La 89.ª edición de la Copa del Emperador comenzó el 19 de septiembre de 2009 y finalizó el 1 de enero de 2010 con la final en el Estadio Nacional de Tokio, Japón. Gamba Osaka ganó el título por segunda temporada consecutiva. Dado que Gamba ya confirmó su lugar en la Liga de Campeones de la AFC 2010 , el último lugar de la ACL para el club de la J.League se le otorga al Sanfrecce Hiroshima , que terminó en el cuarto lugar de la División 1 de la J.League 2009 .
※Clubes clasificados del primero al cuarto lugar al final de la semana 17 de la Liga de Fútbol de Japón 2009 .
Todos los partidos se realizan en horario estándar de Japón ( UTC+9 )