Juan VI de Anhalt-Zerbst ( Zerbst , 24 de marzo de 1621 – Zerbst, 4 de julio de 1667), fue un príncipe alemán de la Casa de Ascania y gobernante del Principado de Anhalt-Zerbst .
Fue el único hijo de Rodolfo, Príncipe de Anhalt-Zerbst , y su segunda esposa Magdalena, hija de Juan VII, Conde de Oldemburgo .
Juan sucedió a su padre en Anhalt-Zerbst con sólo cuatro meses de edad; durante su larga minoría de edad, su tío paterno Augusto de Anhalt-Plötzkau actuó como regente en el principado.
La educación de Juan estuvo a cargo principalmente de su madre. La inestabilidad política causada por la guerra durante la Guerra de los Treinta Años hizo que Juan fuera educado en Zerbst, Coswig y Wittenberg en varias ocasiones. A partir de 1633 continuó su educación en la corte de su tío materno Antonio Günther, conde de Oldenburgo .
Inmediatamente después de alcanzar la mayoría de edad y asumir formalmente el gobierno de su estado, Juan hizo del luteranismo la religión oficial de Zerbst y aumentó notablemente el tamaño de su principado adquiriendo diversos feudos.
En 1642, su tío Luis de Anhalt-Köthen admitió a Juan en la Sociedad de Fruticultura junto con el abad Konrad Balthasar Pichtel y el abad Joachim von Boeselager. Eligió el lema anmutiger Schärfe ("agudeza elegante"). Como emblema se le reservó la flor Tropaeolaceae .
En 1667, Juan heredó de su tío materno el señorío de Jever, en la costa del Mar del Norte, durante las últimas semanas de su vida. Su tío, Antonio Gunther, conde de Oldenburgo, dejó únicamente un hijo ilegítimo y ninguna otra progenie propia, a quien el conde sólo pudo transmitir en testamento algunas propiedades suyas de libre disposición, como Varel y Kniphausen . Las tierras y feudos heredados de la familia del conde debían ser heredados por línea legítima. El difunto conde había hecho aproximadamente este tipo de estipulaciones en su testamento, que decía que el sobrino Juan heredaría Jever , un señorío frisio. Jever era una herencia de tipo alodial, que podía ser heredada también por mujeres. Por lo tanto, Juan habría heredado Jever también sobre la base de los derechos de su difunta madre. No surgió ningún conflicto serio contra la herencia de Juan.
El 16 de septiembre de 1649, Juan se casó en Gottorp con Sofía Augusta (n. Gottorp , 5 de diciembre de 1630 - f. Coswig, 12 de diciembre de 1680), hija de Federico III, duque de Schleswig-Holstein-Gottorp . Tuvieron catorce hijos:
