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Luis M. Rocha

Luis M. Rocha es profesor George J. Klir de Ciencias de Sistemas en el Thomas J. Watson College of Engineering and Applied Science, Binghamton University ( State University of New York ). Ha sido director del Programa de posgrado en Informática de Redes y Sistemas Complejos NSF-NRT en la Universidad de Indiana, Bloomington , EE. UU. También es director del Centro de Complejidad Social y Biomédica, entre la Universidad de Binghamton y la Universidad de Indiana, Bloomington, becario Fulbright e investigador principal en el Instituto Gulbenkian de Ciência , Portugal. Su investigación se centra en sistemas y redes complejos, [1] [2] [3] [4] biología computacional y de sistemas, [1] [5] [6] [7] [8] complejidad biomédica y salud digital, [9] [10] [11] [12] e inteligencia computacional (incluyendo vida artificial y cognición encarnada). [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21]

Biografía

Nació en Luanda , Angola , se mudó a Lisboa , Portugal en su adolescencia y completó una Licenciatura (BA más MS) en Ingeniería Mecánica y de Sistemas en el Instituto Superior Técnico . Recibió su Doctorado en Ciencias de Sistemas en 1997 de la Universidad de Binghamton . De 1998 a 2004 fue científico del personal del Laboratorio Nacional de Los Álamos , donde fundó y dirigió un Equipo de Modelado de Sistemas Complejos durante 1998-2002, y fue parte de la comunidad de investigación del Instituto Santa Fe . Ha sido director del Programa de Capacitación Interdisciplinaria NSF-NRT en Redes y Sistemas Complejos, y Profesor de Informática en la Escuela Luddy de Informática, Computación e Ingeniería en la Universidad de Indiana , donde fue miembro del consejo asesor del Instituto de Ciencias de Redes de la Universidad de Indiana, y profesor principal del Programa de Ciencias Cognitivas. De 2005 a 2015 fue director del Computational Biology Collaboratorium y de la Dirección del programa de Doctorado en Biología Computacional del Instituto Gulbenkian de Ciencia , donde sigue siendo Investigador Principal. Ha organizado la Décima Conferencia Internacional sobre Simulación y Síntesis de Sistemas Vivos (Alife X) [22] y la Novena Conferencia Europea sobre Vida Artificial (ECAL 2007). [23]

Investigación

El Dr. Rocha estudia las propiedades de los sistemas naturales y artificiales que les permiten adaptarse y evolucionar. Ha abordado este tema general investigando cómo la información y la redundancia son fundamentales para controlar el comportamiento y las capacidades evolutivas de los sistemas complejos , [1] [15] [16] [17] así como abstrayendo principios de los sistemas naturales para producir tecnología de información adaptativa. [18] [19] [21]

Aceptando el principio de autorreplicación de Von Neumann y la computación universal de Turing como un principio general para generar complejidad abierta que abarca la Selección Natural , el Dr. Rocha ha desarrollado el trabajo de Howard Pattee , [24] Sydney Brenner , [25] y otros que consideran la computación y la información como fundamentales para comprender la vida, la cognición y otros sistemas complejos ( una buena visión general es el Libro de Gleick ). Desde este punto de vista, ha abordado varias preguntas: ¿cómo computan las células y los colectivos de células? [1] ¿Es el lenguaje un sistema evolutivo que opera bajo el mismo principio? [13] [16] [17] ¿Pueden los sistemas artificiales implementar el mismo principio? [13] [15] Es decir, ¿puede la inteligencia colectiva en la web convertirse en un superorganismo que implemente este principio? [14] [18] [26] [27] A partir de estas preguntas, ha trabajado en varios proyectos de investigación específicos que van desde la Minería de Literatura Biomédica y la Minería de Redes Sociales [9] [10] [6] [7] [8] hasta la comprensión de la redundancia, robustez, modularidad y control en Redes Complejas , [1] [2] [3] [4] Inteligencia Colectiva en la Web y en Sistemas Sociales, [13] [14 ] [ 2] [18] [20] [26] [27] y modelos basados ​​en agentes de Sistemas Evolutivos como la Edición de ARN [19] y los Sistemas Inmunes Artificiales . [21]

Puntos de vista filosóficos

Rocha es un defensor de la cognición corporizada y situada y ha defendido la postura epistemológica fundamentada del constructivismo evolutivo. Es un defensor de la visión de que el umbral de complejidad requerido para la evolución abierta requiere una interacción entre la memoria simbólica y la maquinaria dinámica, es decir, una estricta separación genotipo-fenotipo. Esta idea ha sido etiquetada como cierre semiótico [28] y generalmente se entiende que encaja en el área de la biosemiótica . Ha defendido que este principio de organización está en juego en la cognición y el comportamiento colectivo humano, habiendo desarrollado tecnología web para implementar el principio. [13] [14] [2] [15] [18] Además del trabajo científico a menudo mencionado en los medios, publica regularmente artículos de opinión en los medios populares para difundir el pensamiento científico. [29]

Referencias

  1. ^ abcde AJ Gates, RB Correia, X. Wang, LM Rocha. "El gráfico efectivo revela vías de redundancia, canalización y control en la regulación y señalización bioquímica" PNAS , 118 (12): e2022598118. doi:10.1371/journal.pone.0055946. 2013
  2. ^ abcd T. Simas, RB Correia y LM Rocha. "La columna vertebral de distancia de las redes complejas". Journal of Complex Networks , 9 (6): cnab021, DOI:10.1093/comnet/cnab021, 2021
  3. ^ ab A. Kolchinsky, MP Van Den Heuvel, A. Griffa, P. Hagmann, LM Rocha, O. Sporns, J. Goni. "Integración multiescala y predictibilidad en la actividad cerebral en estado de reposo". Frontiers in Neuroinformatics , 8:66 . doi: 10.3389/fninf.2014.00066, 2014
  4. ^ ab Gates, A. y LM Rocha. "El control de redes complejas requiere tanto estructura como dinámica". Scientific Reports. , 6 :24456. doi: 10.1038/srep244564, 2016
  5. ^ ME Wall, A. Rechtesteiner y LM Rocha, Descomposición en valores singulares y análisis de componentes principales "Un enfoque práctico para el análisis de datos de microarrays". DP Berrar, W. Dubitzky y M. Granzow (Eds.). Kluwer Academic Publishers, págs. 91-109. 2003
  6. ^ ab A. Kolchinsky, A. Lourenço, H. Wu, L. Li, LM Rocha. "Extracción de evidencia farmacocinética de interacciones fármaco-fármaco de la literatura" PLoS ONE 10(5): e0122199. doi:10.1371/journal.pone.0122199. 2015.
  7. ^ ab A. Lourenco, M. Conover, A. Wong, A. Nematzadeh, F. Pan, H. Shatkay y LM Rocha, Un clasificador lineal basado en herramientas de reconocimiento de entidades y un enfoque estadístico para la extracción de métodos en la literatura sobre interacción proteína-proteína. "BMC Bioinformatics.12(Suppl 8):S12." 2011
  8. ^ ab A. Abi-Haidar, J. Kaur, A. Maguitman, P. Radivojac, A. Retchsteiner, K. Verspoor, Z. Wang y LM Rocha, Descubrimiento de la interacción de proteínas en resúmenes y textos utilizando un nuevo modelo lineal y redes de proximidad de palabras. "Biología del genoma. 9(Suppl 2):S11" 2008
  9. ^ ab RB Correia, L. Li, LM Rocha "Monitoreo de posibles interacciones y reacciones a medicamentos mediante análisis de redes de cronologías de usuarios de Instagram". Simposio del Pacífico sobre Bioinformática. , 21 :492-503. DOI: 10.1073/pnas.2022598118, 2021
  10. ^ ab IB Wood, PL Varela, J. Bollen, LM Rocha, J. Gonçalves-Sá "Los ciclos sexuales humanos están determinados por la cultura y se corresponden con los estados de ánimo colectivos". Scientific Reports. , 7 :17973. doi: 10.1038/s41598-017-18262-5, 2017
  11. ^ RB Correia, IB Wood, J. Bollen, LM Rocha "Explotación de datos de redes sociales para señales biomédicas y comportamientos relacionados con la salud". Revisión anual de ciencia de datos biomédicos. , 3 (1): 433-458. DOI: 10.1146/annurev-biodatasci-030320-040844, 2020.
  12. ^ RB Correia, LP de Araújo, MM Mattos, LM Rocha "Análisis de registros médicos electrónicos en toda la ciudad revela sesgos de género y edad en la administración de interacciones medicamentosas conocidas". npj Digital Medicine. , 2 : 74. DOI: 10.1038/s41746-019-0141-x, 2029.
  13. ^ abcde Clark, A. Ciborgs natos: mentes, tecnologías y el futuro de la inteligencia humana. Oxford University Press, 2003.
  14. ^ abcd Stark, D. El sentido de la disonancia: consideraciones sobre el valor en la vida económica. Princeton University Press, 2011.
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  16. ^ abc LM Rocha, Evolución con sistemas de símbolos materiales. "Biosystems. Vol. 60, pp. 95-121." 2001
  17. ^ abc LM Rocha, Autoorganización seleccionada y semiótica de los sistemas evolutivos. "En: Sistemas evolutivos: perspectivas biológicas y epistemológicas sobre la selección y la autoorganización". S. Salthe, G. Van de Vijver y M. Delpos (eds.). Kluwer Academic Publishers, págs. 341-358. 1998
  18. ^ abcde LM Rocha, Recomendación adaptativa y semiosis abierta. "Kybernetes. Vol. 30, No. 5-6". 2001
  19. ^ abc C. Huang, J. Kaur, A. Maguitman, LM Rocha, Modelo basado en agentes de edición de genotipos. "Computación evolutiva, 15(3): 253-89". 2007
  20. ^ ab LM Rocha, Conjuntos de evidencias: modelado de categorías subjetivas. "En: International Journal of General Systems. Vol. 27, págs. 457-494." 1997
  21. ^ abc A. Abi-Haidar y LM Rocha. "Clasificación colectiva de documentos textuales mediante autoorganización guiada en dinámicas de regulación cruzada de células T". Inteligencia evolutiva . 4 (2):69-80, 2011
  22. ^ LM Rocha (Editor), LS Yaeger (Editor), MA Bedau (Editor), D. Floreano (Editor), RL Goldstone (Editor), A. Vespignani (Editor), "Vida artificial X: Actas de la décima conferencia internacional sobre simulación y síntesis de sistemas vivos (Bradford Books)". 2006
  23. ^ F. Almeida e Costa, "Avances en vida artificial: 9.ª conferencia europea, ECAL 2007, Lisboa, Portugal, 10-14 de septiembre de 2007, Actas (Lecture Notes in Computer Science / Lecture Notes in Artificial Intelligence).". 2007
  24. ^ Rocha, Luis M. (Ed.) La física y la evolución de los símbolos y códigos: reflexiones sobre el trabajo de Howard Pattee . BioSystems 60 (1-3), 2001.
  25. ^ Brenner, Sydney. "Centenario de Turing: el código de la vida". Nature 482 (7386) (22 de febrero): 461-461, 2012.
  26. ^ ab Rocha, Luis M. y Johan Bollen. "Diseños distribuidos con motivación biológica para la gestión adaptativa del conocimiento". En: Principios de diseño para el sistema inmunológico y otros sistemas autónomos distribuidos . L. Segel e I. Cohen (Eds.) Santa Fe Institute Series in the Sciences of Complexity. Oxford University Press, págs. 305-334, 2001
  27. ^ ab GL Ciampaglia, P. Shiralkar, LM Rocha, J. Bollen, F. Menczer, A. Flammini. Verificación computacional de hechos a partir de redes de conocimiento. PLoS One . 10 (6): e0128193. doi:10.1371/journal.pone.0128193, 2015.
  28. ^ Pattee, HH "La física y la metafísica de la biosemiótica". Revista de biosemiótica . 1 :281-301, 2005.
  29. ^ Luis M. Rocha en las noticias y los medios

Enlaces externos