Apenas había comenzado la segunda guerra anglo-bóer con el ultimátum de la República de Transvaal el 9 de octubre de 1899, cuando Schreiner se vio obligado a ocuparse de la conducta de los rebeldes de El Cabo. Los rebeldes se unieron a las fuerzas invasoras del presidente Steyn , cuyas falsas garantías había ofrecido Schreiner a una indignada Asamblea Legislativa sólo unas semanas antes. La guerra por parte de las Repúblicas evidentemente no iba a ser una mera guerra de autodefensa. Era una guerra de agresión y engrandecimiento. Finalmente, Schreiner dirigió, como primer ministro, una dura reprimenda al presidente Steyn por permitir que sus burgueses invadieran la colonia. También cooperó con Sir Alfred Milner y utilizó su influencia para frenar el vínculo.
El reconocimiento de la derrota de los bóers en el campo de batalla y la rendición de unos 10.000 rebeldes no debilitaron los esfuerzos de los holandeses por obtener la supremacía política en la colonia. Además, en el otoño de 1902, Sir Gordon Sprigg, el primer ministro, nominalmente el líder de los progresistas, trató de mantener su posición asegurando el apoyo del partido Bond en el parlamento. A principios de 1903, el Sr. Chamberlain incluyó Ciudad del Cabo en su visita a Sudáfrica y se reunió con los líderes políticos de todos los partidos. Sin embargo, la reconciliación entre los elementos Bond y británicos en la colonia era todavía imposible, y los dos partidos concentraron sus esfuerzos en una lucha por la victoria en las próximas elecciones. El Sr. Hofmeyr, que había elegido pasar la mayor parte del período de guerra en Europa, regresó al Cabo para reorganizar el Bond. Por otro lado, el Dr. Jameson se presentó como líder de los progresistas. El Parlamento se disolvió en septiembre de 1903. Desde la guerra, había aprobado dos medidas importantes: una (1902) que restringía la inmigración extranjera y la otra (1903) que ratificaba el primer convenio aduanero entre todas las colonias sudafricanas. Este convenio se destacó por la concesión de un trato preferencial (en general, una rebaja del 25% sobre los aranceles ya aplicados) a las importaciones procedentes del Reino Unido.
Las elecciones giraron en torno a la cuestión de la supremacía británica o de los Bonds. Se libraron en un censo en el que no estaban incluidos los votantes rebeldes, muchos de los cuales, además de estar privados de sus derechos, estaban en prisión. La cuestión era dudosa y cada bando trató de asegurarse el apoyo de los votantes nativos, que en varios distritos electorales tenían el equilibrio de poder. Los Bondsmen fueron más generosos que sus oponentes en sus promesas a los nativos e incluso invitaron a un periodista africano (que se negó) a presentarse como candidato a un escaño en la Asamblea. En vista de la agitación que se estaba produciendo entonces para la introducción de culíes chinos para trabajar en las minas del Rand, los progresistas declararon su intención de excluirlos de la colonia, si volvían, y esta declaración les permitió obtener algunos votos nativos. Las elecciones (en enero y febrero de 1904) dieron como resultado una mayoría progresista de cinco en una cámara de 95 miembros. Entre los candidatos rechazados se encontraban destacados partidarios de los Bonds, como el señor Merriman y el señor Sauer, y también sir Gordon Sprigg y el señor A. Douglass, otro miembro del gabinete. El ex primer ministro WP Schreiner, que se presentó como independiente, también fue rechazado.
El 18 de febrero, Sir Gordon Sprigg dimitió y fue sucedido por el Dr. LS Jameson, que formó un ministerio de carácter totalmente británico. La primera tarea del nuevo gobierno fue presentar (el 4 de marzo) un proyecto de ley de representación adicional para rectificar, en parte, la disparidad en el poder electoral de los distritos rurales y urbanos. Se dividieron doce nuevos escaños en la Cámara de la Asamblea entre las ciudades más grandes y se añadieron tres miembros al consejo legislativo. Como los votantes de las ciudades eran principalmente británicos, el proyecto de ley se topó con la enconada oposición de los miembros de los bonos, que declararon que su objetivo era la extinción de su poder parlamentario. De hecho, el proyecto de ley fue necesario debido a las flagrantes anomalías en la distribución de los escaños, por las que una minoría de votantes en los distritos rurales obtuvo una mayoría de miembros, y dejó a las ciudades aún inadecuadamente representadas. El proyecto de ley fue apoyado por dos o tres miembros holandeses, que fueron objeto de violentos ataques por parte de los Bondsmen. Se convirtió en ley y las elecciones para los escaños adicionales se celebraron en julio, después del cierre de la sesión. Esto dio como resultado el fortalecimiento de la mayoría progresista tanto en la Asamblea Legislativa como en el Consejo Legislativo, donde anteriormente los progresistas tenían una mayoría de sólo un miembro.
Al principio de su carrera, el ministerio Jameson tuvo que hacer frente a una grave situación financiera. Durante la guerra, el abastecimiento del ejército en el campo de batalla había provocado una inflación artificial del comercio, y el ministerio Sprigg había seguido una política de gastos extravagantes que no estaban justificados por las finanzas de la colonia. La lenta recuperación de la minería de oro y otras industrias en el Transvaal después de la guerra se reflejó en una gran disminución del comercio en la Colonia del Cabo durante la segunda mitad de 1903, agravándose la situación por una grave sequía. Cuando el Dr. Jameson asumió el cargo, encontró una tesorería vacía y hubo que solicitar préstamos temporales considerables. Además, durante 1904, los ingresos siguieron disminuyendo: en comparación con 1903, los ingresos bajaron de £11.701.000 a £9.913.000. El gobierno, además de reducir los salarios oficiales y ejercer una estricta economía, contrató (en julio de 1904) un préstamo por £3.000.000. También se aprobó un proyecto de ley que imponía un impuesto progresivo (de 6 peniques a 1 chelín por libra) sobre todos los ingresos superiores a 1.000 libras esterlinas. Se impuso un importante impuesto especial sobre las bebidas espirituosas y la cerveza, y al mismo tiempo se adoptaron medidas de alivio para los productores de brandy. El resultado fue que, mientras que en el presupuesto de 1904-1905 hubo un déficit de 731.000 libras esterlinas, el presupuesto de 1905-1906 arrojó un superávit de 5.161 libras esterlinas. Este pequeño superávit se obtuvo a pesar de una nueva contracción de los ingresos.
El programa del Dr. Jameson se centró principalmente en el desarrollo material. En palabras del discurso de apertura de la sesión del Parlamento de 1905, "sin un desarrollo considerable de nuestros recursos agrícolas y ganaderos no podemos asegurar nuestra posición como colonia autosuficiente". Esta dependencia de sus propios recursos era tanto más necesaria para El Cabo debido a la intensa rivalidad de Natal y Delagoa Bay por el transporte de mercancías por el Transvaal. Se prosiguió con vigor la apertura de los distritos atrasados mediante ferrocarriles y se hicieron grandes esfuerzos por otros medios para ayudar a la agricultura. Estos esfuerzos para ayudar a los distritos rurales recibieron el cordial reconocimiento de los agricultores holandeses, y la liberación, en mayo de 1904, de todos los prisioneros rebeldes fue otro paso hacia la reconciliación. En cuanto a la exclusión de los chinos de la colonia, el partido Bond también estuvo de acuerdo con el ministerio. Una ley de educación aprobada en 1905 estableció consejos escolares con sufragio popular y dispuso la introducción gradual de la educación obligatoria. El cultivo de relaciones amistosas con las colonias vecinas fue también uno de los principales objetivos de la política del Dr. Jameson. El Bond, por su parte, buscó acercarse a Het Volk , la organización Boer en Transvaal, y organismos similares, y en su congreso de 1906, celebrado en marzo de ese año en Ceres , se aprobó una resolución con ese objetivo, cuyo diseño era unificar, de acuerdo con la concepción original del Bond, el sentimiento y la acción holandeses en toda Sudáfrica.
Los asuntos indígenas resultaron ser una fuente de considerable ansiedad. En enero de 1905, una comisión intercolonial de asuntos indígenas informó sobre la cuestión indígena en la medida en que afectaba a Sudáfrica en su conjunto, y se hicieron propuestas para modificar las leyes de la Colonia del Cabo con respecto al derecho de voto ejercido por los indígenas. En opinión de la comisión, la posesión del derecho de voto por los indígenas del Cabo en las condiciones existentes seguramente crearía con el tiempo una situación intolerable y era una medida imprudente y peligrosa (el registro de 1905 mostraba que había más de 23.000 votantes "de color" en la colonia). La comisión propuso que los indígenas votaran por separado sólo para un número fijo de miembros de la legislatura, el plan adoptado en Nueva Zelanda con los votantes maoríes . La posición privilegiada de los indígenas del Cabo se consideró un obstáculo para la federación de Sudáfrica. Sin embargo, el debate que siguió, basado en parte en los informes de que el ministerio contemplaba privar del derecho de voto a los indígenas, no produjo resultados inmediatos.
Otro factor inquietante en relación con los asuntos nativos fue la revuelta de los hotentotes y hereros en el África sudoccidental alemana . En 1904 y los años siguientes, un gran número de refugiados, incluidos algunos de los jefes más importantes, huyeron a territorio británico, y en Alemania se formularon acusaciones de que el gobierno del Cabo no ejercía suficiente control sobre estos refugiados. Sin embargo, este problema llegó a su fin en septiembre de 1907. En ese mes, Jacob Morenga , un jefe que había sido internado por las autoridades coloniales, pero que había escapado y había reanudado las hostilidades contra los alemanes, estaba una vez más en el lado británico de la frontera y, negándose a rendirse, fue perseguido por la Policía Montada del Cabo y asesinado después de una acción inteligente. La revuelta en el protectorado alemán había sido, casi un año antes de la muerte de Morenga, la ocasión indirecta de una "incursión bóer" en la Colonia del Cabo. En noviembre de 1906, un pequeño grupo de bóers de Transvaal, que habían sido empleados por los alemanes contra los hotentotes, entró en la colonia bajo el liderazgo de un hombre llamado Ferreira y comenzó a asaltar granjas y a reclutar a la fuerza. En una semana, todos los filibusteros fueron capturados. Ferreira y cuatro compañeros fueron juzgados por asesinato y condenados (febrero de 1907); las sentencias de muerte se conmutaron por penas de trabajos forzados .
Como resultado de una conferencia intercolonial celebrada en Pietermaritzburg a principios de 1906, el 1 de junio de 1906 entró en vigor una nueva convención aduanera de carácter fuertemente proteccionista. Al mismo tiempo se aumentó el descuento sobre las mercancías procedentes de Gran Bretaña y de las colonias recíprocas. La sesión del parlamento que sancionó este cambio se destacó por la atención que dedicó a los proyectos de irrigación y ferrocarril. Pero en 1906 se aprobó una importante medida de carácter político, a saber, una ley de amnistía. En virtud de sus disposiciones, más de 7000 ex rebeldes, que de otro modo no habrían tenido derecho a voto en las elecciones generales que se celebraron posteriormente, fueron readmitidos al derecho al voto en 1907.
Aunque los esfuerzos realizados para desarrollar los recursos agrícolas y minerales del país dieron resultado, las ciudades siguieron padeciendo la inflación (exceso de compras, exceso de construcción y exceso de especulación) que marcó el período de guerra. Como consecuencia, las importaciones siguieron disminuyendo durante 1906-1907, y como los ingresos dependían en gran medida de las aduanas, el resultado fue una disminución considerable de los ingresos. Las cuentas del año que finalizó el 30 de junio de 1907 arrojaron un déficit de 640.455 libras esterlinas. La disminución de los ingresos, 4.000.000 de libras esterlinas en cuatro años, aunque no era un reflejo fiel de la situación económica del país (que cada año se volvía más autosuficiente gracias al aumento de la producción nacional), provocó inquietud general y afectó negativamente a la posición del ministerio. En la sesión de 1907, la oposición en el consejo legislativo provocó una crisis al negarse a conceder los suministros votados por la cámara baja. El Dr. Jameson impugnó el derecho constitucional del consejo a actuar de esa manera y, siguiendo su consejo, el gobernador disolvió el parlamento en septiembre de 1907. Antes de su disolución, el parlamento aprobó una ley que imponía un impuesto a las ganancias del 10% a las compañías mineras de diamantes y cobre que ganaran más de £50.000 por año , y otra ley que establecía un banco de crédito agrícola.
En enero de 1908 se celebraron las elecciones para el consejo legislativo, que dieron como resultado la victoria de Bond. Sus partidarios, que se autodenominaban el partido sudafricano (los progresistas pasaron a llamarse "unionistas"), obtuvieron 17 escaños de un total de 26. El Dr. Jameson dimitió entonces (el 31 de enero de 1908) y se formó un ministerio con John X. Merriman como primer ministro y tesorero y JW Sauer como ministro de obras públicas. Ninguno de estos políticos era miembro del Bond, y ambos habían ocupado cargos durante el gobierno de Cecil Rhodes y WP Schreiner. Sin embargo, habían sido los principales exponentes parlamentarios de la política de Bond durante un tiempo considerable. En abril se celebraron las elecciones para la asamblea legislativa y, en parte como consecuencia de la recuperación del derecho al voto de los ex rebeldes, el ministerio de Merriman obtuvo una mayoría decisiva. En el partido sudafricano volvieron a la presidencia 69 miembros, 33 unionistas y 5 independientes, entre ellos los ex primeros ministros Sir Gordon Sprigg y Mr Schreiner. El cambio de ministerio no se vio acompañado de ningún alivio en la situación financiera. Mientras que los distritos rurales siguieron siendo bastante prósperos (los productos agrícolas y ganaderos aumentaron), el comercio de tránsito y las industrias urbanas continuaron decayendo. La depresión se acentuó por la crisis financiera en Estados Unidos , que afectó negativamente al comercio de lana y, en un grado más marcado, al comercio de diamantes, lo que llevó a la paralización parcial de las minas de Kimberley. (La "caída" del comercio de diamantes se muestra mediante una comparación del valor de los diamantes exportados desde El Cabo en los años 1907 y 1908; en 1907 se valoraron en 8.973.148 libras esterlinas, y en 1908 en 4.796.655 libras esterlinas.) Esto disminuyó seriamente los ingresos, y las cuentas públicas para el año 1907-1908 mostraron un déficit de 996.000 libras esterlinas, y un déficit prospectivo para el año siguiente de una cantidad casi igual. Para equilibrar el presupuesto, el Sr. Merriman propuso remedios drásticos, incluida la suspensión del fondo de amortización, la reducción de los salarios de todos los funcionarios públicos e impuestos sobre los ingresos de 50 libras esterlinas por año. En parte como consecuencia de la grave situación económica, el renovado movimiento para la unión más estrecha de las diversas colonias sudafricanas, iniciado formalmente por el Dr. Jameson en 1907, recibió el apoyo del parlamento de El Cabo. Durante 1907-1908 una convención nacional decidió la unificación, y en 1910 se estableció la Unión Sudafricana y la Colonia del Cabo pasó a denominarse "Provincia del Cabo".