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TSBP1

La TSBP1 es una proteína que en los humanos está codificada por el gen TSBP1 . [3] [4] La TSBP1 se conocía anteriormente como C6orf10 . C6orf10 es un marco de lectura abierto en el cromosoma 6 que contiene una proteína que se expresa de forma ubicua en niveles bajos en el genoma adulto y puede desempeñar un papel durante el desarrollo fetal. Se ha descubierto que C6orf10 está vinculada a enfermedades neurodegenerativas y autoinmunes en adultos. La expresión de este gen es más alta en los testículos , pero también se observa en otros tipos de tejidos como el cerebro , el cristalino del ojo y el bulbo raquídeo . [5] [6] [7]

Transcripción de ARNm

Alineación de secuencias múltiples de todas las isoformas humanas de C6orf10. Esta imagen se generó utilizando Clustal W [8] y M view. [9]

C6orf10 contiene siete variantes de empalme de ARNm humano (a, b, c, X1, X2, X3, X4).

Región no codificante conservada

TSBP1 contiene una estructura de bucle de tallo altamente conservada en el UTR 3' desde las bases 100 a 124.


Estructura de tallo y bucle altamente conservada de la isoforma a de C6orf10 [10]

Proteína

Composición

La isoforma a de C6orf10 es rica en lisina (K), glutamina (Q) y ácido glutámico (E) y pobre en histidina (H) y fenilalanina (F) [11] ] . La isoforma a es una proteína básica con un punto isoeléctrico de 9 y un peso molecular de 62.000 k Da . [12]

Esta isoforma contiene dos regiones transmembrana cerca del comienzo de la secuencia de aminoácidos. [13] La primera región transmembrana se extiende desde el residuo 6 hasta el residuo 25 (19 residuos en total) y tiene un punto isoeléctrico de 5. La segunda región transmembrana se extiende desde el residuo 100 hasta el residuo 119 (19 residuos en total) y tiene un punto isoeléctrico de 8. La isoforma a contiene un dominio PTZ00121 [14] que comienza con el residuo 221 y continúa hasta el final de la proteína. Hay varias secuencias repetitivas dentro de este dominio.

Estructura secundaria

La TSBP1 se compone principalmente de hélices alfa y espirales aleatorias. [15] Solo hay unas pocas regiones que contienen láminas beta . [16] [17]

Localización subcelular

Se predice que TSBP1 se localiza en el núcleo y el retículo endoplasmático. [13] Hay un sitio de escisión del péptido señal entre los aminoácidos 30 y 31 [18] que incluye el primer dominio transmembrana. Esta región N-terminal de C6orf10 probablemente se localiza en el retículo endoplasmático. La región C-terminal de la proteína contiene dos señales de localización nuclear de los aminoácidos 489-505 y 513-529, lo que indica que la sección de la proteína después del sitio de escisión del péptido señal se localiza en el núcleo.

Expresión

El gen TSBP1 se expresa de forma ubicua en niveles bajos en el genoma humano adulto . En los adultos, la expresión de este gen es más alta en los testículos. [19] El gen C6orf10 se expresa en niveles más altos en los tejidos fetales y embrionarios . Esto indica que el gen C6orf10 puede desempeñar un papel en el desarrollo.

Perfil de expresión tisular del gen C6orf10 en embriones preimplantados
Perfil de expresión tisular de C6orf10 en adultos. Los puntos naranjas indican un nivel de expresión muy bajo, mientras que la barra azul indica una expresión alta. [19]

Regulación de la expresión

Transcripcional

TSBP1 tiene un promotor de 1206 bases de longitud. [20] Este promotor se superpone con el UTR 3' pero termina antes del primer codón . Este promotor está bastante bien conservado en los primates , excepto por una región de 136 nucleótidos a mitad de camino y al final de la región promotora. [21] Los primates tienen inserciones en estas dos regiones que los humanos no tienen. Esto puede sugerir que estas regiones del promotor no son esenciales para los humanos.

Factores de transcripción

La transcripción de TSBP1 está regulada por la unión de muchos factores de transcripción a la región promotora. La proteína de unión CCAAT y la caja TATA son regiones altamente conservadas que son importantes en el inicio de la transcripción . Varios de los factores de transcripción, incluidos EH1 , NACA , NKX5-2, SIX4 , VCR, etc., están involucrados en las vías de desarrollo. [20]

Interacciones de proteínas

La mayoría de las interacciones de proteínas predichas con C6orf10 se basan únicamente en minería de texto e información recopilada de estudios de asociación de todo el genoma . Las dos proteínas con las puntuaciones de interacción más altas fueron la proteína similar a butirofilina 2 ( BTNL2 ) y el dominio de repetición de tetratricopéptido que contiene TTC32 . [22] BTNL2 es un regulador negativo de la actividad de las células T y miembro de la superfamilia de inmunoglobulinas . BTNL2 se encuentra en el vecindario del gen C6orf10. TTC32 es de una familia de proteínas de motivos de repetición estructural que median las interacciones proteína-proteína en la formación de complejos proteína-proteína. [23] Esto puede indicar el potencial de C6orf10 para interactuar con otra proteína para formar un complejo .

Importancia clínica

Se ha descubierto que C6orf10 está asociado tanto con enfermedades neurodegenerativas como con enfermedades autoinmunes . Estas asociaciones se obtienen principalmente de estudios de asociación de todo el genoma. Las enfermedades neurodegenerativas comunes asociadas con C6orf10 incluyen demencia frontotemporal , enfermedad de Parkinson [24] y enfermedad de Alzheimer [24] Las enfermedades autoinmunes asociadas con C6orf10 incluyen artritis reumatoide [25] [ 26] [24] [27] psoriasis [28] [ 27] esclerosis múltiple [29] [ 24 ] enfermedad de Graves [24] y lupus [ cita requerida ]

Homólogos

Ortólogos

Al buscar interacciones proteína-proteína en la base de datos NCBI BLAST [30] , se encontró que C6orf10 es una proteína que solo se encuentra en mamíferos . La base de datos BLAST encontró el mayor número de homólogos en Primates , Artiodactyla y Carnivora . Solo hubo un par de homólogos en los órdenes taxonómicos de Rodentia , Chiroptera y Perissodactyla . En los órdenes de Scandentia , Eulipotyphyla , Tubulidentata y sirenia solo hubo un homólogo completo, pero existen algunas secuencias parciales. Hubo secuencias de proteínas parciales en Lagomorpha , Dermoptera y Macroscelidea y no hubo ortólogos en Diprotodontia , Didelphimorphia , Cetacea , Dasyuromorphia , Pilosa , Monotremata y Proboscidea . No se encontraron homólogos fuera de los mamíferos.

Ortólogos de la isoforma X4 de C6orf10

Parálogos

C6orf10 tiene un parálogo que divergió hace unos 135,6 millones de años. Este parálogo se llama proteína 2 que contiene el dominio de tiorredoxina (TXNDC2). [30]

[1] BLAST: herramienta de búsqueda de alineamiento local básico. Centro Nacional de Información Biotecnológica. Disponible en: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Fecha de acceso: 4 de marzo de 2019.

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