La Batalla de Jaquijahuana se libró entre las fuerzas de Gonzalo Pizarro y Pedro de la Gasca , el 9 de abril de 1548, durante la Rebelión de los Encomenderos los conquistadores españoles .
Tras la exitosa conquista española del Imperio inca , el asesinato de Francisco Pizarro en 1541 y la ejecución de su principal antagonista, Diego de Almagro (1538) y su hijo, El Mozo (1542), la mayoría de los comandantes competentes de la recién fundada Gobernación de Nueva Castilla se habían perdido en la lucha de poder que siguió. En 1540, el segundo en la línea de sucesión de los hermanos Pizarro , Hernando Pizarro , regresó a España para defender la cuestión de su reinado y el de sus hermanos en Perú contra las acusaciones de abuso de poder. Finalmente fue encarcelado por orden del rey Carlos . Los almagristas, seguidores de Diego de Almagro, encontraron su caída en la batalla de Chupas el 16 de septiembre de 1542. Dos años más tarde, el rey Carlos finalmente envió a su propio enviado, Blasco Núñez Vela , como gobernador del recién fundado Virreinato del Perú , y también para asegurar el cumplimiento de las Nuevas Leyes promulgadas en 1542 para proteger a la población nativa peruana del Perú.
Gonzalo Pizarro , sin embargo, se negó a renunciar al poder y la soberanía sobre Perú que una vez le perteneció a él y a sus hermanos. Con su homónimo como símbolo de la antigua era de los Pizarro, reunió partidarios, principalmente opuestos por el gobernador formal de la Nueva Castilla, Cristóbal Vaca de Castro , vencedor en Chupas sobre los almagristas. El virrey llegó a Lima , nueva capital del Perú, y juró su cargo el 17 de mayo de 1544. Poco después hizo encarcelar a Castro y lo envió a España. El 18 de septiembre, Gonzalo Pizarro logró deponer a Blasco Núñez Vela y lo envió como prisionero a Panamá . El 28 de octubre, el ejército de 1.200 hombres de Gonzalo Pizarro entró en Lima. Sin embargo, al llegar a Panamá, Vela fue liberado y regresó a Perú con reclamos reales como el legítimo virrey y gobernador del Perú, desembarcando en Tumbes . Los dos reunieron adeptos y se enfrentaron el 18 de enero de 1546 en Añaquito , en el actual Ecuador , la superioridad numérica y de fuego aseguró la victoria a Gonzalo Pizarro, quien aplastó al ejército de Blasco Núñez Vela, quien fue decapitado en el campo de batalla. Esto, a su vez, aseguró una lucha por el control del Perú entre Gonzalo Pizarro y las fuerzas realistas.
El rey designó entonces a Pedro de la Gasca como nuevo gobernador del Perú, mientras tanto, el territorio quedó bajo el control de Gonzalo Pizarro y sus fuerzas. De la Gasca desembarcó en el Perú en 1547, ganando apoyos para sus fuerzas inicialmente inferiores prometiendo amnistía a quienes hubieran traicionado a la corona, y proclamó que no haría cumplir las Leyes Nuevas, cuyas disposiciones, que exigían mejores condiciones para los trabajadores nativos, habían llevado a muchos encomenderos poderosos a unirse a la causa de Pizarro.
Después de las escaramuzas iniciales, las dos fuerzas estuvieron cerca de una confrontación a fines de 1547 en las llanuras de Jaquijahuana (Xaquixaguana, Sacsahuana) cerca de Cuzco , pero De la Gasca logró evitar la batalla, ganando un tiempo precioso que empleó para convencer a aún más oficiales de Pizarro de cambiar de bando, entre ellos el notorio Alonso de Alvarado . Aunque Pizarro había llegado a Jaquijahuana con una fuerza muy superior, cuando los dos bandos finalmente se encontraron en el campo de batalla en abril de 1548, la situación se había revertido, y una serie constante de deserciones había dejado a las fuerzas de Pizarro en grave inferioridad numérica y baja moral. El notorio conquistador Lope de Aguirre, conocido como la "ira de dios", fue herido por un disparo de arcabuz en la pierna en la batalla mientras luchaba por los realistas. La batalla en sí resultó ser un desastre para Gonzalo Pizarro, ya que todos sus hombres que no habían desertado murieron o fueron capturados en el campo de batalla, mientras que los hombres de De la Gasca supuestamente sufrieron una sola baja. El propio Gonzalo, junto con su comandante más leal, Francisco de Carvajal , apodado el Demonio de los Andes , fueron capturados en el campo de batalla y ejecutados por decapitación. De la Gasca luego hizo esfuerzos para consolidar su control sobre Perú, que siguió siendo una colonia real y virreinato hasta las acciones revolucionarias de José de San Martín y Simón Bolívar a principios del siglo XIX.