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David Baker (bioquímico)

David Baker (nacido el 6 de octubre de 1962) es un bioquímico y biólogo computacional estadounidense que ha sido pionero en métodos para diseñar proteínas y predecir sus estructuras tridimensionales . Es profesor titular de bioquímica Henrietta y Aubrey Davis, investigador del Instituto Médico Howard Hughes y profesor adjunto de ciencias del genoma, bioingeniería, ingeniería química, informática y física en la Universidad de Washington . Fue galardonado con el Premio Nobel de Química 2024 compartido por su trabajo en el diseño computacional de proteínas . [3] [4]

Baker es miembro de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos y director del Instituto de Diseño de Proteínas de la Universidad de Washington. [5] Ha cofundado más de una docena de empresas de biotecnología y fue incluido en la lista inaugural de la revista Time de las 100 personas más influyentes en el ámbito de la salud en 2024. [6]

Biografía

Vida temprana y educación

Baker nació en una familia judía en Seattle , Washington, el 6 de octubre de 1962, hijo del físico Marshall Baker y la geofísica Marcia (née Bourgin) Baker. [7] Se graduó de la escuela secundaria Garfield de Seattle . [8]

Baker recibió una licenciatura en Artes con especialización en biología de la Universidad de Harvard en 1984. Luego se unió al laboratorio de Randy Schekman , donde trabajó principalmente en el transporte y tráfico de proteínas en levaduras, y obtuvo un Doctorado en Filosofía en bioquímica de la Universidad de California, Berkeley en 1989. [9] En 1993, completó su formación postdoctoral en biofísica con David Agard en la Universidad de California, San Francisco .

Carrera

Baker se unió al Departamento de Bioquímica de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington como miembro de la facultad en 1993. Se convirtió en investigador del Instituto Médico Howard Hughes en 2000. [10] Baker fue elegido miembro de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias en 2009. [11]

Vida personal

Baker está casado con Hannele Ruohola-Baker , otra bioquímica de la Universidad de Washington, y tienen dos hijos.

Investigación

Aunque es conocido principalmente por el desarrollo de métodos computacionales para predecir y diseñar las estructuras y funciones de las proteínas, Baker mantiene un activo grupo de bioquímica experimental. [12] Es autor de más de 600 artículos científicos. [13]

El grupo de Baker desarrolló el algoritmo Rosetta para la predicción de la estructura de proteínas ab initio , que se ha ampliado para convertirse en una herramienta para el diseño de proteínas, un proyecto de computación distribuida llamado Rosetta@home , [12] [14] [15] y el juego de computadora Foldit . [16] [17] [18] Baker se desempeñó como director de Rosetta Commons, un consorcio de laboratorios e investigadores que desarrollan software de predicción y diseño de estructuras biomoleculares. El grupo de Baker ha competido regularmente en la competencia de predicción de estructuras CASP , especializándose en métodos ab initio , incluidas las variantes asistidas manualmente y automatizadas del protocolo Rosetta. [19] [20] Utilizando inteligencia artificial , su grupo desarrolló más tarde una versión más nueva del programa conocida como RoseTTAFold. [21] [22]

El grupo de Baker también está activo en el campo del diseño de proteínas ; [12] [23] son ​​conocidos por diseñar Top7 , la primera proteína artificial con un nuevo pliegue. [24]

En 2017, el Instituto Baker de Diseño de Proteínas recibió más de 11 millones de dólares de Open Philanthropy , [25] [26] seguido de una donación adicional de 3 millones de dólares en 2021. [27]

En abril de 2019, Baker dio una charla TED titulada "5 desafíos que podríamos resolver diseñando nuevas proteínas" en TED2019 en Vancouver , Canadá. [28]

Baker ha cofundado varias empresas de biotecnología, entre ellas Prospect Genomics, que fue adquirida por una subsidiaria de Eli Lilly en 2001, [29] Icosavax, que fue adquirida por AstraZeneca en 2023, [30] Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics y Xaira Therapeutics.

Premios

Por su trabajo sobre el plegamiento de proteínas, Baker ha recibido numerosos premios, entre ellos el Premio Overton (2002), [31] el Premio Internacional Sackler de Biofísica (2008), [32] el Premio Wiley (2022) [33] y el Premio Fundación BBVA Fronteras del Conocimiento en la categoría "Biología y Biomedicina" (2022). [34]

Por su trabajo en el diseño de proteínas, Baker ha recibido el Premio Newcomb Cleveland (2004), [35] el Premio Feynman en Nanotecnología (2004), [36] y el Premio Breakthrough en Ciencias de la Vida (2021). [37]

En 2024, Baker recibió la mitad del Premio Nobel de Química por su trabajo en el diseño de proteínas; la otra mitad fue para John M. Jumper y Demis Hassabis por el desarrollo de AlphaFold , un programa para la predicción de la estructura de las proteínas . [3] [4]

Véase también

Referencias

  1. ^ "David Baker". Fundación Arnold y Mabel Beckman . Archivado desde el original el 2 de agosto de 2018. Consultado el 1 de agosto de 2018 .
  2. ^ "El Instituto de Diseño de Proteínas obtiene 45 millones de dólares en financiación del Proyecto Audaz de TED". 17 de abril de 2019. Archivado desde el original el 18 de abril de 2019 . Consultado el 18 de abril de 2019 .
  3. ^ ab «El Premio Nobel de Química 2024». Nobel Media AB. Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024. Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  4. ^ ab «Nota de prensa: El Premio Nobel de Química 2024». NobelPrize.org . Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024. Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  5. ^ "La Universidad de Washington creará un instituto para el diseño de proteínas". Universidad de Washington. 13 de abril de 2012. Archivado desde el original el 15 de enero de 2019. Consultado el 14 de enero de 2019 .
  6. ^ Henshall, Will (2 de mayo de 2024). «David Baker». Time . Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024. Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  7. ^ JINFO. «Ganadores judíos del Premio Nobel de Química». www.jinfo.org . Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  8. ^ Smith, Jenn (9 de octubre de 2024). «David Baker, un profesor de la Universidad de Washington que creció en Seattle, gana el Premio Nobel». The Seattle Times .{{cite web}}: Mantenimiento CS1: fecha y año ( enlace )
  9. ^ Baker, David (1989). Reconstitución del transporte intercompartimental de proteínas en extractos de levadura (tesis doctoral). Universidad de California, Berkeley . OCLC  905883076. ProQuest  303670112.
  10. ^ "David Baker, PhD". hhmi.org . Instituto Médico Howard Hughes . Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  11. ^ "Libro de miembros, 1780–2010: Capítulo B" (PDF) . Academia Estadounidense de las Artes y las Ciencias. Archivado (PDF) del original el 8 de julio de 2018 . Consultado el 5 de mayo de 2011 .
  12. ^ abc Howes, Laura (23 de julio de 2019). "Recolector de proteínas, emprendedor en serie y creador de comunidades: dentro del cerebro de David Baker". Chemical & Engineering News .
  13. ^ Publicaciones de David Baker indexadas por Google Scholar
  14. ^ Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz, eds. (2018). Aumento de algoritmos neuronales y de optimización mediante lógica difusa: aspectos teóricos y aplicaciones reales. Springer. p. 455. ISBN 9783319710075Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024 . Consultado el 2 de agosto de 2018 .
  15. ^ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (agosto de 2002). "Orden de contacto y predicción de la estructura de proteínas ab initio". Protein Science . 11 (8): 1937–1944. doi :10.1110/ps.3790102. PMC 2373674 . PMID  12142448. 
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  17. ^ Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z.; Players, F. (2010). "Predicción de estructuras de proteínas con un juego multijugador en línea". Nature . 466 (7307): 756–760. Bibcode :2010Natur.466..756C. doi :10.1038/nature09304. PMC 2956414 . PMID  20686574. 
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  19. ^ Dimaio, F.; Terwilliger, TC; Read, RJ ; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, HL; Das, D.; Vorobiev, SM; Iwaï, H.; Pokkuluri, PR; Baker, D. (2011). "Reemplazo molecular mejorado mediante optimización de la estructura proteica guiada por la densidad y la energía". Nature . 473 (7348): 540–3. Bibcode :2011Natur.473..540D. doi :10.1038/nature09964. PMC 3365536 . PMID  21532589. 
  20. ^ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, AJ; Read, RJ ; Baker, D. (2007). "Predicción de la estructura de alta resolución y el problema de la fase cristalográfica". Nature . 450 (7167): 259–64. Bibcode :2007Natur.450..259Q. doi :10.1038/nature06249. PMC 2504711 . PMID  17934447. 
  21. ^ "Estructuras proteicas para todos". Ciencia . Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia. 16 de diciembre de 2021. Archivado desde el original el 16 de diciembre de 2022 . Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  22. ^ "Cómo la IA revolucionó la ciencia de las proteínas, pero no la acabó". Revista Quanta . Fundación Simons. 26 de junio de 2024. Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024. Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  23. ^ Zimmer, Carl (26 de diciembre de 2017). «Los científicos están diseñando proteínas artesanales para su cuerpo». The New York Times . Archivado desde el original el 2 de agosto de 2018. Consultado el 2 de agosto de 2018 .
  24. ^ Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David (21 de noviembre de 2003). "Diseño de un nuevo plegamiento globular de proteínas con precisión a nivel atómico". Science . 302 (5649): 1364–1368. Bibcode :2003Sci...302.1364K. doi :10.1126/science.1089427. PMID  14631033. S2CID  1939390.
  25. ^ "Open Philanthropy otorga 11,3 millones de dólares al Institute for Protein Design". Institute for Protein Design . 4 de abril de 2018 . Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  26. ^ "Universidad de Washington: vacuna universal contra la gripe y diseño computacional de proteínas (David Baker y Neil King)". Open Philanthropy . Noviembre de 2017 . Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  27. ^ "Universidad de Washington — Investigación en diseño de proteínas (David Baker)". Open Philanthropy . Consultado el 9 de octubre de 2024 .
  28. ^ "5 retos que podríamos resolver diseñando nuevas proteínas". 17 de junio de 2019. Archivado desde el original el 9 de febrero de 2020. Consultado el 26 de febrero de 2020 .
  29. ^ Hamilton, David (2001). «Structural GenomiX adquirirá la empresa de investigación Prospect Genomics». Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024. Consultado el 15 de septiembre de 2024 .
  30. ^ Soper, Taylor (12 de diciembre de 2023). "AstraZeneca pagará hasta 1.100 millones de dólares para adquirir Icosavax, una filial de biotecnología de la Universidad de Washington". GeekWire . Archivado desde el original el 15 de julio de 2024 . Consultado el 1 de octubre de 2024 .
  31. ^ "Ganador del premio Overton 2002: David Baker". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  32. ^ Leila Gray (24 de noviembre de 2008). «El bioquímico de la Universidad de Washington David Baker recibirá el Premio Internacional Sackler de Biofísica 2008 por sus descubrimientos en el plegamiento de proteínas». Universidad de Washington . Consultado el 29 de abril de 2013 .
  33. ^ "El Premio Wiley en Ciencias Biomédicas". wiley.com . Archivado desde el original el 14 de marzo de 2023. Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  34. ^ «Premio Fundación BBVA Fronteras del Conocimiento 2022». Archivado desde el original el 21 de septiembre de 2021. Consultado el 25 de enero de 2023 .
  35. ^ "Ganadores del premio Newcomb Cleveland". aaas.org . Archivado desde el original el 11 de diciembre de 2023 . Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  36. ^ "Ganadores de los Premios Feynman de Nanotecnología 2004". foresight.org . Archivado desde el original el 9 de octubre de 2024 . Consultado el 30 de septiembre de 2024 .
  37. ^ "Premio Breakthrough: se anuncian los ganadores de los premios Breakthrough de 2021 en ciencias de la vida, física fundamental y matemáticas". breakingprize.org . Archivado desde el original el 26 de enero de 2021 . Consultado el 13 de diciembre de 2021 .

Enlaces externos

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