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Banco de datos EM

El EM Data Bank o Electron Microscopy Data Bank ( EMDB ) recopila mapas EM 3D y datos experimentales asociados determinados mediante microscopía electrónica de especímenes biológicos. Se estableció en 2002 en el grupo MSD/PDBe del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , donde se encuentra el sitio europeo del consorcio EMDataBank.org. [2] En 2015 , el recurso contenía más de 2600 entradas con una resolución media de 15Å. [3]

La deposición de datos se hacía originalmente a través de la interfaz de deposición EMdep, pero desde 2016 la deposición de datos se ha incorporado a la interfaz OneDep de wwPDB . [4]

En el marco del Recurso de Datos Unificados del NIH para CryoEM, la Colaboración de Investigación para Biología Estructural (RCSB) también actúa como centro de deposición, procesamiento y distribución de datos para los datos de EMDB, mientras que el Centro Nacional de Imágenes Macromoleculares (NCMI) es un socio colaborador en la prestación de servicios y herramientas relacionados con EMDB.

EM Data Bank también proporciona la herramienta de búsqueda EMsearch y los datos también se pueden consultar en RCSB , EMBL-EBI y PDBj.

EMDB es un archivo de mapas tridimensionales de densidad de todo tipo de conjuntos biológicos, incluidos ribosomas, chaperonas, polimerasas, enzimas multifuncionales y virus. Viper EMDB en Scripps es una base de datos independiente para mapas EM tridimensionales de virus.

Para comparar y evaluar métodos para la nueva generación de estructuras de mayor resolución (mejor que 5Å), el EMDB ha organizado el primer CryoEM Map Challenge y el CryoEM Model Challenge, publicados en un número especial del Journal of Structural Biology. [5]

Véase también

Referencias

  1. ^ Lawson, Catherine L; Baker, Matthew L; Best, Christoph; et al. (enero de 2011). "EMDataBank.org: recurso de datos unificado para CryoEM". Nucleic Acids Research . 39 (suppl 1): D456-464. doi :10.1093/nar/gkq880. PMC  3013769 . PMID  20935055.
  2. ^ EMDB. «Banco de datos de microscopía electrónica». Banco de datos de microscopía electrónica . Consultado el 5 de agosto de 2021 .
  3. ^ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (30 de mayo de 2015). "Navegación por mapas de microscopía electrónica 3D con EM-SURFER". BMC Bioinform. 16 (181): 181. doi : 10.1186/s12859-015-0580-6 . PMC 4448178. PMID  26025554 .  
  4. ^ Joven, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfield, TJ; Sen, S; Gutmanas, A; Armstrong, DR; Berrisford, JM; Chen, L; Chen, M; Di Costanzo, L; Dimitropoulos, D; Gao, G; Ghosh, S; Gore, S; Guranovic, V; Hendrickx, PM; Hudson, BP; Igarashi, R; Ikegawa, Y; Kobayashi, N; Lawson, CL; Liang, Y; Mading, S; Mak, L; Mir, MS; Mukhopadhyay, A; Patwardhan, A; Persikova, yo; Rinaldi, L; Sanz-García, E; Sekharan, señor; Shao, C; Swaminathan, GJ; Bronceado, L; Ulrich, EL; van Ginkel, G; Yamashita, R; Yang, H; Zhuravleva, MA; Quesada, M; Kleywegt, GJ; Berman, HM; Markley, JL; Nakamura, H; Velankar, S; Burley, SK (2017). "OneDep: Sistema unificado wwPDB para deposición, biocuración y validación de estructuras macromoleculares en el PDB" Archivo". Estructura . 25 (3): 536–545. doi :10.1016/j.str.2017.01.004. PMC 5360273 . PMID  28190782. 
  5. ^ Lawson, Catherine; Chiu, Wah, eds. (2018). "El mapa de estructura y los desafíos del modelo CryoEM". Revista de biología estructural . 204 (1). ISSN  1047-8477.

Enlaces externos