Expedición mundial de muestreo de los océanos

La Expedición Global de Muestreo de los Océanos (Global Ocean Sampling Expedition , GOS) es un proyecto de exploración del genoma oceánico cuyo objetivo es evaluar la diversidad genética en las comunidades microbianas marinas y comprender su papel en los procesos fundamentales de la naturaleza. El viaje de dos años, que utilizó el yate personal de Craig Venter, se inició en Halifax , Canadá , circunnavegó el mundo y finalizó en los EE. UU. en enero de 2006. La expedición tomó muestras de agua desde Halifax , Nueva Escocia , hasta el Océano Pacífico Tropical Oriental . Durante 2007, el muestreo continuó a lo largo de la costa oeste de América del Norte.

Análisis de datos

Los conjuntos de datos de GOS se enviaron tanto a NCBI ^[1] como a Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis (CAMERA), un nuevo recurso en línea para metagenómica marina financiado por la Fundación Gordon y Betty Moore , desarrollado por JCVI y alojado por la División del Instituto de Telecomunicaciones y Tecnología de la Información de California (Calit2) de la UC San Diego . El conjunto de herramientas de CAMERA fue desarrollado por JCVI y refleja las herramientas utilizadas en la publicación inicial de los conjuntos de datos de GOS.

Fondos

El proyecto Sorcerer II ha sido financiado por:

Fundación Gordon y Betty Moore ( secuenciación y análisis) ^[2]
Departamento de Energía de los Estados Unidos , Oficina de Ciencia (secuenciación y análisis) ^[2]
El Instituto J. Craig Venter (operación del buque) ^[2]
Subvención de la Fundación Moore por siete años, 24,5 millones de dólares ( CAMERA ) ^[2]

Buque

El Sorcerer II , un balandro de 95 pies , completó una expedición científica de dos años circunnavegando el globo en latitudes medias recolectando muestras de microbios en agua de mar para secuenciación genética y catalogación. Fue diseñado no solo para ser un yate de crucero mundial, sino uno que fuera capaz de manejar los extremos en latitudes, desde calor ecuatorial y humedad hasta latitudes entre 60 y 70 grados. La construcción del SORCERER II es liviana para el rendimiento, pero muy resistente, con sus laminados de kevlar y vidrio E, unión de epoxi y materiales de núcleo cuidadosamente seleccionados.

El barco fue diseñado por German Frers y tiene capacidad para 2.400 litros (630 galones estadounidenses) de agua.

Publicaciones

La siguiente lista es de las publicaciones oficiales del proyecto y del Instituto J. Craig Venter .

Venter, JC ; Remington, K; Heidelberg, JF; Halpern, AL; Rusch, D; Eisen, JA; Wu, D; Paulsen, I; et al. (2 de abril de 2004). "Secuenciación de escopeta del genoma ambiental del mar de los Sargazos". Science . 304 (5667). Nueva York, Nueva York: Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia : 66–74. Bibcode :2004Sci...304...66V. doi : 10.1126/science.1093857 . ISSN 0193-4511. PMID 15001713. S2CID 1454587.
Yooseph, S; Sutton, G; Rusch, DB; Halpern, AL; Williamson, SJ; Remington, K; Eisen, JA; Heidelberg, KB; et al. (13 de marzo de 2007). "La expedición de muestreo global de océanos Sorcerer II: expandiendo el universo de familias de proteínas". PLOS Biology . 5 (3). EE. UU.: Public Library of Science : e16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . ISSN 1544-9173. PMC 1821046 . PMID 17355171.
Kannan, N; Taylor, SS; Zhai, Y; Venter, JC ; Manning, G (13 de marzo de 2007). "Diversidad estructural y funcional del cinoma microbiano". PLOS Biology . 5 (3). EE. UU.: Public Library of Science : e17. doi : 10.1371/journal.pbio.0050017 . ISSN 1544-9173. PMC 1821047 . PMID 17355172.
Rusch, DB; Halpern, AL; Sutton, G; Heidelberg, KB; Williamson, S; Yooseph, S; Wu, D; Eisen, JA; et al. (13 de marzo de 2007). "La expedición de muestreo global de los océanos Sorcerer II: del Atlántico noroccidental al Pacífico tropical oriental". PLOS Biology . 5 (3). EE. UU.: Public Library of Science : e77. doi : 10.1371/journal.pbio.0050077 . ISSN 1544-9173. PMC 1821060 . PMID 17355176.
Yutin, N; Suzuki, MT; Teeling, H; Weber, M; Venter, JC ; Rusch, DB; Béjà, O (1 de junio de 2007). "Evaluación de la diversidad y biogeografía de bacterias fototróficas anoxigénicas aeróbicas en aguas superficiales de los océanos Atlántico y Pacífico utilizando los metagenomas de la expedición Global Ocean Sampling" (PDF) . Microbiología ambiental . 9 (6). Inglaterra: Blackwell Science : 1464–75. Bibcode :2007EnvMi...9.1464Y. doi :10.1111/j.1462-2920.2007.01265.x. ISSN 1462-2912. PMID 17504484.
Sharon, I; Tzahor, S; Williamson, S; Shmoish, M; Man-Aharonovich, D; Rusch, DB; Yooseph, S; Zeidner, G; et al. (1 de octubre de 2007). "Genes y transcripciones del centro de reacción fotosintética viral en el entorno marino". The ISME Journal . 1 (6). Inglaterra: Nature Publishing Group : 492–501. Bibcode :2007ISMEJ...1..492S. doi : 10.1038/ismej.2007.67 . ISSN 1751-7362. PMID 18043651.
Williamson, SJ; Rusch, DB; Yooseph, S; Halpern, AL; Heidelberg, KB; Glass, JI; Andrews-Pfannkoch, C; Fadrosh, D; et al. (23 de enero de 2008). Hall, Neil (ed.). "La expedición de muestreo global de los océanos Sorcerer II: caracterización metagenómica de virus en muestras microbianas acuáticas". PLoS ONE . 3 (1). EE. UU.: Public Library of Science : e1456. Bibcode :2008PLoSO...3.1456W. doi : 10.1371/journal.pone.0001456 . ISSN 1932-6203. PMC 2186209 . PMID 18213365.
Shaw, AK; Halpern, AL; Beeson, K; Tran, B; Venter, JC ; Martiny, JBH (10 de septiembre de 2008). "Todo es relativo: clasificación de la diversidad de las comunidades bacterianas acuáticas". Microbiología medioambiental . 10 (9). Inglaterra: Blackwell Science : 2200–10. Bibcode :2008EnvMi..10.2200S. doi :10.1111/j.1462-2920.2008.01626.x. ISSN 1462-2912. PMID 18637951.

Véase también

Notas

^ Proyecto Expedición Global de Muestreo de los Océanos en el Instituto J. Craig Venter, ID de proyecto 13694, Centro Nacional de Información Biotecnológica , sitio web consultado el 17 de marzo de 2007
^ abcd Más de seis millones de genes nuevos, miles de nuevas familias de proteínas y un increíble grado de diversidad microbiana descubiertos en la primera fase de la expedición de muestreo global de los océanos Sorcerer II, comunicado de prensa del 13 de marzo de 2007, J. Craig Venter Institute

Enlaces externos

Sitio web oficial
Blog oficial de la etapa 2009-10
Una gran fotografía de Venter en la popa del Sorcerer II
Datos GOS ^{[ enlace muerto permanente ]} de CAMERA