Muhammad Amin Khan ( Chagatai y persa : محمد امین خان) fue Khan de Turpan de 1682 a 1694. Era el hermano menor de Abd ar-Rashid Khan II y nieto de Ismail Khan (Moghul Khan) .
Muhammad Amin Khan intentó restablecer su autoridad como kan y buscó apoyo externo. En dos ocasiones envió tributos al gobierno Qing en nombre del kan de Turpan y envió una embajada a la corte mogol en la India en 1690. Al año siguiente envió una embajada a Subhan Quli, el kan uzbeko de Bujará (1680-1720), en busca de ayuda contra los "infieles qirkhi" (es decir, los dzungars ), que "habían adquirido el dominio sobre el país".
En 1693-94, Muhammad Amin Khan dirigió una expedición contra Yining , la capital de Dzungar , capturando más de 30.000 kalmyks y oirats .
El Khan fue derrocado y asesinado durante una revuelta de los seguidores de Afaq Khoja en 1694. El hijo de Afaq Khoja, Yahya Khoja, tomó el trono, pero el gobierno de la Montaña Blanca Khoja duró solo dos años. Afaq Khoja y su hijo fueron asesinados uno tras otro durante rebeliones locales.