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Base de datos de taxonomía del genoma

La base de datos de taxonomía del genoma (GTDB) es una base de datos en línea que mantiene información sobre una nomenclatura propuesta de procariotas , siguiendo un enfoque filogenómico basado en un conjunto de proteínas conservadas de copia única. Además de resolver grupos parafiléticos , este método también reasigna rangos taxonómicos de manera algorítmica, actualizando los nombres en ambos casos. [1] La información sobre arqueas se agregó en 2020, [2] junto con una clasificación de especies basada en la identidad de nucleótidos promedio . [3] Cada actualización incorpora nuevos genomas, así como la curación automatizada y manual de la taxonomía. [4]

Existe una herramienta de código abierto llamada GTDB-Tk para clasificar los borradores de genomas en la jerarquía GTDB. [5] El sistema GTDB, a través de GTDB-Tk, se ha utilizado para catalogar bacterias aún no nombradas en el microbioma intestinal humano y otras fuentes metagenómicas . [6] [7]

El GTDB se incorporó al Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey en 2019 como su recurso filogenómico. [8]

Véase también

Referencias

  1. ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Waite, DW; Rinke, C; Skarshewski, A; Chaumeil, PA; Hugenholtz, P (noviembre de 2018). "Una taxonomía bacteriana estandarizada basada en la filogenia del genoma revisa sustancialmente el árbol de la vida". Nature Biotechnology . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . doi :10.1038/nbt.4229. PMID  30148503. S2CID  52093100. 
  2. ^ Rinke, Christian; Chuvochina, Maria; Mussig, Aaron J.; Chaumeil, Pierre-Alain; Davín, Adrián A.; Waite, David W.; Whitman, William B.; Parks, Donovan H.; Hugenholtz, Philip (21 de junio de 2021). "Una taxonomía arqueal estandarizada para la base de datos de taxonomía del genoma" (PDF) . Nature Microbiology . 6 (7): 946–959. doi :10.1038/s41564-021-00918-8. ISSN  2058-5276. PMID  34155373. S2CID  235595884.
  3. ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas". Nature Biotechnology . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi :10.1038/s41587-020-0501-8. PMID  32341564. S2CID  216560589. 
  4. ^ Para obtener información sobre cada actualización, consulte los registros de cambios correspondientes. Para conocer los cambios más importantes que merecen ser publicados, consulte la sección "Citar GTDB" en la página Acerca de.
  5. ^ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 de noviembre de 2019). "GTDB-Tk: un conjunto de herramientas para clasificar genomas con la base de datos de taxonomía genómica". Bioinformática . 36 (6): 1925–1927. doi : 10.1093/bioinformatics/btz848 . PMC 7703759 . PMID  31730192. 
  6. ^ Almeida, Alexandre; Nayfach, Stephen; Boland, Miguel; Strozzi, Francesco; Beracochea, Martin; Shi, Zhou Jason; Pollard, Katherine S.; Sakharova, Ekaterina; Parks, Donovan H.; Hugenholtz, Philip; Segata, Nicola; Kyrpides, Nikos C.; Finn, Robert D. (20 de julio de 2020). "Un catálogo unificado de 204.938 genomas de referencia del microbioma intestinal humano". Nature Biotechnology . 39 (1): 105–114. doi : 10.1038/s41587-020-0603-3 . PMC 7801254 . PMID  32690973. 
  7. ^ Nayfach, Stephen; et al. (9 de noviembre de 2020). "Un catálogo genómico de los microbiomas de la Tierra". Nature Biotechnology . 39 (4): 499–509. doi : 10.1038/s41587-020-0718-6 . PMC 8041624 . PMID  33169036. 
  8. ^ "Incorporación de la filogenómica en BMSAB". Bergey's Manual Trust .

Lectura adicional