Johann Otto von Gemmingen (23 de octubre de 1545 - 6 de octubre de 1598) fue obispo de Augsburgo entre 1591 y 1598.
Johann Otto von Gemmingen nació en Tiefenbronn el 23 de octubre de 1545, cuarto hijo de Hans Dietrich von Gemmingen y su esposa Magdalena. Probablemente pasó sus primeros años en el castillo de Weinfelden , antes de que su padre lo vendiera a la familia Fugger en 1555. Estudió en Italia antes de matricularse en la Universidad de Ingolstadt en 1565.
En 1565 fue nombrado canónigo de la catedral de Augsburgo y en 1568 de la catedral de Eichstätt . En 1580 fue nombrado deán de la catedral de Augsburgo y en 1581 fue ordenado sacerdote . El cabildo de la catedral de Eichstätt lo eligió obispo de Eichstätt en 1590, pero declinó su oficio porque quería quedarse en Augsburgo . Su sobrino, Johann Konrad von Gemmingen , fue elegido posteriormente obispo de Eichstätt.
El cabildo de la catedral de Augsburgo lo eligió obispo de Augsburgo el 21 de marzo de 1591. El papa Gregorio XIV confirmó su nombramiento el 10 de mayo de 1591 y fue consagrado obispo el 25 de agosto de 1591. Como obispo, Johann Otto promovió el catolicismo romano e introdujo muchas reformas. Promovió el uso del catecismo de Pedro Canisio en el obispado de Augsburgo y fundó muchas obras de caridad.
Johann Otto von Gemmingen murió en Dillingen an der Donau el 6 de octubre de 1598.
