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Expasía

Logotipo Expasy 2020

Expasy es un recurso de bioinformática en línea operado por el SIB Swiss Institute of Bioinformatics . Es un portal extensible e integrador que brinda acceso a más de 160 bases de datos y herramientas de software y respalda una variedad de áreas de investigación clínica y de ciencias de la vida, desde genómica , proteómica y biología estructural hasta evolución y filogenia , biología de sistemas y química médica . Los recursos individuales (bases de datos, herramientas de software descargables y basadas en la web) están alojados de manera descentralizada por diferentes grupos del SIB Swiss Institute of Bioinformatics e instituciones asociadas.

Motor de búsqueda

Las consultas de Expasy permiten:

  1. Búsquedas paralelas en bases de datos SIB a través de una única búsqueda
  2. Resultados de búsqueda agregados del conjunto completo de más de 160 recursos accesibles desde el portal. [1]

Expasy proporciona información actualizada de la versión más reciente de cada recurso.

Los términos utilizados en Expasy se basan en la ontología integral EDAM . [2]

Historia

Expasy se creó en agosto de 1993. Originalmente, se llamaba ExPASy ( Expert P rotein Analysis System ) y actuaba como un servidor de proteómica para analizar secuencias y estructuras de proteínas y electroforesis en gel bidimensional (electroforesis en 2-D Page). [ 3] Entre otros, ExPASy albergaba la base de conocimiento de secuencias de proteínas, UniProtKB/Swiss-Prot , y su suplemento anotado por computadora, UniProtKB/TrEMBL. [4]

ExPASy fue el primer sitio web de ciencias de la vida y uno de los primeros 150 sitios web del mundo. Al 5 de abril de 2007 , ExPASy había sido consultado mil millones de veces desde su instalación el 1 de agosto de 1993. [5]

En junio de 2011, se convirtió en el Portal de recursos bioinformáticos SIB ExPASy: un catálogo diverso de recursos bioinformáticos desarrollados por los grupos SIB. [6] La versión actual de Expasy se lanzó en octubre de 2020. [7] [8]

Notas y referencias

  1. ^ "Recursos SIB". sib.swiss . Consultado el 27 de octubre de 2020 .
  2. ^ Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H, et al. (mayo de 2013). "EDAM: una ontología de operaciones bioinformáticas, tipos de datos e identificadores, temas y formatos". Bioinformática . 29 (10): 1325–32. doi :10.1093/bioinformatics/btt113. PMC 3654706 . PMID  23479348. 
  3. ^ Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (julio de 2003). "ExPASy: El servidor proteómico para el conocimiento y análisis de proteínas en profundidad". Nucleic Acids Research . 31 (13): 3784–8. doi :10.1093/nar/gkg563. PMC 168970 . PMID  12824418. 
  4. ^ "UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Instituto Suizo de Bioinformática | Expasy". www.expasy.org . Consultado el 15 de marzo de 2024 .
  5. ^ ExPASy: Portal de recursos de bioinformática del SIB
  6. ^ Artimo P, Jonnalgedda M, Arnold K, Baratin D, Csardi G, de Castro E, et al. (Julio de 2012). "ExPASy: portal de recursos de bioinformática del SIB". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (problema del servidor web): W597-603. doi :10.1093/nar/gks400. PMC 3394269 . PMID  22661580. 
  7. ^ Duvaud, Séverine; Gabella, Chiara; Lisacek, Frédérique; Stockinger, Heinz; Ioannidis, Vassilios; Durinx, Christine (13 de abril de 2021). "Expasy, el portal suizo de recursos bioinformáticos, diseñado por sus usuarios". Investigación de ácidos nucleicos . 49 (W1): W216-W227. doi : 10.1093/nar/gkab225 . ISSN  0305-1048. PMC 8265094 . PMID  33849055. 
  8. ^ "Descubra el nuevo Expasy.org, el portal suizo de recursos bioinformáticos". sib.swiss . Consultado el 26 de octubre de 2020 .

Enlaces externos