Superdotado intelectualmente, sostuvo no menos de trescientas dieciocho tesis a disputa en 1570 en Mantua y fue aplaudido como eminente teólogo por el duque.Volvió a Venecia en 1588 y se pasó los siguientes siete años estudiando, interviniendo sólo ocasionalmente en las disputas de su orden.La actitud del papa Paulo V se volvió aún más amenazante y agresiva al extender sus prerrogativas.Era tan versado en todos los campos del saber que Girolamo Fabrizi d'Acquapendente le llamó «Oráculo de su siglo»[1] y fue autor de la celebérrima Istoria del Concilio tridentino, pronto puesta en el Index librorum prohibitorum.Paolo Sarpi también descubrió la contractibilidad del iris en el ojo y fue un gran defensor de la ciencia experimental y cerrado opositor de los privilegios e inmunidades del clero.