En 1859, con la separación, Hill fue nombrado botánico Colonial, así como Director restante de los Jardines, cargo que ocuparía hasta 1881.
En aquel momento la función principal de los jardines botánicos coloniales era, por lo general, facilitar la introducción de plantas económicas adecuadas, aunque las plantas nativas se recogieran también.
Bailey se mantuvo en el poder durante 34 años, hasta su muerte en 1915, y enérgicamente trabajó en la creación de la colección del herbario a través de correspondencia, intercambio y numerosas expediciones por todo el estado.
Desde 1855 la colección del herbario se ha alojado en cinco lugares diferentes, y su biblioteca botánica en seis.
En 1998 el Herbario se trasladó a su actual emplazamiento en los Jardines botánicos de Coot-tha.