Estudió teatro en París durante tres años (1987–1990).
Casado con la actriz y cineasta marroquí Maryam Touzani.
Ayouch comenzó su carrera como guionista y director trabajando para la agencia de publicidad Euro-RSCG.
En 1992, dirigió Les Pierres bleues du désert, su primer cortometraje, protagonizado por Jamel Debbouze, que cuenta la historia de un joven convencido de que existen grandes piedras azules en el desierto.
A este primer corto le siguieron otros dos más, Hertzienne Connexion (1993) y Vendeur de silence (1994) con los que consiguió reconocimiento internacional.