PyMOL es un sistema de visualización molecular disponible en código fuente [3] creado por Warren Lyford DeLano . Fue comercializado inicialmente por DeLano Scientific LLC, que era una empresa de software privada dedicada a crear herramientas útiles que se volvieran universalmente accesibles para las comunidades científicas y educativas. Actualmente es comercializado por Schrödinger, Inc. Como la licencia original del software era una licencia permisiva , pudieron eliminarla; las nuevas versiones ya no se lanzan bajo la licencia Python , sino bajo una licencia personalizada (que otorga amplios derechos de uso, redistribución y modificación, pero asigna los derechos de autor de cualquier versión a Schrödinger, LLC.), [3] y parte del código fuente ya no se publica. [4] PyMOL puede producir imágenes 3D de alta calidad de moléculas pequeñas y macromoléculas biológicas , como proteínas . Según el autor original, en 2009, casi una cuarta parte de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas en 3D en la literatura científica se realizaron utilizando PyMOL. [ cita requerida ]
PyMOL es una de las pocas herramientas de visualización de modelos, en su mayoría de código abierto, disponibles para su uso en biología estructural . La parte Py del nombre del software hace referencia a que el programa se escribió en el lenguaje de programación Python .
PyMOL utiliza OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) y FreeGLUT , y puede resolver ecuaciones de Poisson-Boltzmann utilizando el solucionador de Poisson-Boltzmann adaptativo. [5] PyMOL utilizó Tk para los widgets de la GUI y tenía binarios nativos de Aqua para macOS hasta Schrödinger , que fueron reemplazados por una interfaz de usuario de PyQt en todas las plataformas con el lanzamiento de la versión 2.0. [6]
Las primeras versiones de PyMol se publicaron bajo la licencia Python . El 1 de agosto de 2006, DeLano Scientific adoptó un sistema de descarga de acceso controlado para compilaciones precompiladas de PyMOL (incluidas las betas) distribuidas por la empresa. El acceso a estos ejecutables ahora está limitado a los usuarios registrados que son clientes de pago; las compilaciones educativas están disponibles de forma gratuita para estudiantes y profesores. Sin embargo, la mayor parte del código fuente actual sigue estando disponible de forma gratuita, al igual que las compilaciones precompiladas más antiguas. Si bien los sistemas de compilación para otras plataformas son abiertos, el sistema de compilación de la API de Windows (WinAPI, Win32) no lo es, aunque hay binarios no oficiales de Windows disponibles en línea. [7] Cualquiera puede compilar un ejecutable a partir del código fuente con licencia Python o pagar una suscripción a los servicios de soporte para obtener acceso a los ejecutables precompilados.
El 8 de enero de 2010, Schrödinger, Inc. llegó a un acuerdo para adquirir PyMOL. La empresa asumió el desarrollo, mantenimiento, soporte y ventas de PyMOL, incluidas todas las suscripciones válidas en ese momento. También continúan apoyando activamente a la comunidad de código abierto de PyMOL. En 2017, Schrödinger renovó el sistema de distribución para unificar la interfaz de usuario bajo Qt y la gestión de paquetes bajo Anaconda , y lo lanzó como PyMol v2. [6] Esta versión restringe algunas funcionalidades nuevas y agrega una marca de agua a la visualización si se usa sin licencia más allá del período de prueba de 30 días; la política de licencia general es similar al sistema DeLano. El código fuente sigue estando disponible en su mayor parte, esta vez bajo una licencia similar a BSD. [8] Al igual que con la distribución anterior, hay binarios no oficiales de Windows en formato de rueda disponibles, [7] y, de hecho, las distribuciones de Linux continúan proporcionando sus propias compilaciones del código de fuente abierta.
PyMOL aplica coloración de bolas por elemento.
Filosofía de código abierto
PyMOL es un producto comercial, pero ponemos a disposición de forma gratuita la mayor parte de su código fuente bajo una licencia permisiva. El proyecto de código abierto es mantenido por Schrödinger y, en última instancia, financiado por todos los que compran una licencia de PyMOL.
El código abierto permite la ciencia abierta.
Esta fue la visión del autor original de PyMOL, Warren L. DeLano.
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