La base de datos de Epigenómica del Centro Nacional de Información Biotecnológica era una base de datos para conjuntos de datos epigenéticos de todo el genoma. [1] Se retiró el 1 de junio de 2016.
La base de datos de Epigenómica del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) se lanzó en junio de 2010 como un medio para recopilar mapas de modificaciones epigenéticas y su ocurrencia en todo el genoma humano. [2] Esta base de datos proporciona un recurso disponible públicamente para mapas en células madre y tejidos primarios ex vivo que detallan paisajes de todo el genoma de factores epigenéticos que ocurren en el desarrollo y la enfermedad humanos. [1]
Los recursos principales para el contenido de la base de datos de epigenómica se derivan de dos bases de datos archivadas en el NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO) y Sequence Read Archive (SRA). [1] Gene Expression Omnibus es un sistema de datos para datos genómicos de alto rendimiento que se genera a partir de tecnologías de secuenciación de última generación y de microarrays . [3] Los datos utilizados en la base de datos de epigenómica son una combinación de subconjuntos de GEO y SRA que son específicos de los factores epigenéticos. Estos datos se someten a una revisión adicional y se organizan de una manera más fácil de obtener antes de agregarlos a la base de datos de epigenómica. [1]
Todos los experimentos y muestras correspondientes en la base de datos de Epigenomics se muestran en el navegador predeterminado. A partir de octubre de 2013, hay actualmente 4112 experimentos y 1257 muestras disponibles en la base de datos. [4] Cinco especies estudiadas están representadas en la base de datos, y hay muchas pistas de datos disponibles, incluida la expresión de micro y pequeños ARN , modificación de histonas y enzimas modificadoras de histonas, accesibilidad de la cromatina y factores asociados a la cromatina, y factores de transcripción . [1] Un ejemplo de la base de datos es un estudio de ciertos factores epigenéticos en Drosophila melanogaster en la etapa embrionaria de desarrollo de 20 a 24 horas. [5]
El navegador de la base de datos de Epigenomics contiene dos registros de búsqueda fundamentales, "Experimentos" y "Muestras".
El registro de búsqueda de Experimento se refiere a uno o más experimentos con un conjunto de objetivos científicos. [1] Aquí, el usuario puede recuperar información completa sobre la fuente de datos. Esta información incluye la institución del remitente, enlaces a los datos originales enviados en GEO y SRA, enlaces a citas bibliográficas en PubMed y/o artículos de texto completo en PubMed. [1] Los registros de experimentos contienen un número de acceso único que incluye un prefijo "ESS". [1]
El registro de búsqueda de muestra corresponde al material biológico examinado en un experimento determinado en la base de datos y proporciona detalles sobre los atributos de origen con valores de vocabularios controlados. [1] Hay más de 20 campos de atributos biológicos disponibles, y entre estos campos se incluyen cepa, cultivar, ecotipo, individuo, género, edad, etapa de desarrollo, línea celular, tipo de célula, tipo de tejido y estado de salud. [1]
Existen muchos recursos disponibles en línea que pueden resultar de ayuda para navegar y utilizar la base de datos de Epigenomics. La sección "Ayuda de Epigenética" del manual de ayuda del NCBI contiene información sobre la base de datos con capacidad de búsqueda y proporciona al usuario herramientas para usar, administrar, descargar y cargar, y navegar por la base de datos. [6] También existen guías para navegar por la base de datos dirigidas a investigadores y campos de estudio específicos, como la investigación con células madre. [7]
En 2007, los Institutos Nacionales de Salud (NIH) lanzaron el Roadmap Epigenomics Project . El objetivo del proyecto es desarrollar mapas epigenéticos de referencia disponibles públicamente a partir de una variedad de tipos de células. [1] Estos mapas epigenéticos tienen como objetivo proporcionar recursos para estudios de eventos epigenéticos que subrayan el desarrollo humano, la diversidad y la enfermedad. [8] Para esfuerzos similares, véase el Proyecto ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), cuyas iniciativas son complementarias al Roadmap Epigenomics Project. [9]
El epigenoma consiste en un registro de los cambios químicos en el ADN y las proteínas histonas de un organismo. Estos cambios químicos influyen en la expresión génica en muchos tipos de tejidos y etapas de desarrollo. [10] Estos cambios epigenéticos implican métodos de alteración de la expresión génica que no implican cambios en la secuencia de ADN primaria subyacente; estos incluyen la metilación del ADN , el silenciamiento génico y la estructura de la cromatina , [11] así como la participación del ARN no codificante . [12]