La proteína de repetición tetratricopeptídica 39C es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TTC39C . TTC39C es uno de los tres TTC39. [5] Su función es actualmente desconocida; sin embargo, hay alguna evidencia que sugiere que desempeña un papel en la anafase . [6] [7] También contiene un motivo estructural relativamente bien caracterizado llamado repetición tetratricopeptídica (TPR).
TTC39C se encuentra en el brazo largo del cromosoma humano 18 en 18q11.2. [8] Sus alias más comunes son FLJ33761, C18orf17 y HsT2697. [8]
La proteína TTC39C tiene 583 aminoácidos de longitud y parece estar localizada en el citoplasma de la célula según su estructura secundaria predicha [9] Tiene tres isoformas , la más larga de las cuales es la variante de transcripción 1. [8] Contiene tres repeticiones de tetratricopéptidos, así como el dominio de función desconocida DUF3808. [5] El producto proteico tiene un peso molecular de 65,9 kDa y un punto isoeléctrico de 6,584. [10] [11] Hay varios sitios predichos de fosforilación , acetilación y palmitoilación , que se muestran en la siguiente tabla. [12] Toda su estructura secundaria predicha está compuesta casi en su totalidad de hélices y forma una estructura terciaria que se predice que coincide con la estructura de la proteína cut9 en levadura con un 100% de precisión y una cobertura del 85%. [6] [13]
La proteína TTC39C está conservada en más del 50% en la mayoría de los vertebrados , y tiene niveles de conservación tan bajos como alrededor del 24% en invertebrados . [15] También se han identificado al menos un ortólogo y varios homólogos en hongos . [8] No se han identificado ortólogos en plantas. [8] Varios de sus ortólogos se muestran en la siguiente tabla.
TTC39C tiene dos parálogos de la familia TTC39: TTC39A y TTC39B, que se encuentran en el cromosoma 1, en 1p32.3 y en el cromosoma 9, en 9p22.3 respectivamente. TTC39B se ha asociado con el manejo del colesterol HDL y puede estar involucrado en la prevención de enfermedades cardiovasculares [17]
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La región promotora que controla la expresión de la variante de transcripción 1 comienza aproximadamente 952 bases aguas arriba del codón de inicio e incluye todo el 5' UTR . [19] Se han identificado varios posibles sitios de unión de factores de transcripción utilizando el programa El Dorado, incluido el factor de unión CCCTC y un sitio para CTCF , una proteína aislante que se une a CCCTC. [19] Este factor de transcripción está asociado con varias funciones, incluida la organización de la cromatina. [20] También hubo varios sitios que parecen ser el factor de transcripción general TFIIB y los sitios de unión del factor de transcripción E2F y E2F. [19] Los factores de transcripción E2F están involucrados en la mediación del ciclo celular, lo que podría ser un vínculo potencial con el papel hipotético de TTC39C en la anafase. [21] Varios estudios de microarrays de humanos, perros y ratones han proporcionado evidencia de que TTC39C se expresa más altamente en el hígado. [18] [22] [23] Exhibe una expresión relativamente alta en todos los tejidos y tuvo un rango percentil superior al 50% en todos los tejidos excepto en muestras de riñón, médula espinal y músculo esquelético de humanos. [18]
La función de TTC39C es actualmente desconocida. [8] Sin embargo, uno de sus motivos estructurales, la repetición tetratricopeptídica está relativamente bien caracterizada, y se ha demostrado que es activa principalmente en cuatro categorías de interacciones proteína-proteína: interacción con chaperonas moleculares , mediación del inicio de la anafase durante la división celular, represión de la transcripción y el transporte de proteínas. [7] De estas cuatro áreas de funcionalidad, la mayor evidencia existe de su participación en el inicio de la anafase. Dos de las tres posibles proteínas interactuantes identificadas por STRING juegan un papel en la anafase. [24] Finalmente, la proteína que tenía una estructura que parece coincidir perfectamente con el 85% de la secuencia TTC39C está involucrada en la anafase en la levadura, Schizosaccharomyces pombe . [6] Sin embargo, el papel de TTC39C en la anafase debe confirmarse a través de estudios adicionales.
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Los estudios de minería de texto han identificado varias proteínas con las que TTC39C puede interactuar. [24] Estas interacciones proteína-proteína no han sido confirmadas; sin embargo, dos de las proteínas identificadas, AGBL1 y HAUS4, son posibles candidatas debido a sus funciones en la anafase. [24] Se identificaron interacciones proteína-proteína potenciales adicionales para TTC39C en ratones; sin embargo, no hay una conexión aparente con TTC39C además de la coexpresión.