El EM Data Bank o Electron Microscopy Data Bank ( EMDB ) recopila mapas EM 3D y datos experimentales asociados determinados mediante microscopía electrónica de especímenes biológicos. Se estableció en 2002 en el grupo MSD/PDBe del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , donde se encuentra el sitio europeo del consorcio EMDataBank.org. [2] En 2015 [actualizar], el recurso contenía más de 2600 entradas con una resolución media de 15Å. [3]
La deposición de datos se hacía originalmente a través de la interfaz de deposición EMdep, pero desde 2016 la deposición de datos se ha incorporado a la interfaz OneDep de wwPDB . [4]
En el marco del Recurso de Datos Unificados del NIH para CryoEM, la Colaboración de Investigación para Biología Estructural (RCSB) también actúa como centro de deposición, procesamiento y distribución de datos para los datos de EMDB, mientras que el Centro Nacional de Imágenes Macromoleculares (NCMI) es un socio colaborador en la prestación de servicios y herramientas relacionados con EMDB.
EM Data Bank también proporciona la herramienta de búsqueda EMsearch y los datos también se pueden consultar en RCSB , EMBL-EBI y PDBj.
EMDB es un archivo de mapas tridimensionales de densidad de todo tipo de conjuntos biológicos, incluidos ribosomas, chaperonas, polimerasas, enzimas multifuncionales y virus. Viper EMDB en Scripps es una base de datos independiente para mapas EM tridimensionales de virus.
Para comparar y evaluar métodos para la nueva generación de estructuras de mayor resolución (mejor que 5Å), el EMDB ha organizado el primer CryoEM Map Challenge y el CryoEM Model Challenge, publicados en un número especial del Journal of Structural Biology. [5]
Véase también
Referencias
- ^ Lawson, Catherine L; Baker, Matthew L; Best, Christoph; et al. (enero de 2011). "EMDataBank.org: recurso de datos unificado para CryoEM". Nucleic Acids Research . 39 (suppl 1): D456-464. doi :10.1093/nar/gkq880. PMC 3013769 . PMID 20935055.
- ^ EMDB. «Banco de datos de microscopía electrónica». Banco de datos de microscopía electrónica . Consultado el 5 de agosto de 2021 .
- ^ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (30 de mayo de 2015). "Navegación por mapas de microscopía electrónica 3D con EM-SURFER". BMC Bioinform. 16 (181): 181. doi : 10.1186/s12859-015-0580-6 . PMC 4448178. PMID 26025554 .
- ^ Joven, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfield, TJ; Sen, S; Gutmanas, A; Armstrong, DR; Berrisford, JM; Chen, L; Chen, M; Di Costanzo, L; Dimitropoulos, D; Gao, G; Ghosh, S; Gore, S; Guranovic, V; Hendrickx, PM; Hudson, BP; Igarashi, R; Ikegawa, Y; Kobayashi, N; Lawson, CL; Liang, Y; Mading, S; Mak, L; Mir, MS; Mukhopadhyay, A; Patwardhan, A; Persikova, yo; Rinaldi, L; Sanz-García, E; Sekharan, señor; Shao, C; Swaminathan, GJ; Bronceado, L; Ulrich, EL; van Ginkel, G; Yamashita, R; Yang, H; Zhuravleva, MA; Quesada, M; Kleywegt, GJ; Berman, HM; Markley, JL; Nakamura, H; Velankar, S; Burley, SK (2017). "OneDep: Sistema unificado wwPDB para deposición, biocuración y validación de estructuras macromoleculares en el PDB" Archivo". Estructura . 25 (3): 536–545. doi :10.1016/j.str.2017.01.004. PMC 5360273 . PMID 28190782.
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- Henrick, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: un sistema basado en la web para la deposición y validación de información estructural macromolecular mediante microscopía electrónica de alta resolución". Journal of Structural Biology . 144 (1–2): 228–237. doi :10.1016/j.jsb.2003.09.009. PMID 14643225.
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "Convenciones comunes para el intercambio y archivo de información de microscopía electrónica tridimensional en biología estructural". Journal of Structural Biology . 151 (2): 196–207. doi :10.1016/j.jsb.2005.06.001. PMID 16043364.
- Tagari, M.; Tate, J.; Swaminathan, GJ; et al. (2006). "E-MSD: mejora de la deposición de datos y la calidad de la estructura". Nucleic Acids Research . 34 (número de la base de datos): 287–290. doi :10.1093/nar/gkj163. PMC 1347525 . PMID 16381867.
Enlaces externos
- Herramientas de software para microscopía molecular
- Banco de datos EM
- Páginas de búsqueda de EE. UU. y el Reino Unido
- Página de búsqueda de Japón (EM Navigator en PDBj)