Eco RI (pronunciado "eco R one") es una enzima endonucleasa de restricción aislada de la especie E. coli . Es una enzima de restricción que escinde las dobles hélices de ADN en fragmentos en sitios específicos y también forma parte del sistema de modificación de restricción . [1] La parte Eco del nombre de la enzima se origina en la especie de la que se aisló: "E" indica el nombre genérico, que es "Escherichia" y "co" indica el nombre de la especie, "coli", mientras que la R representa la cepa particular. , en este caso RY13, y la I denota que fue la primera enzima aislada de esta cepa. [ cita necesaria ]
En biología molecular se utiliza como enzima de restricción . Eco RI crea extremos adhesivos de 4 nucleótidos con extremos salientes de 5' de AATT. La secuencia de reconocimiento de ácido nucleico por donde corta la enzima es G↓AATTC, que tiene una secuencia palindrómica complementaria de CTTAA↓G. [2] Otras enzimas de restricción, dependiendo de sus sitios de corte, también pueden dejar salientes 3' o extremos romos sin salientes.
EcoRI es un ejemplo de enzimas de restricción de tipo II que ahora tiene más de 300 enzimas con más de 200 especificidades de secuencia diferentes, lo que ha transformado la biología molecular y la medicina . [3]
EcoRI, descubierto en 1970, fue aislado por el estudiante de doctorado Robert Yoshimori, quien investigó aislados clínicos de E. coli que contenían sistemas de restricción presentados en sus plásmidos . [3] Los aislados purificados se conocieron como EcoRI, que se utiliza para escindir G'AATTC. [2]
Eco RI contiene el motivo PD..D/EXK dentro de su sitio activo como muchas endonucleasas de restricción .
La enzima es un homodímero de una subunidad de 31 kilodalton que consta de un dominio globular de la arquitectura α/β. Cada subunidad contiene un bucle que sobresale del dominio globular y envuelve el ADN cuando se une. [4] [5]
Eco RI ha sido cocristalizado con la secuencia que normalmente corta. Este cristal se utilizó para resolver la estructura del complejo ( 1QPS ). La estructura cristalina resuelta muestra que las subunidades del homodímero de la enzima interactúan simétricamente con el ADN. [4] En el complejo, dos hélices α de cada subunidad se unen para formar un haz de cuatro hélices. [6] En las hélices que interactúan se encuentran los residuos Glu144 y Arg145, que interactúan entre sí, formando un anillo de interferencia que se cree que permite que los dos sitios activos de la enzima se comuniquen. [7]
Las enzimas de restricción se utilizan en una amplia variedad de técnicas de genética molecular, incluida la clonación , la detección de ADN y la eliminación de secciones de ADN in vitro . Las enzimas de restricción, como Eco RI, que generan extremos pegajosos del ADN, se utilizan a menudo para cortar el ADN antes de la ligadura , ya que los extremos pegajosos hacen que la reacción de ligación sea más eficiente. [8] Un ejemplo de este uso es en la producción de ADN recombinante , cuando se une el ADN del donante y el vector. [9] Eco RI puede exhibir corte no específico de sitio, conocido como actividad estrella , dependiendo de las condiciones presentes en la reacción. Las condiciones que pueden inducir la actividad de las estrellas cuando se usa Eco RI incluyen baja concentración de sal, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de enzima presente en la reacción, pH alto y contaminación con ciertos solventes orgánicos. [10]
