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Panel de control de productos químicos CompTox

El CompTox Chemicals Dashboard es una base de datos en línea de libre acceso creada y mantenida por la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos (EPA). La base de datos proporciona acceso a múltiples tipos de datos, incluidas propiedades fisicoquímicas , destino y transporte ambiental, exposición, uso, toxicidad in vivo y bioensayo in vitro . La EPA y otros científicos utilizan los datos y modelos contenidos en el panel para ayudar a identificar sustancias químicas que requieren más pruebas y reducir el uso de animales en las pruebas químicas. El Dashboard también se utiliza para proporcionar acceso público a la información de los Planes de Acción de la EPA, por ejemplo, sobre sustancias alquiladas perfluoradas . [2] [3]

Originalmente denominada Chemistry Dashboard, la primera versión se lanzó en 2016. [4] La última versión de la base de datos (versión 3.0.5) contiene datos seleccionados manualmente para más de 875 000 sustancias químicas e incorpora los últimos datos generados por el programa de detección de alto rendimiento Toxicity Forecaster (ToxCast) de la EPA. [5] El Chemicals Dashboard incorpora datos de varias bases de datos anteriores de la EPA en un solo paquete, incluido el ToxCast Dashboard, [6] el Endocrine Disruption Screening Program (EDSP) Dashboard [7] y la Chemical and Products Database (CPDat). [8]

Alcance y acceso

La base de datos del Panel de control de productos químicos CompTox contiene estructuras químicas e información de alta calidad que han sido ampliamente seleccionadas y controladas en cuanto a calidad, y que pueden usarse como un recurso para los científicos analíticos involucrados en la identificación de estructuras. [9]

Vista de datos de bioactividad de ToxCast para el bisfenol A

Los datos sobre riesgos químicos que aparecen en el panel de control proceden tanto de estudios tradicionales con animales de laboratorio como de pruebas de alto rendimiento . Los datos biológicos de las pruebas de alto rendimiento se generan mediante el programa ToxCast de la EPA [5] . Los datos de ToxCast en la base de datos proporcionan información sobre los ensayos utilizados y su potencia y eficacia de respuesta. Estos datos se pueden encontrar en la pestaña de bioactividad.

Se puede acceder al Panel de sustancias químicas a través de una interfaz web o se pueden descargar conjuntos de datos para su uso sin conexión. La pestaña Listas se puede utilizar para buscar y descargar grupos de sustancias químicas relacionadas en función de su relevancia para un tema de investigación específico (como aditivos en cigarrillos o sustancias químicas que demuestran efectos sobre los efectos del desarrollo neurológico) o los puntos finales de ensayo específicos que cubren.

Dentro del panel de control en línea, se pueden realizar búsquedas por categorías de producto/uso, ensayo/gen, nombre sistemático, sinónimo, número CAS , ID de sustancia DSSTox o InChiKey . En la pestaña Búsqueda avanzada, se pueden buscar sustancias químicas en función de su masa o fórmula molecular . También se pueden realizar búsquedas de grupos de sustancias químicas en función del nombre químico CASRN, InChIKey, ID de sustancia DSSTox, ID de compuesto DSSTox, esqueleto InChIKey, fórmula MS-Ready, fórmula exacta o masa monoisotópica utilizando la función de búsqueda por lotes.

Otras funciones

Resumen del módulo Sifter

En The Chemicals Dashboard se ha integrado una herramienta de lectura cruzada automatizada denominada Generalized Read-Across (GenRA). GenRA está diseñada para mantener la consideración experta inherente al método de lectura cruzada, pero automatiza el proceso de selección de sustancias químicas para ayudar a predecir la toxicidad. [10]

El Dashboard también tiene la capacidad de buscar fuentes de literatura científica existentes como PubMed , a través de una versión web de "Abstract Sifter", [11] Google Scholar e informes de los Valores de toxicidad revisados ​​por pares provisionales de la EPA (PPRTV) y el Sistema integrado de información de riesgos de la EPA (IRIS).

La predicción QSAR en tiempo real para múltiples propiedades fisicoquímicas y puntos finales de toxicidad está disponible a través de la pestaña de predicciones.

Apoyo a la espectrometría de masas

Relaciones preparadas para MS

El panel de control proporciona soporte para la espectrometría de masas, proporcionando búsquedas en los datos químicos contenidos en la base de datos en función de la masa y la fórmula molecular . El panel de control se ha aplicado a la búsqueda de análisis no dirigidos de " incógnitas conocidas ". [12] Se admiten tanto la espectrometría de masas dirigida como la espectrometría de masas no dirigida. Las búsquedas utilizan una búsqueda basada en formas "listas para MS" de compuestos químicos. Las sustancias químicas individuales se colapsan en una forma que se detectaría mediante espectrometría de masas, de modo que las sales se desalinizan y neutralizan y los productos químicos multicomponentes se separan en sus componentes individuales. [13]

Véase también

Referencias

  1. ^ Williams, Antony J. ; et al. (18 de noviembre de 2017). "El panel de control de química CompTox: un recurso de datos comunitario para la química ambiental". Journal of Cheminformatics . 9 (1): 61. doi : 10.1186/s13321-017-0247-6 . PMC  5705535 . PMID  29185060.
  2. ^ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (27 de marzo de 2019). "La EPA anuncia un plan de acción sobre sustancias perfluoroalquiladas y polifluoroalquiladas (PFAS): descripción general y próximos pasos". JD Supra . Consultado el 21 de abril de 2019 .
  3. ^ Patlewicz, G; et al. (enero de 2019). "Un enfoque de priorización basado en categorías químicas para seleccionar 75 sustancias perfluoroalquilo y polifluoroalquilo (PFAS) para pruebas de toxicidad y toxicocinética por niveles". Environmental Health Perspectives . 127 (1): 014501. doi : 10.1289/EHP4555 . PMC 6378680 . PMID  30632786. 
  4. ^ Williams, Antony J.; Grulke, Christopher M.; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D.; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C.; Patlewicz, Grace; Shah, Imran; Wambaugh, John F. (28 de noviembre de 2017). "El panel de química CompTox: un recurso de datos comunitario para la química ambiental". Revista de química . 9 (1): 61. doi : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ISSN  1758-2946. PMC 5705535 . PMID  29185060. 
  5. ^ ab US EPA, ORD (2015-08-21). "Pronóstico de toxicidad". US EPA . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  6. ^ US EPA, ORD (1 de noviembre de 2017). "Explorando los datos de ToxCast". US EPA . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  7. ^ US EPA, OCSPP (14 de agosto de 2015). "Programa de detección de disruptores endocrinos (EDSP) en el siglo XXI". US EPA . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  8. ^ US EPA, ORD (4 de agosto de 2016). "Base de datos de productos y sustancias químicas (CPDat)". US EPA . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  9. ^ US EPA, ORD (30 de abril de 2018). "Identificación de estructuras mediante el panel de química CompTox de la EPA". US EPA . Consultado el 23 de abril de 2019 .
  10. ^ US EPA, ORD (25 de septiembre de 2018). "El nuevo módulo GenRA en el panel CompTox de la EPA ayudará a predecir la posible toxicidad química". US EPA . Consultado el 23 de abril de 2019 .
  11. ^ Baker, N; et al. (diciembre de 2017). "Abstract Sifter: un sistema integral de interfaz para PubMed". F1000Research . 6 : 2164. doi : 10.12688/f1000research.12865.1 . PMC 5801564 . PMID  29479422. 
  12. ^ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (diciembre de 2016). "Identificación de elementos desconocidos conocidos mediante el panel de química CompTox de la EPA de EE. UU." Química analítica y bioanalítica . 409 (7): 1729–1735. doi :10.1007/s00216-016-0139-z. PMID  27987027. S2CID  31754962.
  13. ^ McEachran, AD; et al. (agosto de 2018). "Estructuras "listas para MS" para estudios de detección de espectrometría de masas de alta resolución no dirigidos". Journal of Cheminformatics . 10 (1): 45. doi : 10.1186/s13321-018-0299-2 . PMC 6117229 . PMID  30167882.