Francisco de Ayeta (fecha desconocida) fue un misionero franciscano español del siglo XVII, en Nueva España .
Francisco de Ayeta, misionero, nació en Pamplona , España , en 1640. Ingresó en la orden franciscana a la edad de diecinueve años, fue sucesivamente Visitador de la Provincia del Santo Evangelio de Nuevo México , y su Procurador en Madrid así como Comisario de la Inquisición en Nueva España .
Ayeta investigó personalmente las misiones remotas, especialmente las de Nuevo México , y fue el primero en advertir a las autoridades españolas de la incipiente revuelta de los indios pueblo . Su informe, de 1678, indujo a las autoridades de Nueva España a reforzar la guarnición de Santa Fe , pero ya era demasiado tarde. Los indios pueblo estallaron el 10 de agosto de 1680, y durante 14 años Nuevo México estuvo perdido para España. Ayeta se apresuró a llegar a El Paso , y cuando 2000 fugitivos del norte llegaron a ese puesto, Ayeta fue el primero en ofrecerles el socorro necesario en comida y ropa. Ayeta murió en 1690 en España.
Se sabe que publicó tres libros, todos sin fecha ni lugar.
En estas obras defendió agresivamente la labor misionera del clero regular en México.
Este artículo incorpora texto de una publicación que ahora es de dominio público : Bandelier, Adolph Francis Alphonse (1907). "Fray Francisco de Ayeta". En Herbermann, Charles (ed.). Enciclopedia Católica . Vol. 2. Nueva York: Robert Appleton Company.