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Ejecuciones de homocigosidad

Las series de homocigosidad (ROH) son longitudes contiguas de genotipos homocigotos que están presentes en un individuo debido a que los padres transmiten haplotipos idénticos a sus descendientes. [1]

El potencial de predecir o estimar la autocigosidad individual para una subpoblación es la proporción del genoma autosómico por encima de una longitud específica, denominada F roh . [2]

Un estudio de investigación del Biobanco del Reino Unido , All of Us y Million Veteran Program encontró que F ROH disminuye con el tiempo. [3]

Uso

Esta técnica se puede utilizar para identificar la huella genómica de la endogamia en programas de conservación , ya que los organismos que han experimentado una endogamia reciente exhibirán largos períodos de homocigosidad. Por ejemplo, la estrategia de reintroducción gradual del Ibex alpino en los Alpes suizos creó varios cuellos de botella fuertes en la población que redujeron la diversidad genética de los individuos recién introducidos. El efecto de la endogamia en las subpoblaciones resultantes podría estudiarse midiendo las series de homocigosidad en diferentes individuos. [4]

En las pruebas de laboratorio clínico, la detección de ROH en sí misma no indica un trastorno genético particular, pero indica un mayor riesgo de enfermedades hereditarias autosómicas recesivas . [5] Como los ROH de menos de 3 Mb distribuidos por todo el genoma son comunes incluso en poblaciones exógenas, [6] generalmente se pensaba que estos segmentos no eran lo suficientemente importantes como para informarlos. [5] Un ROH grande puede ser indicativo de isodisomía uniparental [7] con pruebas de seguimiento para descartar falsos positivos; actualmente no existen estándares de informes consistentes entre los diferentes laboratorios. [5]

ROH se puede utilizar para detectar la posibilidad de incesto en humanos. [8] [5]

Referencias

  1. ^ Purfield DC, Berry DP, McParland S, Bradley DG (agosto de 2012). "Ejecuciones de homocigosidad e historia poblacional en ganado". Genética BMC . 13 : 70. doi : 10.1186/1471-2156-13-70 . PMC  3502433 . PMID  22888858.
  2. ^ McQuillan R, Leutenegger AL, Abdel-Rahman R, Franklin CS, Pericic M, Barac-Lauc L, et al. (Septiembre de 2008). "Rutas de homocigosidad en poblaciones europeas". Revista Estadounidense de Genética Humana . 83 (3): 359–72. doi :10.1016/j.ajhg.2008.08.007. PMC 2556426 . PMID  18760389. 
  3. ^ Colbert, Sarah MC; Wendt, Frank R.; Pathak, Gita A.; Helmer, Drew A.; Hauser, Elizabeth R.; Keller, Mateo C.; Polimanti, Renato; Johnson, Emma C. (1 de junio de 2023). "Disminución de la autocigosidad con el tiempo: una exploración en más de 1 millón de personas de tres cohortes diversas". La Revista Estadounidense de Genética Humana . 110 (6): 1008-1014. doi :10.1016/j.ajhg.2023.04.007. PMC 10257001 . PMID  37178685 - vía Elsevier Science Direct. 
  4. ^ Grossen C, Biebach I, Angelone-Alasaad S, Keller LF, Croll D (2018). "Los análisis de genómica poblacional de especies de cabra montés europea muestran una menor diversidad y una mayor endogamia en poblaciones reintroducidas Evol Appl. 2018; 11: 123-139". Aplicaciones evolutivas . 11 (2): 123-139. doi :10.1111/eva.12490. PMC 5775499 . PMID  29387150. 
  5. ^ abcd Gonzales, Patrick R.; Andersen, Erica F.; Brown, Teneille R.; Horner, Vanessa L.; Horwitz, Julio; Rehder, Catherine W.; Rudy, Natasha L.; Robin, Nathaniel H.; Thorland, Erik C.; en nombre del Comité de Garantía de Calidad de Laboratorios del ACMG (03-02-2022). "Interpretación y notificación de grandes regiones de homocigosidad y sospecha de consanguinidad/disomía uniparental, revisión de 2021: una norma técnica del Colegio Americano de Genética y Genómica Médica (ACMG)". Genética en Medicina . 24 (2): 255–261. doi : 10.1016/j.gim.2021.10.004 .
  6. ^ Ceballos, Francisco C.; Joshi, Peter K.; Clark, David W.; Ramsay, Michele; Wilson, James F. (15 de abril de 2018). "Ejecuciones de homocigosidad: ventanas a la historia de la población y la arquitectura de los rasgos". Naturaleza Reseñas Genética . 19 (4): 220–234. doi :10.1038/nrg.2017.109. hdl : 20.500.11820/1928cc4c-af43-489f-b743-52ae374412d7 . ISSN  1471-0056.
  7. ^ Papenhausen, Pedro; Schwartz, Estuardo; Risheg, Hiba; Keitges, Elisabeth; Gadi, Inder; Burnside, Rachel D.; Jaswaney, Vikram; Pappas, Juan; Pasión, Romela; Friedman, Kenneth; Tepperberg, James (15 de abril de 2011). "Detección de UPD mediante perfiles de homocigosidad con un microarray de genotipado de SNP". Revista Estadounidense de Genética Médica, Parte A. 155 (4): 757–768. doi :10.1002/ajmg.a.33939.
  8. ^ Zhang, Sarah (18 de marzo de 2024). "Las pruebas de ADN están descubriendo la verdadera prevalencia del incesto". El Atlántico . Consultado el 12 de mayo de 2024 .