MassLynx es un paquete de software para controlar equipos analíticos producidos por Waters Corporation, incluidos sistemas de cromatografía líquida como la serie ACQUITY UPLC de sistemas UHPLC y espectrómetros de masas como el Xevo TQ-S.
MassLynx se utiliza para el control de hardware, la creación, edición y ejecución de secuencias de ejecución, así como para la configuración de métodos de adquisición. El tratamiento de datos se realiza en otro software como TargetLynx o ChromaLynx.