En el Fulham jugó durante tres temporadas cosechando unos increíbles números pese a su juventud: 129 partidos y 16 goles con el equipo londinense.
En su primera temporada en Manor Ground, Houghton anotó un gol en la victoria 3-0 en la final de la Milk Cup sobre el Queens Park Rangers, disputada en Wembley.
El excelente rendimiento que estaba demostrando en el Oxford United le valieron para conseguir su debut como internacional irlandés y para lograr el interés de varios grandes del fútbol inglés, entre ellos el Liverpool.
El primer año de Houghton en Anfield se saldó con unos grandes números, jugando 35 partidos y anotando siete tantos.
Finalmente, en el modestísimo Stevenage Borough, se retiró definitivamente del fútbol en activo en el 2000, tras 21 años de carrera profesional.
Actualmente ejerce con gran éxito como comentarista de televisión y aporta sus conocimientos en la elaboración del juego Football Manager para PC.