La Revolución de Emden del 18 de marzo de 1595 marcó el comienzo del estatus de Emden como ciudad-estado cuasi autónoma .
En 1595, después de que el Conde Edzard II aumentara varias veces la carga fiscal y aprobara nuevas leyes, sin tener en cuenta su efecto sobre los ciudadanos de Emden, los ciudadanos se rebelaron. Destituyeron al ayuntamiento que Edzardo II había nombrado y ocuparon el castillo del conde. Edzardo II se vio obligado a trasladar su residencia a Aurich . Según los términos del Tratado de Delfzijl del 15 de julio de 1595, Edzard tuvo que renunciar a la mayoría de sus derechos en Emden.
A finales del siglo XVI, Emden acogió a muchos refugiados calvinistas de los Países Bajos españoles y se convirtió en una importante ciudad portuaria de importancia europea, principalmente porque las fuerzas holandesas y españolas en guerra bloquearon mutuamente los puertos. Emden se convirtió en un importante punto de transbordo para las importaciones de cereales a Westfalia . Al mismo tiempo, la integración de los refugiados calvinistas marcó económica y religiosamente a la sociedad de Frisia Oriental.
Después de la tregua de 1609 entre España y los Países Bajos rebeldes, se levantaron los bloqueos de los puertos y muchos refugiados regresaron a sus hogares. Esto provocó una depresión económica en Emden.
Al mismo tiempo, surgieron tensiones entre la ciudad de Emden, en Frisia Oriental, y el conde Edzard II . La verdadera razón fue la imposición arbitraria del conde. Como tantas veces en la historia, las tensiones explotaron en un verdadero conflicto religioso. La madre de Edzard, Anna, había abolido la primogenitura en 1558 y decretó que el gobierno del condado debería estar dirigido conjuntamente por sus tres hijos, Edzard, Christopher y John. El objetivo de este decreto probablemente era frenar la influencia de la Casa de Vasa en el condado. Esta influencia se basó en el matrimonio entre su hijo mayor Edzard y Catherine Vasa , la hija mayor del rey Gustavo I de Suecia . Esto llevó a una división religiosa en el condado, ya que John, al igual que su madre y la mayoría de los ciudadanos de Emden, era calvinista mientras que Edzard era luterano .
El Conde John era muy popular en la ciudad porque era un destacado defensor de la Iglesia Reformada en la familia Countly. Las cosas cambiaron después de la muerte de Juan en 1591. Menso Alting , el vicario reformado de la Gran Iglesia de Emden, se convirtió en un destacado oponente de las ambiciones de poder del conde Edzard II. Menso Alting tuvo una gran influencia en la imposición del calvinismo en Emden. Intentó crear una Unión Protestante con el espíritu del calvinismo militante como defensa contra la Contrarrevolución . Esto lo involucró en el conflicto entre los Países Bajos y España, así como en el conflicto entre los estados de Frisia Oriental y los condes luteranos Edzard II y Enno III . Menso Alting utilizó hábilmente un aumento de impuestos de Edzard II para incitar a la población de Emden a actuar contra Edzard II. Edzard II pidió entonces ayuda al Emperador. El 21 de enero de 1594, el Emperador emitió un decreto contra los estados de Frisia Oriental y contra algunos ciudadanos de Emden, en el que se les preguntaba:
Este llamamiento del emperador animó a los ciudadanos de Emden a rechazar la autoridad del Conde. Obviamente había perdido su autoridad y esto desencadenó la revolución.
El 18 de marzo de 1595 mucha gente se reunió en la Gran Iglesia de Emden. Menso Alting los calentó con un sermón. Luego Gerhard Bolardus, miembro del colegio de los cuarenta, pronunció un apasionado discurso en el que pidió el derrocamiento del conde. Se repartieron armas y la multitud se dirigió al ayuntamiento. Ocuparon las murallas de la ciudad y varios lugares estratégicos de la ciudad. Siguiendo el ejemplo de otras ciudades, se crearon 21 empresas civiles (posteriormente 23). Cada compañía estaba dirigida por un capitán, un teniente y un alférez. Estos 21 capitanes y los cuatro intendentes del distrito de Emden formaron la "Cámara de la Guerra Civil". Así nació la milicia de Emden.
Alarmado por las noticias de Emden, Edzard II envió a su secretario a la ciudad para tantear el terreno. Alentados por la aparente falta de poder de Edzard, los ciudadanos destituyeron del poder al alcalde del conde el 24 de marzo de 1595. El colegio de cuarenta elegidos por los ciudadanos tomó el poder y nombró a cuatro nuevos alcaldes y ocho concejales. Luego, Edzard envió a su canciller a La Haya para preguntar a las autoridades holandesas cuál era su posición en el conflicto. El 2 de abril de 1595, los holandeses se ofrecieron a mediar. Mientras tanto, el conflicto se agravó en la península de Frisia Oriental. El 2 de abril, los ciudadanos irrumpieron en el castillo de Emden y derribaron parte del castillo en el lado de la ciudad. Esto obligó a Edzard a trasladar su residencia a Aurich . Los barcos de Emden recibieron órdenes de vigilar los movimientos de tropas en el área y atacar los barcos de Edzard si fuera necesario. La reacción de Edzard mostró su falta de poder. Ofreció a los Estados Generales unirse a los Países Bajos como su octava provincia a cambio de apoyo militar. Estacionó tropas en la península de Knock, al oeste de Emden, y les ordenó disparar contra los barcos que pasaban.
Los ciudadanos de Emden pidieron ayuda a los Estados Generales. Los Estados Generales enviaron un refuerzo de 1.000 hombres a la ciudad. El Conde no vio otra opción que empezar a negociar con la ciudad. El 7 de noviembre de 1595 se firmó en Delfzijl un tratado de paz entre la ciudad, el conde y los estados.
Esta paz no se mantuvo por mucho tiempo. Las tensiones volvieron a aumentar y en 1600 estalló la guerra civil entre la ciudad de Emden y los Estados Generales, por un lado, y el conde Enno III y las zonas rurales del condado, por el otro. El 4 de octubre de 1602, comenzó una batalla cerca del aplique de Logum, que había construido Enno. La batalla continuó hasta el 14 de octubre y fue ganada por la ciudad. Como la batalla había demostrado claramente las relaciones de poder en Frisia Oriental , Enno III se ocultó hasta febrero de 1603. Mientras estuvo escondido, la ciudad mantuvo la soberanía sobre Frisia Oriental y recaudó impuestos.
En febrero de 1603, Enno III apareció en La Haya. Luego, la ciudad de Emden envió representantes a los Estados Generales para llevar a cabo negociaciones, lo que condujo al Acuerdo de La Haya del 8 de abril de 1603. El acuerdo confirmó la anexión de sus suburbios por parte de Emden. La ciudad recibió soberanía fiscal sobre los límites de la ciudad y el magistrado de la ciudad se convirtió en soberano en los asuntos militares. Esto significó que la ciudad se convirtió de facto en una ciudad imperial libre . La ciudad tendría una guarnición permanente de 600 a 700 hombres, financiada por las propiedades de Frisia Oriental. El comandante de esta guarnición sería un holandés, que no había servido previamente ni al Conde ni a la ciudad de Emden.
Fueron negociaciones desiguales. Enno III sólo participó porque los Estados Generales amenazaron con la guerra si no lo hacía. Después de dudar un momento, firmó el acuerdo el 8 de abril de 1603.
La revolución liberó a Emden del reinado de la familia Cirksena . Emden se convirtió en un "satélite" de los Países Bajos y de facto en una ciudad imperial libre. La ciudad estaba orgullosa de este estatus y desde entonces firmó todas sus publicaciones oficiales con SPQE ("Senado y Pueblo de Emden"), siguiendo el modelo romano . La ciudad y la parte reformada del suroeste de Frisia Oriental establecieron estrechos vínculos con la iglesia calvinista de los Países Bajos. Durante el siglo XVII, el holandés era el idioma elegido por los principales ciudadanos de Emden.
Sin embargo, el declive de la ciudad había comenzado. La tolerancia en materia de fe había desaparecido y el Tratado de Greetsiel estipulaba que en Emden sólo se podía enseñar la religión reformada. Las actividades en el puerto habían disminuido y sólo en 1800 volverían a alcanzar niveles comparables a los de la década de 1670.