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Manuel Corpas (científico)

Manuel Corpas es un biólogo y empresario anglo-español conocido principalmente por sus contribuciones al campo de la bioinformática y la genómica . Actualmente Corpas es científico jefe de la startup de Cambridge Cambridge Precision Medicine, [1] tutor en el Instituto de Educación Continua de la Universidad de Cambridge y profesor en la Universidad Internacional de La Rioja . Manuel trabajó en el genoma humano desde el comienzo de su carrera, siendo uno de los primeros consumidores en secuenciar su propio genoma y el de familiares cercanos, que publicó como Corpasoma. [2] Ha ocupado puestos en el Earlham Institute como líder de proyecto, y en el Wellcome Sanger Institute , desarrollando la base de datos DECIPHER , una base de datos que ayuda en el diagnóstico de pacientes con trastornos genómicos raros.

Educación

Corpas obtuvo su Licenciatura en Ciencias en Biología por la Universidad de Navarra en 2000. Obtuvo un doctorado en Bioinformática en 2007 por la Universidad de Manchester bajo la supervisión de la Profesora Terri Attwood y el Dr. Steve Pettifer estudiando la conservación evolutiva de los pliegues en las proteínas . [3]

Servicio académico

Durante su doctorado, Corpas fundó el Consejo Estudiantil de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCBSC), [4] la organización internacional de estudiantes de biología computacional. La Sociedad Internacional de Biología Computacional aprobó oficialmente el Consejo Estudiantil en 2004 con Corpas como su presidente inaugural. Hasta la fecha, el Consejo Estudiantil tiene numerosos Grupos Estudiantiles Regionales en todo el mundo que abarcan a muchos miles de estudiantes en el campo. [5] [6] Corpas también ha organizado el primer Simposio del Consejo Estudiantil en Biología Computacional en la Conferencia Europea de Biología Computacional en Madrid (2005). Además, se desempeñó como presidente de la primera conferencia de bioinformática en África por la Sociedad Africana de Bioinformática y Biología Computacional .

Investigación y carrera

Tras unos meses en el Instituto Nacional de Bioinformática de España en Madrid con Alfonso Valencia y en el Instituto Europeo de Bioinformática con Ewan Birney , Corpas se estableció en el Wellcome Sanger Institute como desarrollador de la base de datos DECIPHER bajo la supervisión de la Dra. Helen V. Firth. [7] Desde entonces ha estado trabajando en el campo de la investigación del genoma humano y la genómica personal . Durante su permanencia en el Wellcome Sanger Institute se centró inicialmente en el desarrollo de herramientas de integración y visualización para la interpretación de conjuntos de datos de variación del número de copias. [8] [9] Un tiempo después, comenzó su trabajo en el 'Corpasome'. [10] [11] [12] Fue una de las primeras personas en hacer público en Internet su genotipo personal de 23andMe , denominando al proceso "blogging del genoma". [13] Poco después, su familia analizó sus genotipos utilizando primero los datos de 23andMe y luego la tecnología del exoma humano y, más recientemente, el genoma completo. [14] Esto ha dado lugar a una serie de publicaciones importantes en el campo de la genómica personal, [15] realizando el primer análisis colaborativo de una familia de genomas. [16] Durante el final de su mandato en el Instituto Sanger, organizó la comunidad BioJavaScript (BioJS) para convertirse en su coordinador desde 2012 hasta 2017. La comunidad BioJS es el mayor esfuerzo hasta la fecha en la provisión de componentes web de código abierto para la visualización biológica. El grupo de investigación de Corpas ha participado en algunos de los desarrollos más importantes de esta comunidad de software abierto. [17] [18] [19] BioJS implica esfuerzos de recursos líderes mundiales como el Instituto Europeo de Bioinformática , el Laboratorio Berkeley , la Universidad de Cambridge y otros. Corpas logró obtener 5 pasantías para Google Summer of Code , lo que catapultó a BioJS como un esfuerzo internacional.

Corpas también ha sido el Coordinador Técnico de ELIXIR-UK, [20] la rama británica de la red europea ELIXIR para bioinformática y recursos de datos. Durante su tiempo como coordinador técnico de ELIXIR, ha estado involucrado en el desarrollo de mejores prácticas y métricas estandarizadas para medir el impacto de los recursos de datos en toda Europa. Durante este tiempo también estuvo involucrado en la Organización Global para el Aprendizaje, la Educación y la Capacitación en Bioinformática, [21] [22] actuando como presidente de su comité técnico y en el desarrollo de su portal de capacitación, que proporciona recursos de capacitación de acceso abierto para la comunidad bioinformática.

Además de su trabajo en Cambridge Precision Medicine, Manuel es tutor en el Instituto de Educación Continua de la Universidad de Cambridge [23] y también imparte cursos en línea sobre medicina de precisión tanto en inglés como en español. Manuel tiene más de 50 publicaciones científicas revisadas por pares a su nombre [24] y un libro Perfect DNA [ 25] en el que explora cuestiones más amplias más allá de la ciencia de la secuenciación genética.

Premios y honores

Corpas es miembro del Software Sustainability Institute [ 26] y conferenciante habitual en eventos de renombre mundial en genómica como el Festival of Genomics London, BioData West, el Longevity World Forum y otros. Ha sido catalogado como una de las personas líderes de Málaga (España) con impacto en el mundo. [27]

Referencias

  1. ^ "CPM - Página de inicio". www.cpm.onl . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
  2. ^ Corpas, Manuel (2013). "Corpasome". figshare. doi :10.6084/m9.figshare.693052.v3 . Consultado el 4 de septiembre de 2019 . {{cite journal}}: Requiere citar revista |journal=( ayuda )
  3. ^ Corpas, Manuel (2007). Patrones de plegamiento en secuencias de proteínas (tesis doctoral). Universidad de Manchester. doi :10.6084/m9.figshare.964811.v1.
  4. ^ Corpas, Manuel (agosto de 2005). "Científicos y sociedades". Nature . 436 (7054): 1204. doi : 10.1038/nj7054-1204b . ISSN  0028-0836. PMID  16144051. S2CID  186242202.
  5. ^ "ISCB-SC RSGs" . Consultado el 1 de febrero de 2017 .
  6. ^ Macintyre, Geoff (2013). "El Programa de Grupos Estudiantiles Regionales del Consejo Estudiantil de ISCB: Historias desde el camino". PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003241. Bibcode :2013PLSCB...9E3241M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003241 . PMC 3784494 . PMID  24098107. 
  7. ^ www-core (equipo web). "Helen V Firth". www.sanger.ac.uk . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
  8. ^ Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M, et al. (abril de 2009). "DECIPHER: base de datos de desequilibrio cromosómico y fenotipo en humanos utilizando recursos de Ensembl". Am. J. Hum. Genet . 84 (4): 524–33. doi :10.1016/j.ajhg.2009.03.010. PMC 2667985. PMID  19344873 . 
  9. ^ Swaminathan GJ; Bragin E; Chatzimichali EA; Corpas M; et al. (2012). "DECIPHER: recurso comunitario basado en la web para la interpretación clínica de variantes raras en trastornos del desarrollo". Hum. Mol. Genet . 21 (R1): R37–R44. doi :10.1093/hmg/dds362. PMC 3459644. PMID  22962312 . 
  10. ^ Corpas M , Cariaso M, Coletta A, Weiss D, Harrison AP, Moran F, Yang H (12 de noviembre de 2013). "Un conjunto de datos genómicos familiares de dominio público completo". bioRxiv 10.1101/000216 . 
  11. ^ Corpas, Manuel (2013). "Crowdsourcing del Corpasoma". Código fuente para biología y medicina . 8 (1): 13. doi : 10.1186/1751-0473-8-13 . PMC 3706263 . PMID  23799911. 
  12. ^ Corpas M, Valdivia-Granda W, Torres N, Greshake B, Coletta A, Knaus A, Harrison AP, Cariaso M, Moran F, Nielsen F, Swan D, Weiss Solis DY, Krawitz P, Schacherer F, Schols P, Yang H, Borry P, Glusman G, Robinson PN (noviembre de 2015). "Análisis genómico de colaboración colectiva directo al consumidor de un cuarteto familiar". BMC Genomics . 16 (910): 910. doi : 10.1186/s12864-015-1973-7 . PMC 4636840 . PMID  26547235. 
  13. ^ Corpas, Manuel (2012). "Un manifiesto de blogueros sobre el genoma". GigaCiencia . 1 (1): 15. doi : 10.1186/2047-217X-1-15 . PMC 3626510 . PMID  23587446. 
  14. ^ "Corpasome en BMC". blogs.biomedcentral.com . 28 de junio de 2013 . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
  15. ^ Corpas M (junio de 2012). "Una experiencia familiar de genómica personal". Revista de asesoramiento genético . 21 (3): 386–391. doi :10.1007/s10897-011-9473-7. PMC 134180 . PMID  22223063. 
  16. ^ "Manteniéndolo en la familia". www.sciencemag.org . Consultado el 13 de agosto de 2012 .
  17. ^ Cuerpos ; Jiménez, Rafael; Carbono, Seth J; García, Alex; García, Leyla; Goldberg, Tatiana; Gómez, Juan; Kalderimis, Alexis; Lewis, Suzanna E; Mulvany, Ian; Pawlik, Aleksandra; Rowland, Francisco; Salazar, Gustavo; Schreiber, Fabián; Sillitoe, Ian; Spooner, William H; Gracias, Anil; Villaveces, José M; Yachdav, Guy; Hermjakob, Henning (2014). "BioJS: un estándar de código abierto para visualización biológica: su estado en 2014". F1000Investigación . 3 : 55. doi : 10.12688/f1000research.3-55.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4103492 . PMID  25075290. 
  18. ^ Thanki, Anil S.; Caim, Shabhonam; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "DNAContentViewer, un componente BioJS para visualizar contenido GC/AT". F1000Research . 3 : 54. doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN  2046-1402.
  19. ^ Thanki, Anil S.; Jiménez, Rafael C.; Kaithakottil, Gemy G.; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "wigExplorer, un componente BioJS para visualizar datos de pelucas". F1000Research . 3 : 53. doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN  2046-1402. PMC 5054804 . PMID  27781080. 
  20. ^ "ELIXIR-UK – Infraestructura de ciencias biológicas del Reino Unido para información biológica" . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
  21. ^ "Comités | GOBLET". www.mygoblet.org . 16 de noviembre de 2014 . Consultado el 24 de agosto de 2016 .
  22. ^ Corpas, M. ; Jiménez, RC; Bongcam-Rudloff, E. ; Budd, A.; Brazas, MD; Fernandes, PL; van Gelder, C.; Korpelainen, E.; Lewitter, F.; McGrath, A.; MacLean, D.; Palagi, P.; Rother, K.; Taylor, J.; Via, A.; Watson, M.; Schneider, MV; Attwood, TK (2015). "El portal de formación GOBLET: un repositorio global de materiales, cursos y formadores de formación en bioinformática". Bioinformática . 31 (1): 140–142. doi :10.1093/bioinformatics/btu601. PMC 4271145 . PMID  25189782. 
  23. ^ "Manuel Corpas - Instituto de Educación Continua (ICE)". ice.cam.ac.uk . 12 de julio de 2018 . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
  24. ^ "Manuel Corpas - Citas de Google Académico". scholar.google.com . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .
  25. ↑ Manuel Corpas (2016). ADN perfecto . Cambridge: ADNdigest. ISBN 978-1539783725.
  26. ^ "Fellow Software Sustainability Institute". software.ac.uk . 2016 . Consultado el 29 de septiembre de 2020 .
  27. ↑ Hoy, Málaga (10 de abril de 2016). "Los números 1 malagueños". Málaga Hoy (en español) . Consultado el 4 de septiembre de 2019 .