Sirvió como cadete médico en Washington en 1862-1863, y en 1864 fue designado cirujano-asistente en el ejército regular.
En 1872 publicó su Key to North American Birds, (Clave para las aves norteamericanas), la cual, revisada y reescrita en 1884 y 1901, hizo mucho para promover el estudio sistemático de la ornitología en Estados Unidos.
Fue un bibliógrafo cuidadoso y en su trabajo sobre las Birds of the Colorado Valley (Aves del Valle del Colorado) el incluyó una sección especial sobre las golondrinas e intentó resolver si migraban en invierno o hibernaban bajo los lagos como se creía en aquel tiempo: Renunció al ejército en 1881 para dedicarse enteramente a la investigación científica.
[2] Entre las más importantes de sus publicaciones, en varias de las cuales tuvo colaboraciones, son: A Field Ornithology (Una Ornitología de Campo, 1874); Birds of the North-west (Aves del Nordeste, 1874); Monographs on North American Rodentia (Monografías sobre Rodentia Norteamericanos), con J. A. Allen (1877); Birds of the Colorado Valley (Aves del Valle del Colorado, 1878); A Bibliography of Ornithology (Una Bibliografía de Ornitología, 1878-1880, incompleta); New England Bird Life (Vida Aviar de Nueva Inglaterra, 1881); A Dictionary and Check List of North American Birds (Un Diccionario y Lista de Control de Aves Norteamericanas,1882); Biogen, A Speculation on the Origin and Motive of Life (Biogen, Una Especulación sobre el Origen y los Motivos de la Vida, 1884); The Daemon of Darwin (El Demonio de Darwin,1884); Can Matter Think?
Contribuyó también con muchos artículos para el Century Dictionary, escribió para varias enciclopedias, y editó los Journals of Lewis and Clark (Diarios de Lewis y Clark, 1893), The Travels of Zebulon M. Pike (Los Viajes de Zebulon M. Pike, 1895) y "la narración personal de Charles Larpenteur", Forty Years a Fur Trader on the Upper Missouri (Cuarenta Años un Comerciante de Pieles del Misuri Superior, 1833-1872), publicado en 1898.