stringtranslate.com

Sean Eddy

Sean Roberts Eddy es profesor de Biología Molecular y Celular y de Matemáticas Aplicadas en la Universidad de Harvard . Anteriormente estuvo basado en el Campus de Investigación Janelia de 2006 a 2015 [1] [7] [8] en Virginia . Sus intereses de investigación son la bioinformática , la biología computacional y el análisis de secuencias biológicas . [9] [10] [11] [12] A partir de 2016, los proyectos incluyen el uso de modelos ocultos de Markov [13] [14] en HMMER , Infernal [15] Pfam y Rfam . [16] [17] [18] [19]

Educación

Eddy se graduó en junio de 1982 en la escuela secundaria Marion Center Area High School, en Marion Center, Pensilvania . Luego completó una licenciatura en Ciencias Biológicas en el Instituto Tecnológico de California en 1986, [20] seguida por un doctorado en Filosofía en Biología Molecular en la Universidad de Colorado bajo la supervisión de Larry Gold en 1991 estudiando el fago T4 . [2] [21] [22]

Carrera

De 1992 a 1995 fue investigador postdoctoral en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del Medical Research Council (MRC) en Cambridge, Reino Unido, trabajando con John Sulston y Richard Durbin . De 1995 a 2007 trabajó en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington y ha estado trabajando para el Instituto Médico Howard Hughes desde 2000.

Premios y honores

En 2007, Sean fue el ganador del Premio Benjamin Franklin en Bioinformática por sus contribuciones al acceso abierto en las ciencias de la vida. [23]

En 2022, Eddy fue elegido miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [24]

Referencias

  1. ^ Publicaciones de Sean Eddy indexadas por Google Scholar
  2. ^ ab Eddy, Sean Roberts (1991). Intrones en los bacteriófagos T-even (tesis doctoral). Universidad de Colorado. OCLC  28253022. ProQuest  303935681.
  3. ^ Finn, RD; Clements, J.; Eddy, SR (2011). "Servidor web HMMER: búsqueda interactiva de similitud de secuencias". Nucleic Acids Research . 39 (número del servidor web): W29–W37. doi :10.1093/nar/gkr367. PMC 3125773 . PMID  21593126. 
  4. ^ Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR (2009). "Infernal 1.0: Inferencia de alineaciones de ARN". Bioinformática . 25 (10): 1335–1337. doi :10.1093/bioinformatics/btp157. PMC 2732312 . PMID  19307242. 
  5. ^ Bateman, A. ; Coin, L.; Durbin, R. ; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "Base de datos de familias de proteínas Pfam". Nucleic Acids Research . 32 (número de la base de datos): 138D–1141. doi :10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855 . PMID  14681378.  Icono de acceso abierto
  6. ^ Gardner, PP; Daub, J.; Tate, J.; Moore, BL; Osuch, IH; Griffiths-Jones, S.; Finn, RD; Nawrocki, EP; Kolbe, DL; Eddy, SR; Bateman, A. (2010). "Rfam: Wikipedia, clanes y la publicación "decimal"". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D141–D145. doi :10.1093/nar/gkq1129. PMC 3013711 . PMID  21062808. 
  7. ^ Anónimo (2012). "Biografía del científico del HHMI: Sean R. Eddy, Ph.D." Archivado desde el original el 16 de junio de 2012.
  8. ^ Kaplan, Karen (2011). "Una tirada de dados: Sean Eddy tiene el trabajo de sus sueños". Nature . 479 (7373): 433–435. doi : 10.1038/nj7373-433a . PMID  22106470.
  9. ^ Durbin, Richard M. ; Eddy, Sean R.; Krogh, Anders ; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencias biológicas: modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1.ª ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  10. ^ Rivas, E.; Lang, R.; Eddy, SR (2011). "Una gama de modelos probabilísticos complejos para la predicción de la estructura secundaria del ARN que incluye el modelo del vecino más cercano y más". ARN . 18 (2): 193–212. doi :10.1261/rna.030049.111. PMC 3264907 . PMID  22194308. 
  11. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" (PDF) . Nature . 409 (6822): 860–921. Código Bibliográfico :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  12. ^ "Página de inicio de Sean Eddy". selab.janelia.org . Archivado desde el original el 4 de diciembre de 2010.
  13. ^ Eddy, SR (2004). "¿Qué es un modelo oculto de Markov?". Nature Biotechnology . 22 (10): 1315–1316. doi : 10.1038/nbt1004-1315 . PMID  15470472.
  14. ^ Eddy, S. (1998). "Perfiles ocultos de modelos de Markov". Bioinformática . 14 (9): 755–763. doi : 10.1093/bioinformatics/14.9.755 . PMID  9918945.
  15. ^ "El blog de Sean Eddy". cryptogenomicon.org .
  16. ^ Eddy, SR (2012). "La paradoja del valor C, ADN basura y ENCODE". Current Biology . 22 (21): R898–R899. doi : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . PMID  23137679.
  17. ^ Publicaciones de Sean Eddy indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  18. ^ Leyendo genomas poco a poco - Sean Eddy en YouTube , GenomeTV
  19. ^ Sean Eddy Keynote OBF BOSC en YouTube , 20 de julio de 2013
  20. ^ "CV de Sean Eddy" (PDF) . selab.janelia.org . Archivado desde el original (PDF) el 9 de marzo de 2012.
  21. ^ Eddy, SR; Gold, L. (1991). "El intrón nrdB del fago T4: un mutante por deleción de una versión encontrada en la naturaleza". Genes & Development . 5 (6): 1032–1041. doi : 10.1101/gad.5.6.1032 . PMID  2044951.
  22. ^ Tuerk, C.; Eddy, S.; Parma, D.; Gold, L. (1990). "Operador traduccional autógeno reconocido por la ADN polimerasa del bacteriófago T4". Journal of Molecular Biology . 213 (4): 749–761. doi :10.1016/S0022-2836(05)80261-X. PMID  2359122.
  23. ^ Anónimo (2007). "BioMed Central Blog: Sean Eddy gana premio de acceso abierto". blogs.openaccesscentral.com . Archivado desde el original el 7 de junio de 2011.
  24. ^ "28 de abril de 2022: ¡La ISCB felicita y presenta a la clase de becarios de 2022!". www.iscb.org . Consultado el 17 de junio de 2022 .