El FA Trophy 2008-09 fue la cuadragésima temporada del FA Trophy , la competición de copa de la Asociación de Fútbol para equipos de los niveles 5 a 8 del sistema de la liga de fútbol inglesa . El número de inscripciones de equipos para esta temporada fue 263.
· Las eliminatorias se jugarán el 4 de octubre de 2008.
Las eliminatorias se jugarán el 18 de octubre de 2008.
En esta ronda participaron equipos de la Premier Division de la Southern League, la Northern Premier League y la Isthmian League.
Las eliminatorias se jugarán el 1 de noviembre de 2007.
Las eliminatorias se jugarán el 22 de noviembre de 2007.
Los equipos de la Conferencia Norte y la Conferencia Sur entraron en esta ronda.
Esta ronda es la primera en la que los equipos de la Conferencia Premier se unen a los de niveles inferiores del Sistema de la Liga Nacional .
Las eliminatorias se jugarán el 13 de diciembre de 2008.
Las eliminatorias se jugarán el 10 de enero de 2009.
Las eliminatorias se jugarán el 31 de enero de 2009.
Las eliminatorias se jugarán el 21 de febrero de 2009.