Los métodos de proteínas son las técnicas utilizadas para estudiar las proteínas . Existen métodos experimentales para estudiar proteínas (p. ej., para detectar proteínas, para aislar y purificar proteínas y para caracterizar la estructura y función de las proteínas, que a menudo requieren que la proteína se purifique primero). Los métodos computacionales suelen utilizar programas informáticos para analizar proteínas. Sin embargo, muchos métodos experimentales (por ejemplo, espectrometría de masas ) requieren un análisis computacional de los datos sin procesar.
El análisis experimental de proteínas normalmente requiere la expresión y purificación de proteínas. La expresión se logra manipulando el ADN que codifica la proteína de interés. De ahí que el análisis de proteínas normalmente requiera métodos de ADN, especialmente la clonación . Algunos ejemplos de métodos genéticos incluyen la traducción conceptual, la mutagénesis dirigida al sitio , el uso de una proteína de fusión y la comparación de alelos con estados patológicos. Algunas proteínas nunca han sido secuenciadas directamente, sino traduciendo codones de secuencias conocidas de ARNm en aminoácidos mediante un método conocido como traducción conceptual. (Ver código genético .) La mutagénesis dirigida introduce selectivamente mutaciones que cambian la estructura de una proteína. La función de partes de las proteínas se puede comprender mejor estudiando el cambio en el fenotipo como resultado de este cambio. Las proteínas de fusión se elaboran insertando etiquetas de proteínas, como la etiqueta His , para producir una proteína modificada que sea más fácil de rastrear. Un ejemplo de esto sería GFP-Snf2H, que consiste en una proteína unida a una proteína verde fluorescente para formar una proteína híbrida. Mediante el análisis del ADN, se pueden identificar los alelos asociados con estados patológicos, como en el cálculo de las puntuaciones LOD .
La extracción de proteínas de tejidos con matrices extracelulares resistentes (p. ej., muestras de biopsia, tejidos venosos, cartílagos, piel) a menudo se logra en un laboratorio mediante pulverización por impacto en nitrógeno líquido. Las muestras se congelan en nitrógeno líquido y posteriormente se someten a impacto o trituración mecánica. Como el agua de las muestras se vuelve muy quebradiza a esta temperatura, las muestras a menudo se reducen a una colección de fragmentos finos, que luego se pueden disolver para la extracción de proteínas. A veces se utilizan para este fin dispositivos de acero inoxidable conocidos como pulverizadores de tejidos.
Las ventajas de estos dispositivos incluyen altos niveles de extracción de proteínas a partir de muestras pequeñas y valiosas; las desventajas incluyen un bajo nivel de contaminación cruzada.
El tamaño considerablemente pequeño de las macromoléculas de proteínas hace que la identificación y cuantificación de muestras de proteínas desconocidas sea particularmente difícil. Se han desarrollado varios métodos confiables para cuantificar proteínas para simplificar el proceso. Estos métodos incluyen el método de Warburg-Christian , el ensayo de Lowry y el ensayo de Bradford (todos los cuales se basan en las propiedades de absorbancia de las macromoléculas).
El método de ensayo de Bradford utiliza un tinte para unirse a las proteínas. Lo más común es que se utilice el tinte azul brillante Coomassie G-250. Cuando no contiene proteínas, el tinte es rojo, pero una vez unido a las proteínas se vuelve azul. El complejo colorante-proteína absorbe luz al máximo en la longitud de onda de 595 nanómetros y es sensible para muestras que contienen entre 1 ug y 60 ug. A diferencia de los métodos de Lowry y Warburg-Christian, los ensayos de Bradford no se basan en el contenido de triptófano y tirosina en las proteínas, lo que permite que el método sea hipotéticamente más preciso.
El ensayo de Lowry es similar al ensayo de biuret, pero utiliza el reactivo Folin, que es más preciso para la cuantificación. El reactivo de folina es estable sólo en condiciones ácidas y el método es susceptible a resultados sesgados dependiendo de la cantidad de triptófano y tirosina presentes en la proteína examinada. El reactivo Folin se une al triptófano y a la tirosina, lo que significa que la concentración de los dos aminoácidos afecta la sensibilidad del método. El método es sensible en rangos de concentración similares al método de Bradford, pero requiere una cantidad minúscula más de proteína.
El método Warburg-Christian analiza las proteínas en sus rangos de absorbancia naturales. La mayoría de las proteínas absorben muy bien la luz a 280 nanómetros debido a la presencia de triptófano y tirosina, pero el método es susceptible a cantidades variables de los aminoácidos de los que depende.
A continuación se enumeran más métodos que enlazan con cuentas más detalladas para sus respectivos métodos.