El conde Juan II de Frisia Oriental (29 de septiembre de 1538, Aurich - 29 de septiembre de 1591, Castillo de Stickhausen ) fue miembro de la Casa de Cirksena y desde 1561 hasta su muerte en 1591 corregente del condado de Frisia Oriental . Gobernó conjuntamente con su hermano Edzard II .
En 1558 se abolió la primogenitura de la madre de Juan, la condesa Ana , presumiblemente para frenar el impacto de la casa Vasa en el condado, que se basaba en el matrimonio de su hijo mayor, Edzard, con Catalina Vasa de Suecia , la hija mayor del rey Gustavo I de Suecia . Esto significó que ella abolió el derecho de Edzard a ser el único gobernante del condado. Esto llevó a una división de facto de Frisia Oriental, porque Juan, como su madre, era calvinista , mientras que Edzard II era luterano .
En 1559, su hermano Edzard llevó a Johan a su boda en Estocolmo, donde Johan tuvo un romance con Cecilia , la hija del rey Gustavo I Vasa (y por lo tanto su cuñada). Fue capturado y casi condenado a muerte si no hubiera sido por la intercesión de la reina Isabel I. Johan nunca se casó después de eso.
Tras la muerte de su hermano Christoffel en 1566, la lucha por el poder entre Johan y Edzard se agravó. Johan impidió que Edzard ejerciera el poder soberano y fortaleció a la nobleza y a los ciudadanos de Emden. En última instancia, esta lucha sentó las bases para la coexistencia de las religiones en Frisia Oriental: como ninguna de ellas podía prevalecer sobre la otra, el luterano Edzard no logró establecer la iglesia luterana como la única iglesia permitida en el condado.
Tras la muerte de Johan en 1591, Edzard se convirtió finalmente en el único gobernante del condado de Frisia Oriental, pero su autoridad se vio gravemente afectada por el conflicto en curso, un factor decisivo que contribuyó finalmente a la llamada Revolución de Emden .