En 1674 viajó a Londres, donde se instaló y se consagró a desacreditar muy duramente el catolicismo, por lo que cayó en desgracia ante el rey Carlos II de Inglaterra y Jacobo II de Inglaterra y se vio obligado a abandonar Inglaterra.
Antes, sin embargo, pudo comenzar a publicar su famosa Historia de la Reforma en 1679, que fue puesta en el Index librorum prohibitorum por el Vaticano.
Viajó luego por Suiza, Italia y Alemania y se instaló al fin en los Países Bajos, donde se relacionó con Guillermo III de Inglaterra, entonces príncipe de Orange; allí trabajó por todos los medios para que subiera al triple trono de Inglaterra, Escocia e Irlanda.
Y como este príncipe terminó por conseguirlo en 1689, se lo agradeció nombrándolo obispo de Salisbury, cargo que ejerció celosamente.
[1] Burnet tuvo tres esposas sucesivas: Lady Margaret Kennedy, Mary Scott y Elizabeth Berkeley.