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AbiertoChrom

OpenChrom es un software de código abierto para el análisis y visualización de datos cromatográficos y espectrométricos de masas . [4] Su objetivo es manejar archivos de datos nativos de varios sistemas de espectrometría de masas (por ejemplo, GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS), proveedores como Agilent Technologies , Varian , Shimadzu , Thermo Fisher , PerkinElmer. y otros. Pero recientemente también se admiten formatos de datos de otros tipos de detectores.

OpenChrom admite únicamente el análisis y la representación de datos cromatográficos y espectrométricos de masas. No tiene capacidades para la adquisición de datos o el control del hardware del proveedor. OpenChrom se basa en la plataforma de cliente enriquecido (RCP) de Eclipse, por lo que está disponible para varios sistemas operativos, por ejemplo, Microsoft Windows , macOS y Linux . Se distribuye bajo la Licencia Pública Eclipse 1.0 (EPL). Las bibliotecas de terceros se dividen en paquetes individuales y se publican bajo varias licencias compatibles con OSI .

Historia

ChemClipse versión 0.7.0

OpenChrom fue desarrollado por Philip Wenig ( SCJP , LPIC-1 ) como parte de su tesis doctoral en la Universidad de Hamburgo , Alemania. [5] El objetivo de la tesis fue aplicar técnicas de reconocimiento de patrones en conjuntos de datos registrados mediante pirólisis analítica junto con cromatografía y espectrometría de masas (Py-GC/MS). [6] [7]

OpenChrom ganó el premio Thomas Krenn Open Source Award 2010 [8], así como el premio Eclipse Community Award 2011. [9] Los desarrolladores también son miembros fundadores del Eclipse Science Working Group. [10] Después de la comercialización exitosa del desarrollo por contrato y los servicios en torno al proyecto OpenChrom, el proveedor Lablicate reforzó el compromiso con el software libre/de código abierto con el lanzamiento de ChemClipse en octubre de 2016, que sirve como base para todos los productos OpenChrom. [11]

Formatos de datos admitidos

Cada proveedor de sistemas almacena los datos de análisis registrados en su propio formato propietario . Eso dificulta la comparación de conjuntos de datos de diferentes sistemas y proveedores. Además, es un gran inconveniente para las pruebas entre laboratorios. El objetivo de OpenChrom es admitir de forma nativa una amplia gama de diferentes formatos de datos de espectrometría de masas . [12] OpenChrom se asegura de que los archivos de datos sin procesar no puedan modificarse de acuerdo con las buenas prácticas de laboratorio . Para ayudar a los científicos, OpenChrom admite varios formatos abiertos para importar y exportar los resultados del análisis. Además, OpenChrom ofrece su propio formato de código abierto (*.ocb) que permite guardar el cromatograma editado así como los picos y resultados de identificación.

detector selectivo de masas

Detector de ionización de llama

Detección de matriz de diodos

Espectroscopía infrarroja por transformada de Fourier

Espectroscopia de infrarrojo cercano

Otros formatos

Características principales

OpenChrom ofrece una variedad de funciones para analizar datos cromatográficos:

Lanzamientos

El software se lanzó por primera vez en 2010. Cada versión lleva el nombre de un científico famoso.

Leyenda:
Versión antigua
Versión anterior, aún mantenida.
Ultima versión
Última versión preliminar
Lanzamiento futuro
  1. ^ Lanzamiento continuo desde aquí. Sólo cambia la marca de tiempo .

Referencias

  1. ^ Colaboradores de OpenChrom, Black Duck OpenHub
  2. ^ El proyecto de código abierto OpenChrom en Open Hub
  3. ^ Mercado de Eclipse : OpenChrom
  4. ^ OpenChrom: un software de código abierto multiplataforma para el análisis espectrométrico de masas de datos cromatográficos , Philip Wenig, Juergen Odermatt, BMC Bioinformatics ; 2010 ; doi :10.1186/1471-2105-11-405
  5. ^ Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierung organischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromographie/Massenspektrometrie (Py-GC/MS) , Philip Wenig, Disertación ; 2012 ; DNB-IDN  1027167683
  6. ^ Postoptimización de datos Py-GC/MS: un estudio de caso que utiliza un nuevo filtro de reducción de ruido químico digital (NOISERA) para mejorar la calidad de los datos utilizando el software de espectrometría de masas OpenChrom , Philip Wenig, Journal of Analytical and Applied Pyrolysis ; 2011 ; doi :10.1016/j.jaap.2011.05.013
  7. ^ Caracterización de emisiones olorosas utilizando un nuevo software para identificar picos en modelos quimiométricos de cromatografía de gases: conjuntos de datos de espectrometría de masas , KR Murphy, P. Wenig, G. Parcsi, T. Skov, RM Stuetz, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems ; 2012 ; doi : 10.1016/j.chemolab.2012.07.006
  8. ^ Werner Fischer: Ganador del premio Thomas Krenn Open Source 2010
  9. ^ Fundación Eclipse : se anuncian los ganadores de los premios de la comunidad Eclipse, Santa Clara, CA - 21 de marzo de 2011
  10. ^ Diana Kupfer: Información sobre el grupo de trabajo científico de Eclipse, 11 de junio de 2014
  11. ^ Philip Wenig: ChemClipse 0.7.0 lanzado, 2 de octubre de 2016
  12. ^ Dąbrowski, Łukasz (7 de agosto de 2015). "Revisión de software gratuito de procesamiento de datos para cromatografía". Revista Mediterránea de Química . 4 (4): 193–200. doi : 10.13171/mjc.4.4.2015.15.09.16.35/dabrowski .

enlaces externos