Cuando era adolescente, fue arrestado varias veces por delitos menores, como posesión de armas, vandalismo y pequeños robos.
Mientras estudiaba en el Merritt College de Oakland, Newton se involucró en política, uniéndose a la Asociación AfroAmericana y se convirtió en un destacado miembro de la fraternidad Phi Beta Sigma, capítulo Tau Beta.
También comenzó a formarse ideológicamente, leyendo obras de Karl Marx, Vladimir Lenin, Patrice Lumumba, Frantz Fanon, Malcolm X, Mao Zedong, Che Guevara, Fidel Castro y Kwame Nkrumah.
Además, los años en que estuvo en la cárcel coincidieron con algunos de los mayores hostigamientos del FBI contra las Panteras Negras, especialmente a través de la infiltración y el fomento de las insidias internas que llevaron a Huey P. Newton y Bobby Seale a desconfiar uno del otro.
Posteriormente, Newton huyó a Cuba junto con su novia Gwen Fountaine para evitar ser procesado por los anteriores cargos, viviendo allí hasta 1977.
Durante este tiempo va a engrosar la lista de los fugitivos más buscados por el FBI.
Elaine Brown asumió como presidente del Partido de las Panteras Negras en su ausencia.
Durante el juicio por agresión a Preston Callins, este cambió su testimonio varias veces y, finalmente, le dijo al jurado que no sabía quién lo había atacado.