Pero su verdadera pasión era la botánica y, para poder estudiar y conocer plantas exóticas, en 1580 se trasladó a Egipto como médico al servicio personal de Giorgio Emo, el cónsul veneciano en El Cairo.Al quedar vacante su puesto, este fue ocupado por su hijo, Alpino Alpini.Su obra más famosa De Plantis Aegypti liber Venecia, 1592.En el De Medicina Egyptiorum Venecia, 1591 está contenida la primera referencia sobre la planta del café publicada en Europa.El género Alpinia de la familia Zingiberaceae, fue llamado así por Linneo en su honor.
