Una secuencia palindrómica es una secuencia de ácido nucleico en una molécula de ADN o ARN bicatenario en la que la lectura en una determinada dirección (por ejemplo, de 5' a 3' ) en una cadena es idéntica a la secuencia en la misma dirección (por ejemplo, de 5' a 3'). ) en la hebra complementaria . Por tanto, esta definición de palíndromo depende de que las hebras complementarias sean palindrómicas entre sí.
El significado de palíndromo en el contexto de la genética es ligeramente diferente de la definición utilizada para palabras y oraciones. Dado que una doble hélice está formada por dos hebras antiparalelas emparejadas de nucleótidos que discurren en direcciones opuestas , y los nucleótidos siempre se emparejan de la misma manera ( adenina (A) con timina (T) en el ADN o uracilo (U) en el ARN; citosina ( C) con guanina (G)), se dice que una secuencia de nucleótidos (monocatenaria) es palíndromo si es igual a su complemento inverso . Por ejemplo, la secuencia de ADN es palindrómica con su complementoACCTAGGT nucleótido por nucleótido porque al invertir el orden de los nucleótidos en el complemento se obtiene la secuencia original. TGGATCCA
Una secuencia de nucleótidos palindrómica es capaz de formar una horquilla . La porción del tallo de la horquilla es una porción pseudobicatenaria ya que toda la horquilla es parte de la misma (única) hebra de ácido nucleico. Los motivos palindrómicos se encuentran en la mayoría de los genomas o conjuntos de instrucciones genéticas . Se han investigado especialmente en los cromosomas bacterianos y en los llamados Elementos Mosaicos Intercalados Bacterianos ( BIME ) esparcidos sobre ellos. En 2008, un proyecto de secuenciación del genoma descubrió que grandes porciones de los cromosomas X e Y humanos están dispuestos como palíndromos. [1] Una estructura palindrómica permite que el cromosoma Y se repare a sí mismo doblándose por la mitad si un lado está dañado.
Los palíndromos también parecen encontrarse con frecuencia en las secuencias peptídicas que forman las proteínas, [2] [3] pero su papel en la función de las proteínas no se conoce claramente. Se ha sugerido que la existencia de palíndromos en péptidos podría estar relacionada con la prevalencia de regiones de baja complejidad en las proteínas, ya que los palíndromos se asocian frecuentemente con secuencias de baja complejidad. Su prevalencia también puede estar relacionada con la propensión de dichas secuencias a formar hélices alfa [4] o complejos proteína/proteína. [5]
Las secuencias palindrómicas juegan un papel importante en la biología molecular . Debido a que una secuencia de ADN es bicatenaria, se leen los pares de bases (no solo las bases de una cadena) para determinar un palíndromo. Muchas endonucleasas de restricción (enzimas de restricción) reconocen secuencias palindrómicas específicas y las cortan. La enzima de restricción EcoR1 reconoce la siguiente secuencia palindrómica:
5'- GAATTC -3' 3'- CTTAAG -5'
La cadena superior dice 5'-GAATTC-3', mientras que la cadena inferior dice 3'-CTTAAG-5'. Si se invierte la cadena de ADN, las secuencias son exactamente iguales (5'GAATTC-3' y 3'-CTTAAG-5'). Aquí hay más enzimas de restricción y las secuencias palindrómicas que reconocen:
Las secuencias palindrómicas también pueden tener sitios de metilación . [ cita necesaria ] Estos son los sitios donde se puede unir un grupo metilo a la secuencia palindrómica. La metilación inactiva el gen resultante; esto se llama inactivación por inserción o mutagénesis por inserción . Por ejemplo, en PBR322 , la metilación del gen resistente a la tetraciclina hace que el plásmido sea susceptible a la tetraciclina; después de la metilación en el gen resistente a la tetraciclina, si el plásmido se expone al antibiótico tetraciclina, no sobrevive.
La diversidad de genes del receptor de células T (TCR) se genera mediante inserciones de nucleótidos tras la recombinación V(D)J de sus segmentos V, D y J codificados en la línea germinal . Las inserciones de nucleótidos en las uniones VD y DJ son aleatorias, pero algunos pequeños subconjuntos de estas inserciones son excepcionales, ya que de uno a tres pares de bases repiten inversamente la secuencia del ADN de la línea germinal. Estas secuencias palindrómicas complementarias cortas se denominan nucleótidos P. [6]