El Acuerdo de Kano fue precedido por el colapso del poder central en Chad en 1979, cuando el Primer Ministro, Hissène Habré , había desatado sus milicias el 12 de febrero contra la capital , Yamena , y el presidente en funciones, Félix Malloum . Para derrotar a las fuerzas del Presidente, Habré se había aliado con el caudillo rival Goukouni Oueddei , que entró en Yamena el 22 de febrero al frente de sus Fuerzas Armadas del Pueblo (FAP).
La situación alarmó a los vecinos del país, temerosos de una posible propagación; por ello, el 16 de febrero, el ministro sudanés Izz Eldine Hamed llegó a Yamena, donde negoció un alto el fuego entre las facciones rivales. Los sudaneses propusieron organizar una conferencia de paz en territorio neutral y el presidente nigeriano Olusegun Obasanjo propuso Kano , en el norte de Nigeria, como sede de la conferencia. También invitó como observadores a los países vecinos del Chad ( Libia , Sudán, Camerún , República Centroafricana , Níger ).
La conferencia comenzó con algunos días de retraso el 11 de marzo, con la llegada de Malloum, Habré, Goukouni y Aboubakar Abdel Rahmane . Entre los cuatro, Malloum representaba al gobierno nacional respaldado por Francia , Habré y Goukouni a las mayores fuerzas insurgentes del país, mientras que Aboubakar, líder de un grupo insurgente menor, el Movimiento Popular para la Liberación del Chad (MPLT), podía contar con el apoyo de Nigeria.
Los cuatro firmaron el 16 de marzo el Acuerdo de Kano sobre la Reconciliación Nacional, que entró en vigor el 23 de marzo, cuando Malloum y Habré dimitieron formalmente. Los seis puntos del acuerdo eran los siguientes:
También se preveía la creación de un Gobierno de Transición de Unidad Nacional (GUNT), que gobernaría el Chad hasta la celebración de nuevas elecciones. Malloum y Habré fueron excluidos del GUNT, pero las cuatro facciones presentes en la conferencia tendrían dos ministerios en el Consejo de Estado Provisional que gobernaría el Chad hasta la plena creación del GUNT. Goukouni sería el presidente de este Consejo.
Las tropas francesas, presentes en Chad desde 1978, debían abandonar el país y ser sustituidas por una fuerza de paz africana multinacional bajo la égida de la Organización de la Unidad Africana (OUA), representada principalmente por tropas nigerianas.
El Acuerdo de Kano fue un fracaso, pues ofendió los intereses libios al excluir a facciones pro-libias como el "FROLINAT original" de Abba Siddick y el Ejército Volcán de Ahmat Acyl , que amenazaban con formar un contragobierno si se las excluía del GUNT. Esto llevó a los nigerianos a buscar un nuevo acuerdo que incluyera a un mayor número de facciones; de ahí surgió el Acuerdo de Lagos , firmado el 21 de agosto en la ciudad nigeriana de Lagos , que sustituyó al Acuerdo de Kano.