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ORFOME

En genética molecular , un ORFeoma se refiere al conjunto completo de marcos de lectura abiertos (ORF) en un genoma . El término también puede usarse para describir un conjunto de ORF clonados . [1] Los ORF corresponden a las secuencias codificantes de proteínas (CDS) de los genes . Los ORF se pueden encontrar en secuencias del genoma mediante programas informáticos como GENSCAN y luego amplificarse mediante PCR . Si bien esto es relativamente trivial en bacterias, el problema no es trivial en los genomas eucariotas debido a la presencia de intrones y exones , así como variantes de empalme .

Uso en investigación

El uso de ORFeomes completos refleja una nueva tendencia en biología que puede resumirse sucintamente como ómica . Los ORFeomes se utilizan para el estudio de interacciones proteína-proteína, [2] [3] microarreglos de proteínas , el estudio de antígenos, [4] y otros campos de estudio.

ORFeomas clonados

Se han clonado conjuntos ORF completos para varios organismos, incluidos Brucella melitensis , [5] Chlamydia pneumoniae , [6] Escherichia coli , [7] Neisseria gonorrhoeae , [8] Pseudomonas aeruginosa , [9] Schizosaccharomyces pombe , Staphylococcus aureus [10] y herpesvirus humanos [11].

También se ha producido un ORFeoma humano parcial. [12] [13]

Referencias

  1. ^ Ohara, O. (2009). "Clonación de ORFeome". Genética química inversa . Métodos en biología molecular. Vol. 577. págs. 3–9. doi :10.1007/978-1-60761-232-2_1. ISBN 978-1-60761-231-5. Número de identificación personal  19718504.
  2. ^ Titz B, Rajagopala SV, Goll J, Häuser R, McKevitt MT, Palzkill T, Uetz P (2008). Hall N (ed.). "El interactoma proteico binario de Treponema pallidum: la espiroqueta de la sífilis". PLOS ONE . ​​3 (5): e2292. Bibcode :2008PLoSO...3.2292T. doi : 10.1371/journal.pone.0002292 . PMC 2386257 . PMID  18509523.  Icono de acceso abierto
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  4. ^ McKevitt, Matthew; Brinkman, Mary Beth; McLoughlin, Melanie; Perez, Carla; Howell, Jerrilyn K.; Weinstock, George M.; Norris, Steven J.; Palzkill, Timothy (1 de julio de 2005). "Identificación a escala genómica de antígenos de Treponema pallidum". Infección e inmunidad . 73 (7): 4445–4450. doi :10.1128/IAI.73.7.4445-4450.2005. ISSN  0019-9567. PMC 1168556 . PMID  15972547. 
  5. ^ Viadas C, Rodríguez MC, García-Lobo JM, Sangari FJ, López-Goñi I (octubre de 2009). "Construcción y evaluación de un microarray de ADN del genoma completo de Brucella basado en ORFeome". Patogénesis microbiana . 47 (4): 189–95. doi : 10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID  19524659.
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  11. ^ Fossum E, Friedel CC, Rajagopala SV, Titz B, Baiker A, Schmidt T, Kraus T, Stellberger T, Rutenberg C, Suthram S, Bandyopadhyay S, Rose D, von Brunn A, Uhlmann M, Zeretzke C, Dong YA, Boulet H, Koegl M, Bailer SM, Koszinowski U, Ideker T, Uetz P, Zimmer R, Haas J (septiembre de 2009). Sol R (ed.). "Redes de interacción de proteínas herpesvirales conservadas evolutivamente". Más patógenos . 5 (9): e1000570. doi : 10.1371/journal.ppat.1000570 . PMC 2731838 . PMID  19730696. 
  12. ^ Lamesch P, Li N, Milstein S, Fan C, Hao T, Szabo G, Hu Z, Venkatesan K, Bethel G, Martin P, Rogers J, Lawlor S, McLaren S, Dricot A, Borick H, Cusick ME, Vandenhaute J, Dunham I, Hill DE, Vidal M (marzo de 2007). "hORFeome v3.1: un recurso de marcos de lectura abiertos humanos que representan más de 10 000 genes humanos". Genómica . 89 (3): 307–15. doi :10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMC 4647941 . PMID  17207965. 
  13. ^ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Versión 2011 del ORFeome humano