUG. Además, los inicios de GUG y UUG están documentados en arqueas y bacterias. [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] En Escherichia coli , se estima que la UUG sirve como iniciador de aproximadamente el 3 % de las proteínas de la bacteria. [13] Se sabe que CUG funciona como iniciador de una proteína codificada por plásmido (RepA) en E. coli . [14] Además de las iniciaciones NUG, en casos raros las bacterias pueden iniciar la traducción a partir de un codón AUU , como por ejemplo en el caso de la poli(A) polimerasa PcnB y el gen InfC que codifica el factor de iniciación de la traducción IF3 . [15] [16] [10] [17] Las asignaciones internas son las mismas que en el código estándar, aunque códigos UGA de baja eficiencia para triptófano en Bacillus subtilis y, presumiblemente, en Escherichia coli . [18]

El formato sin formato del NCBI es el siguiente, con UUG, CUG, AUU, AUC, AUA, AUG y GUG marcados como posibles iniciadores: [19]

 AA = FFLLSSSSYY**CC*WLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG Inicios = ---M------**--*----M------------MMMM--------------- METRO------------ Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGG Base2 = TTTTCCCCAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

La iniciación en AUC y AUA no se aborda en el texto de descripción del NCBI, pero se sabe que ambos ocurren en E. coli . [20]

Ver también

Referencias

Este artículo incorpora texto de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos , que se encuentra en el dominio público . [19]

  1. ^ Elzanowski A, Ostell J (7 de enero de 2019). "Los códigos genéticos". Centro Nacional de Información Biotecnológica. Archivado desde el original el 5 de octubre de 2020 . Consultado el 21 de febrero de 2019 .
  2. ^ Nakamoto T (marzo de 2009). "Evolución y universalidad del mecanismo de inicio de la síntesis de proteínas". Gen.​ 432 (1–2): 1–6. doi :10.1016/j.gene.2008.11.001. PMID  19056476.
  3. ^ Asano, K (2014). "¿Por qué la selección de codones de inicio es tan precisa en eucariotas?". Traducción (Austin, Texas) . 2 (1): e28387. doi :10.4161/trla.28387. PMID  26779403.
  4. ^ Brenner S. A Life in Science (2001) Publicado por Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 ver páginas 101-104 
  5. ^ Édgar B (2004). "El genoma del bacteriófago T4: una excavación arqueológica". Genética . 168 (2): 575–82. PMC 1448817 . PMID  15514035. ver páginas 580-581
  6. ^ Kozak, M (marzo de 1983). "Comparación del inicio de la síntesis de proteínas en procariotas, eucariotas y orgánulos". Revisiones microbiológicas . 47 (1): 1–45. doi :10.1128/MMBR.47.1.1-45.1983. PMC 281560 . PMID  6343825. 
  7. ^ Fotheringham, IG; Dacey, SA; Taylor, PP; Smith, TJ; Cazador, MG; Finlay, YO; Prímula, SB; Parker, DM; Edwards, RM (15 de marzo de 1986). "La clonación y análisis de secuencia de los genes aspC y tyrB de Escherichia coli K12. Comparación de las estructuras primarias de la aspartato aminotransferasa y aminotransferasa aromática de E. coli con las de las isoenzimas aspartato aminotransferasa de cerdo". La revista bioquímica . 234 (3): 593–604. doi :10.1042/bj2340593. PMC 1146613 . PMID  3521591. 
  8. ^ Golderer, G; Dlaska, M; Gröbner, P; Piendl, W (octubre de 1995). "TTG sirve como codón de iniciación para la proteína ribosómica MvaS7 del arqueón Methanococcus vannielii". Revista de Bacteriología . 177 (20): 5994–6. doi :10.1128/jb.177.20.5994-5996.1995. PMC 177430 . PMID  7592355. 
  9. ^ Nolling, J; Pihl, TD; Vriesema, A; Reeve, JN (mayo de 1995). "Organización y transcripción dependiente de la fase de crecimiento de genes de metano en dos regiones del genoma de Methanobacterium thermoautotrophicum". Revista de Bacteriología . 177 (9): 2460–8. doi :10.1128/jb.177.9.2460-2468.1995. PMC 176905 . PMID  7730278. 
  10. ^ ab Sazuka, T; Ohara, O (31 de agosto de 1996). "Características de la secuencia que rodean los sitios de inicio de la traducción asignados en la secuencia del genoma de la cepa PCC6803 de Synechocystis sp. mediante secuenciación de proteínas amino-terminales". Investigación del ADN . 3 (4): 225–32. doi : 10.1093/dnares/3.4.225 . PMID  8946162.
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  12. ^ Wang, G; Nie, L; Bronceado, H (2003). "Clonación y caracterización de sanO, un gen implicado en la biosíntesis de nikkomicina en Streptomyces ansochromogenes". Letras en Microbiología Aplicada . 37 (6): 452–7. doi : 10.1046/j.1472-765x.2003.01426.x . PMID  14633098.
  13. ^ Blattner, FR; Plunkett G, 3º; Bloch, California; Perna, Nuevo Testamento; Burland, V; Riley, M; Collado-Vides, J; Glasner, JD; Montó, CK; Mayhew, GF; Gregor, J; Davis, noroeste; Kirkpatrick, HA; Goeden, MA; Rosa, DJ; Mau, B; Shao, Y (5 de septiembre de 1997). "La secuencia completa del genoma de Escherichia coli K-12". Ciencia . 277 (5331): 1453–62. doi : 10.1126/ciencia.277.5331.1453. PMID  9278503.{{cite journal}}: Mantenimiento CS1: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )
  14. ^ Agujas, AJ; Bergquist, PL (diciembre de 1992). "Expresión y regulación de la proteína RepA del replicón RepFIB del plásmido P307". Revista de Bacteriología . 174 (23): 7533–41. doi :10.1128/jb.174.23.7533-7541.1992. PMC 207463 . PMID  1447126. 
  15. ^ Polard, P; Prére, MF; Chandler, M; Fayet, O (5 de diciembre de 1991). "Desplazamiento de marco de traducción programado e iniciación en un codón AUU en la expresión génica de la secuencia de inserción bacteriana IS911". Revista de biología molecular . 222 (3): 465–77. doi :10.1016/0022-2836(91)90490-w. PMID  1660923.
  16. ^ Liveris, D; Schwartz, JJ; Geertman, R; Schwartz, I (1 de septiembre de 1993). "Clonación molecular y secuenciación de infC, el gen que codifica el factor de iniciación de la traducción IF3, de cuatro especies de enterobacterias". Cartas de microbiología FEMS . 112 (2): 211–6. doi : 10.1111/j.1574-6968.1993.tb06450.x . PMID  8405963.
  17. ^ Binns, N; Masters, M (junio de 2002). "La expresión del gen pcnB de Escherichia coli está traduccionalmente limitada utilizando un codón de inicio ineficiente: un segundo ejemplo cromosómico de traducción iniciada en AUU". Microbiología Molecular . 44 (5): 1287–98. doi : 10.1046/j.1365-2958.2002.02945.x . PMID  12068810.
  18. ^ Hatfield, D; Diamante, A (marzo de 1993). "UGA: una personalidad dividida en el código genético universal". Tendencias en Genética . 9 (3): 69–70. doi :10.1016/0168-9525(93)90215-4. PMID  8488562.
  19. ^ ab Elzanowski A, Ostell J, Leipe D, Soussov V. "Los códigos genéticos". Navegador de taxonomía . Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU . Consultado el 19 de marzo de 2016 .
  20. ^ Romero, A; García, P (1 de diciembre de 1991). "Inicio de la traducción en los codones AUC, AUA y AUU en Escherichia coli". Cartas de microbiología FEMS . 68 (3): 325–30. doi : 10.1016/0378-1097(91)90377-m . PMID  1687139.