El 25 de marzo de 1798 perdió territorio para establecer la Diócesis de Wigry . El 3 de julio de 1848, ganó territorio de la entonces persistente Diócesis de Vilnius , ahora la otra sede metropolitana de Lituania. El 9 de junio de 1920, perdió territorio ante la existente Diócesis de Riga (en Letonia ), mientras que al año siguiente ganó territorio de la persistente Diócesis de Sejny (en Polonia ).
Stanislovas Kiška ( Stanisław Kiszka ) (1618.11.26 – muerte 1626.02.13)
Abraomas Voina ( Abraham Woyna ) (1626.07.20 – 1631.03.24), anteriormente obispo titular de Modon (1611.05.25 – 1626.07.20) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1611.05.25 – 1626.07.20); más tarde obispo de Vilnius (1631.03.24 – muerte 1649.04.14)
Merkelis Elijaševičius Geišas (Melchior Elijaszewicz Geisz) (11.06.1631 – muerte 28.01.1633)
Jurgis Tiškevičius ( Jerzy Tyszkiewicz ) (1633.12.19 – 1649.12.09), anteriormente obispo titular de Modon (1627.05.17 – 1633.12.19) y obispo auxiliar de Vilnius (1627.05.17 – 1633.12.19); más tarde obispo de Vilnius (1649.12.09 – muerte 1656.01.17)
Petras Parčevskis ( Piotr Parczewski ) (1649.12.09 – muerte 1658.12.06), anteriormente obispo de Smolensk (Lituania) (1636.09.01 – 1649.12.09)
Aleksandras Kazimieras Sapiega ( Aleksander Kazimierz Sapieha ) (1660.01.12 – 1667.07.18), anteriormente obispo titular de Modon (1655.08.02 – 1660.01.12) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1655.08.02 – 1660.01.12); más tarde obispo de Vilnius (18.07.1667 – muerte 22.05.1671)
Kazimieras Pacas ( Kazimierz Pac ) (1667.10.03 – muerte 1695), anteriormente obispo de Smolensk (Lituania) (1664.01.14 – 1667.10.03)
Jonas Jeronimas Krišpinas-Kiršenšteinas (Jan Hieronim Kryszpin-Kirszensztein) (1695.09.19 – muerte 1708.07.14), anteriormente obispo titular de Martiria (1696.01.02 – 1706.01.25) y obispo auxiliar de Vilnius (1696.01.02 – .07.21 )
Jonas Mikalojus Zgierskis (Jan Mikołaj Zgierski) (1710.07.21 - muerte 1713.12.06), anteriormente obispo titular de Martiria (1696.01.02 - 1706.01.25) y obispo auxiliar de Vilnius (Lituania) (1696.01.02 - 1710.07.21) y próximo obispo de Smolensk (Rusia) (1706.01.25 – 1710.07.21)
Povilas Pranciškus Sapiega (Paweł Franciszek Sapieha), cistercienses (O. Cist.) (1715.01.21 – muerte 1715.10.01)
Aleksandras Mikalojus Gorainis (Aleksander Mikołaj Horain) (1716.12.07 - muerte 1735.12.07), anteriormente obispo titular de Tiberíades (1704.09.15 - 1711.12.23) y obispo auxiliar de Vilnius (1704.09.15 - 1711.12.23), obispo de Smolensk (Rusia) (1711.12.23 – 1716.12.07)
Juozapas Mykolas Karpis (Józef Michał Karp) (1736.11.19 – muerte 1739.12.10)
Antanas Tiškevičius (Antoni Dominik Tyszkiewicz) (1740.09.16 - muerte 1762.01.31), anteriormente obispo titular de Mennith (1739.07.20 - 1740.09.16) y obispo auxiliar de Kijów-Czernihów (Polonia) (1739.07.20 - 1740.09.16 )
Dominykas Lopacinskis (Jan Dominik Łopaciński) (1762.04.19 – muerte 1778.01.11)
Obispo Jan Stefan Giedroyć (1778.03.30 - jubilado 1802.05.13), anteriormente obispo titular de Verinopolis (1763.08.22 - 1765.04.22) y obispo auxiliar de Vilnius (1763.08.22 - 1765.04.22), obispo de Inflanty (Letonia) (1765.04.22 – 1778.03.30)
Józef Arnulf Giedroyć, obispo de Samogitia con más años de servicio
Juozapas Arnulfas Giedraitis (Józef Arnulf Giedroyć) (1802.05.13 – muerte 1838.07.17), sucediendo como ex obispo coadjutor de Samogitia ([1790.12.04] 1791.04.11 – 1802.05.13 y obispo titular de Orthosia (1791.04.11 – 802.05 .13)
Administrador apostólico Simonas Mikalojus Giedraitis (Szymon Michal Józef Arnold Giedroyć) (1838.07.17 - 1844.08.07), ex obispo titular de Adramittium (1804.08.20 - 1838.07.17), auxiliar de samogitia (1804.20.20 repugnante Obispo de Samogitia (1829.12 - 1838.07.17, sin suceder formalmente)
Jonas Krizostomas Gintila (1844.08.07 – 1849.09.28 no poseído )
Motiejus Valančius (Maciej Kazimierz Wołonczewski) (28.09.1849 – muerte 29.05.1875)
Administrador apostólico Aleksandras Kazimieras Beresnevičius (Aleksander Kazimierz Bereśniewicz) (1875.05.30 – 1883.03.15), obispo titular de Maximianópolis (1858.09.27 – 1883.03.15), ex obispo auxiliar de Samogitia (1858.09.27 – 1875.05.30); más tarde obispo de Kujawy-Kalisz (Polonia) (15.03.1883 – 04.06.1902)
Mečislovas Leonardas Paliulionis (Mieczysław Leonard Pallulon) (15.03.1883 - muerte 02.05.1908)
Gaspar Felicjan Cyrtowt (1910.04.07 - muerte 1913.09.20), anteriormente obispo titular de Castoria (1897.07.21 - 1910.04.07) y obispo auxiliar de Samogitia (1897.07.21 - 1910.04.07)
Pranciškus Karevičius, Padres Marianos (MIC) (27.02.1914 - 23.03.1926), emeritado como Arzobispo titular de Escitópolis (23.03.1926 - 30.05.1945)
Arzobispos Metropolitanos de Kaunas
Arzobispo Juozapas Skvireckas (1926.04.05 - muerte 1959.12.03), anteriormente obispo titular de Ceramus y obispo auxiliar de Kaunas (1919.03.10 - 1926.04.05)
Semivacante de la era soviética (1959-1989): después de que el arzobispo de Kaunas Juozapas Skvireckas abandonara Kaunas con las fuerzas alemanas en retirada en 1944 hacia el exilio , la archidiócesis fue gobernada por los siguientes vicarios capitulares y administradores apostólicos , que experimentaron continuas restricciones y persecuciones por parte de las autoridades soviéticas. :
Arzobispo Sigitas Tamkevičius , Compañía de Jesús (SJ) (1996.05.04 – jubilado el 2015.06.11), también Presidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (1999.11.03 – 2002.09.20), vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (2002.09.20) – 20.09.2005), Presidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (20.09.2005 – 28.10.2014); anteriormente obispo titular de Turuda y obispo auxiliar de Kaunas (1991.05.08 – 1996.05.04); como emérito, cardenal-sacerdote de Sant'Angela Merici 10.05.2019
Arzobispo Lionginas Virbalas , SJ (2015 – jubilado el 01.03.2019), también vicepresidente de la Conferencia Episcopal de Lituania (28.10.2014 – 11.06.2015); anteriormente obispo de Panevėžys (06.06.2013 – 11.06.2015)