La Copa de Fútbol de Croacia 2006-07 fue la decimosexta temporada de la competición eliminatoria de fútbol de Croacia .
La ronda preliminar se celebró el 30 de agosto de 2006.
Partidos jugados el 20 de septiembre de 2006.
Partidos jugados los días 24 y 25 de octubre de 2006.
Los partidos de ida se celebraron el 21 y 22 de noviembre y los de vuelta entre el 28 de noviembre y el 6 de diciembre de 2006.
Slaven Belupo ganó 3-2 en el global.
El Dinamo Zagreb ganó 3-2 en el global.
El Dinamo Zagreb ganó 2-1 en el global.