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Lista de órdenes bacterianas

Este artículo enumera los órdenes de las Bacterias . La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) [1] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) [2] y la filogenia se basa en la versión 132 de LTP basada en ARNr 16S de The All. -Proyecto Especies Árboles Vivos . [3]

Filogenia

La taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) se utilizó inicialmente para decorar el árbol del genoma a través de tax2tree. La taxonomía de Greengenes basada en ARNr 16S se utiliza para complementar la taxonomía, particularmente en regiones del árbol sin representantes cultivados. La Lista de nombres procarióticos con estatus en la nomenclatura (LPSN) se utiliza como autoridad taxonómica principal para establecer prioridades de nomenclatura. Los rangos taxonómicos se normalizan utilizando phylorank y la taxonomía se selecciona manualmente para eliminar grupos polifiléticos. [4] [5] [6] [7] [8]

El cladograma se tomó de la versión 08-RS214 de GTDB (28 de abril de 2023). [9] [10] [11]

cladoTerrabacterias

Filocloroflexota

Filo Dormiibacterota

FiloArmatimonadota

Filo Eremiobacterota

cladoFirmicutes

Firmicutes incertae sedis

Filo Bacillota E

Filo Bacillota G

Filo "Halanaerobiaeota"

Filo Bacillota D

Filo "Selenobacterias"

Filo "Desulfotomaculota"

Filo Bacillota A

)

Filo "Bacillota"

Filoactinomicetota

Clado cianoprocariota

Filo "Margulisiibacteriota"

Filo "cianobacteria"

Clado "Thermotogida"

Filoatribacterota

Filosinergistota

Filo "Lithacetigenota"

FiloDictoglomota

Filo "Termodesulfobiota"

Filocoprotermobacterota

Filo "Caldisericota"

Filotermotogota

clado

Clado "Fusobacterida"

Filo "Muiribacteriota"

Filo "Rifleibacteriota"

Filo "Macinerneyibacteriota"

FiloFusobacteriota

cladoCandidato Phyla Radiación

Filo "Elulota"

Filo "Patescibacterias"

clado

Filo "Bipolaricaulota"

FiloDeinococcota

Clado hidrobacterida

clado

Filo "Goldiibacteriota"

Filoelusimicrobiota

Filo "Aerophobota"

Filo "Auribacterota"

Filo "Omnitrophota"

Clado Spirochaetobacteriobiontes

Filo "Babelota"

Filoespiroqueta

cladoPlanctobacterias

FiloPlanctomicetota

FiloClamidiota

Filoverrucomicrobiota

clado

Filo "Saltatorellota"

Filo "Hinthialibacterota"

Filo "Sumerlaeota"

Filo "Poribacteriota"

Filo "Hydrogenedentota"

cladogrupo FCB

Filo "Heilongiota"

Filo "Neomarinimicrobiota"

Filo "Tianyaibacteriota"

Filo "Fermentibacterota"

Filo "Latescibacterota"

Filo "Krumholzibacteriota"

FiloGemmatimonadota

Filo "Hidrotermota"

Filo "Cloacimonadota"

Filofibrobacterota

Filo "Electryoneota"

Filo "Marinisomatota"

Filo "Cosmopoliota"

FiloCalditrichota

FiloBacteroidota

cladoproteobacterias

Filo "Canglongiota"

Filoacidobacteriota

Filo SAR324

FiloBdellovibrionota

Filo Lernaellota

Filo "Binatota"

Filomixococota

Filo "Deferrisomatota"

Filo "Deferrimicrobiota"

Filo "Moduliflexota"

Filo "Metilomirabilaeota"

Filo "Tectimicrobiota"

Filonitrospinota

Filonitrospirota

Filo Desulfobacterota F

FiloTermodesulfobacteriota

Filo "Calescibacteriota"

Filo Desulfobacterota G

Filo Acidulodesulfobacteriota

Filo "Thermosulfidibacterota"

Filo "Crisiogenota"

Filodeferribacterota

FiloAquificota

Filocampylobacterota

Filo Leptospirillaeota

FiloPseudomonadota

Lista de filos candidatos

Ver también

Referencias

  1. ^ JP Euzéby. "Bacterias". Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 27 de junio de 2021 .
  2. ^ Repetidores; et al. "Bacterias". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
  3. ^ Proyecto de árboles vivos de todas las especies . "Lanzamiento 132 de LTP basado en ARNr 16S". Base de datos completa de ARN ribosomal Silva . Consultado el 20 de agosto de 2020 .
  4. ^ Parques, DH; Chuvochina, M; Espera, DW; Rinke, C; Skarshewski, A; Chaumeil, Pensilvania; Hugenholtz, P (noviembre de 2018). "Una taxonomía bacteriana estandarizada basada en la filogenia del genoma revisa sustancialmente el árbol de la vida". Biotecnología de la Naturaleza . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . doi :10.1038/nbt.4229. PMID  30148503. S2CID  52093100. 
  5. ^ Parques, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, Pensilvania; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas". Biotecnología de la Naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi :10.1038/s41587-020-0501-8. PMID  32341564. S2CID  216560589. 
  6. ^ Chaumeil, Pensilvania; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 de noviembre de 2019). "GTDB-Tk: un conjunto de herramientas para clasificar genomas con la base de datos de taxonomía del genoma". Bioinformática . 36 (6): 1925-1927. doi : 10.1093/bioinformática/btz848 . PMC 7703759 . PMID  31730192. 
  7. ^ Almeida, Alejandro; Nayfach, Stephen; Boland, Miguel; Strozzi, Francesco; Beracochea, Martín; Shi, Zhou Jason; Pollard, Katherine S.; Sakharova, Ekaterina; Parques, Donovan H.; Hugenholtz, Philip; Segata, Nicola; Kírpides, Nikos C.; Finn, Robert D. (20 de julio de 2020). "Un catálogo unificado de 204.938 genomas de referencia del microbioma intestinal humano". Biotecnología de la Naturaleza . 39 (1): 105-114. doi : 10.1038/s41587-020-0603-3 . PMC 7801254 . PMID  32690973. 
  8. ^ Nayfach, Stephen; et al. (9 de noviembre de 2020). "Un catálogo genómico de los microbiomas de la Tierra". Biotecnología de la Naturaleza . 39 (4): 499–509. doi : 10.1038/s41587-020-0718-6 . PMC 8041624 . PMID  33169036. 
  9. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "versión GTDB 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  10. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
  11. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .