El almirante español Isidro de Atondo y Antillón (bautizado el 3 de diciembre de 1639) es mejor conocido por su papel en los intentos fallidos de establecer colonias en la península de Baja California entre 1683 y 1685.
Atondo nació en Valtierra, en la región de Navarra , España, de padres nobles. Bautizado en 1639, comenzó su servicio militar en 1658, luchando en varias campañas europeas, tanto en tierra como en el mar. Después de llegar al Nuevo Mundo en 1669, Atondo fue nombrado gobernador y capitán general de Sinaloa en el noroeste de Nueva España en 1676. En 1678, se le encargó que liderara un esfuerzo bien financiado para establecer una presencia española en la península de Baja California, donde los intentos intermitentes desde la década de 1530 habían terminado uniformemente en fracaso.
Acompañado por los misioneros jesuitas Eusebio Francisco Kino y Matías Goñi, Atondo navegó hacia La Paz en abril de 1683. Los esfuerzos por establecer un asentamiento entre los pericú y guaycura de la zona de La Paz terminaron cuando los soldados españoles se vieron envueltos en hostilidades con los nativos. La Paz fue abandonada y los españoles se trasladaron al norte para intentarlo de nuevo en San Bruno entre los cochimí al norte de Loreto en diciembre de 1683.
El segundo intento de colonización de Atondo fue más pacífico, más duradero y más fructífero en cuanto a exploración geográfica que el primero. Sin embargo, también concluyó sin éxito cuando el asentamiento demostró ser incapaz de sostenerse por sí mismo y tuvo que ser abandonado en mayo de 1685. Las consecuencias de las expediciones de Atondo incluyeron una renuencia por parte del gobierno español a involucrarse nuevamente en la costosa e improductiva tarea de colonizar Baja California, pero también un entusiasmo por parte de Kino y otros jesuitas por desarrollar este campo misionero.
Posteriormente Atondo sirvió en Nueva Vizcaya y Oaxaca , y fue recibido en la Orden de Santiago en 1689.