Juan Francisco Meneses Echanes (24 de junio de 1785 – 25 de diciembre de 1860) fue un sacerdote y figura política chilena .
Meneses nació en Santiago , hijo de José Ignacio Meneses y de Micaela Echanes. Estudió humanidades, filosofía y derecho (tanto civil como canónico) en el Convictorio de San Carlos , y posteriormente se graduó en la Universidad de San Felipe el 29 de agosto de 1804 como doctor en "ambas ciencias" (Doctor en Derecho Civil y Canónico). En 1808 se casó con Carmen Bilbao, con quien tuvo varios hijos. El mismo año fue nombrado secretario del gobernador real Francisco García Carrasco . Tras la destitución del gobernador García Carrasco, fue nombrado ayudante jurídico y militar del intendente de Concepción .
Cuando el movimiento independentista chileno se extendió por el país, se unió al bando realista. En 1812, fue nombrado secretario del Nuevo Tribunal de Apelaciones , el organismo que reemplazó a la Real Audiencia colonial , y más tarde se convirtió en Ministro de la Corte Suprema de Justicia. El gobernador real Francisco Marcó del Pont lo nombró su secretario en 1815, pero después de que la Batalla de Chacabuco pusiera fin al poder real en Chile, se exilió en Lima , Perú , donde ejerció la abogacía en forma privada y se convirtió en secretario del virrey . Estando allí, enviudó.
Tras la muerte de su esposa, inició sus estudios de teología en el Cuzco, pero regresó a Santiago en 1821, siendo finalmente ordenado sacerdote el 21 de abril de 1822. Fue nombrado rector de Santa Rosa de Los Andes . Fue elegido diputado por Los Andes en 1823 y reelegido en 1826 y 1829. En 1827 fue nombrado rector del Instituto Nacional y profesor de la Universidad de San Felipe . Durante este período se convirtió en la voz principal del clero, descontento con el nuevo orden republicano, en reemplazo del exiliado obispo Santiago Rodríguez Zorrilla. Como tal, participó en las conspiraciones que llevaron a la Guerra Civil chilena de 1829 .
En 1829 fue nombrado secretario de la victoriosa Junta de Gobierno conservadora . En 1830, el presidente Francisco Ruiz-Tagle lo nombró primero ministro del Interior y de Relaciones Exteriores y luego el presidente José Tomás Ovalle lo nombró ministro de Hacienda . Fue reelegido nuevamente al congreso en 1830 y elegido senador por Aconcagua en 1831. En 1833 fue secretario de la Asamblea Constituyente que redactó y promulgó la nueva constitución. Meneses fue nuevamente reelegido senador en 1834 y sucesivamente hasta 1849. Fue también periodista que escribió en El Araucano y La Gaceta del Rey y estuvo a cargo del Museo Nacional.
En marzo de 1830 fue nombrado último rector de la Universidad de San Felipe y, tras ser reemplazada por la Universidad de Chile en 1843, asumió como primer vicerrector y, a partir de 1846, también fue Decano de la Facultad de Derecho y Ciencias Políticas, cargo que ocupó hasta 1855. En 1856 fue uno de los clérigos que demandó al arzobispo de Santiago, Rafael Valentín Valdivieso, por la expulsión del sacristán Pedro Santelices. En octubre de 1859 fue nombrado Decano y Vicario de la Catedral de Santiago. Murió en Santiago el día de Navidad de 1860, a los 75 años.